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- PDB-8udz: The Structure of LTBP-49247 Fab Bound to TGFbeta1 Small Latent Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8udz
タイトルThe Structure of LTBP-49247 Fab Bound to TGFbeta1 Small Latent Complex
要素
  • (LTBP-49247 Fab ...) x 2
  • Transforming growth factor beta-1 proprotein
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Growth factor / antibody / fibrosis / TGFbeta / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / embryonic liver development / negative regulation of skeletal muscle tissue development / frontal suture morphogenesis ...adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / embryonic liver development / negative regulation of skeletal muscle tissue development / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of striated muscle tissue development / regulation of protein import into nucleus / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / Langerhans cell differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of exit from mitosis / extracellular matrix assembly / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / mammary gland branching involved in thelarche / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / retina vasculature development in camera-type eye / membrane protein intracellular domain proteolysis / response to laminar fluid shear stress / heart valve morphogenesis / positive regulation of vasculature development / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / receptor catabolic process / germ cell migration / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ATP biosynthetic process / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix disassembly / digestive tract development / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of chemotaxis / response to salt / type I transforming growth factor beta receptor binding / phospholipid homeostasis / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / response to vitamin D / cell-cell junction organization / positive regulation of regulatory T cell differentiation / response to cholesterol / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of ossification / phosphate-containing compound metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of fibroblast migration / aortic valve morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ureteric bud development / face morphogenesis / sprouting angiogenesis / negative regulation of phagocytosis / neural tube development / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / lung alveolus development / negative regulation of neuroblast proliferation / macrophage derived foam cell differentiation / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / muscle cell cellular homeostasis / negative regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of fat cell differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / T cell homeostasis
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Streich Jr., F.C. / Nicholls, S.B. / Boston, C.J. / Ramachandran, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2024
タイトル: An antibody that inhibits TGF-beta 1 release from latent extracellular matrix complexes attenuates the progression of renal fibrosis.
著者: Jackson, J.W. / Streich Jr., F.C. / Pal, A. / Coricor, G. / Boston, C. / Brueckner, C.T. / Canonico, K. / Chapron, C. / Cote, S. / Dagbay, K.B. / Danehy Jr., F.T. / Kavosi, M. / Kumar, S. / ...著者: Jackson, J.W. / Streich Jr., F.C. / Pal, A. / Coricor, G. / Boston, C. / Brueckner, C.T. / Canonico, K. / Chapron, C. / Cote, S. / Dagbay, K.B. / Danehy Jr., F.T. / Kavosi, M. / Kumar, S. / Lin, S. / Littlefield, C. / Looby, K. / Manohar, R. / Martin, C.J. / Wood, M. / Zawadzka, A. / Wawersik, S. / Nicholls, S.B. / Datta, A. / Buckler, A. / Schurpf, T. / Carven, G.J. / Qatanani, M. / Fogel, A.I.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-1 proprotein
B: Transforming growth factor beta-1 proprotein
C: LTBP-49247 Fab Heavy Chain
D: LTBP-49247 Fab Light Chain
E: LTBP-49247 Fab Heavy Chain
F: LTBP-49247 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,9659
ポリマ－179,6126
非ポリマー1,3533
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.495, 141.905, 186.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-397-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 LTBP-49247 Fab Heavy Chain


分子量: 25100.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / Cell (発現宿主): EPITHELIAL / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- Cells / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F GnTI- Cells / 組織 (発現宿主): KIDNEY / Variant (発現宿主): GnTI- Cells
#3: 抗体 LTBP-49247 Fab Light Chain


分子量: 23484.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / Cell (発現宿主): EPITHELIAL / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- Cells / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F GnTI- Cells / 組織 (発現宿主): KIDNEY / Variant (発現宿主): GnTI- Cells

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 234分子 AB

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量: 41221.035 Da / 分子数: 2 / 変異: C33S, R278A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / プラスミド: pTT5 / Cell (発現宿主): EPITHELIAL / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- Cells / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F GnTI- Cells / 組織 (発現宿主): KIDNEY / Variant (発現宿主): GnTI- Cells / 参照: UniProt: P01137
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 15% PEG 3350, 12% Tacsimate (pH 4.0), 10 mM Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→73.5 Å / Num. obs: 98200 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 62.32 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.21→2.289 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 3.364 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 9725 / CC1/2: 0.351 / Rpim(I) all: 0.967 / Rrim(I) all: 3.502 / % possible all: 94.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→73.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 4891 5.01 %
Rwork0.2316 --
obs0.2333 97670 99.46 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→73.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11003 0 89 232 11324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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