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- PDB-8udk: Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8udk
タイトルHuman Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex
要素
  • (DNA polymerase subunit gamma- ...) x 2
  • DNA (24-MER)
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / Mitochondrial / DNA Polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA replication proofreading / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA replication proofreading / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / DNA polymerase binding / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / protease binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site ...DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase subunit gamma-1 / DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Park, J. / Herrmann, G.K. / Yin, Y.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI134611 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM145925 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: An interaction network in the polymerase active site is a prerequisite for Watson-Crick base pairing in Pol γ.
著者: Joon Park / Geoffrey K Herrmann / Arkanil Roy / Christie K Shumate / G Andrés Cisneros / Y Whitney Yin /
要旨: The replication accuracy of DNA polymerase gamma (Pol γ) is essential for mitochondrial genome integrity. Mutation of human Pol γ arginine-853 has been linked to neurological diseases. Although not ...The replication accuracy of DNA polymerase gamma (Pol γ) is essential for mitochondrial genome integrity. Mutation of human Pol γ arginine-853 has been linked to neurological diseases. Although not a catalytic residue, Pol γ arginine-853 mutants are void of polymerase activity. To identify the structural basis for the disease, we determined a crystal structure of the Pol γ mutant ternary complex with correct incoming nucleotide 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate (dCTP). Opposite to the wild type that undergoes open-to-closed conformational changes when bound to a correct nucleotide that is essential for forming a catalytically competent active site, the mutant complex failed to undergo the conformational change, and the dCTP did not base pair with its Watson-Crick complementary templating residue. Our studies revealed that arginine-853 coordinates an interaction network that aligns the 3'-end of primer and dCTP with the catalytic residues. Disruption of the network precludes the formation of Watson-Crick base pairing and closing of the active site, resulting in an inactive polymerase.
履歴
登録2023年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase subunit gamma-1
B: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
C: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
P: DNA (24-MER)
T: DNA (28-MER)
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,5378
ポリマ－274,0697
非ポリマー4671
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area84800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)215.410, 215.410, 169.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and (resid 67 through 70 or resid 72...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 67 through 70 or resid 72...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLULEULEUBB67 - 7067 - 70
d_12ILEILEVALVALBB72 - 12072 - 120
d_13ARGARGARGARGBB122122
d_14GLNGLNHISHISBB124 - 133124 - 133
d_15LEULEULEULEUBB181 - 190181 - 190
d_16HISHISPHEPHEBB192 - 215192 - 215
d_17PROPROVALVALBB217 - 218217 - 218
d_18LYSLYSLEULEUBB229 - 260229 - 260
d_19TRPTRPASPASPBB262 - 280262 - 280
d_110GLYGLYASPASPBB283 - 308283 - 308
d_111GLUGLUGLYGLYBB310 - 317310 - 317
d_112VALVALGLYGLYBB319 - 324319 - 324
d_113ASPASPASPASPBB326326
d_114ARGARGGLNGLNBB328 - 355328 - 355
d_115LYSLYSLEULEUBB370 - 418370 - 418
d_116THRTHRTHRTHRBB420420
d_117GLNGLNSERSERBB422 - 430422 - 430
d_118TYRTYRVALVALBB432 - 485432 - 485
d_21GLUGLULEULEUCC67 - 7067 - 70
d_22ILEILEVALVALCC72 - 12072 - 120
d_23ARGARGARGARGCC122122
d_24GLNGLNHISHISCC124 - 133124 - 133
d_25LEULEULEULEUCC181 - 190181 - 190
d_26HISHISPHEPHECC192 - 215192 - 215
d_27PROPROVALVALCC217 - 218217 - 218
d_28LYSLYSLEULEUCC229 - 260229 - 260
d_29TRPTRPASPASPCC262 - 280262 - 280
d_210GLYGLYASPASPCC283 - 308283 - 308
d_211GLUGLUGLYGLYCC310 - 317310 - 317
d_212VALVALGLYGLYCC319 - 324319 - 324
d_213ASPASPASPASPCC326326
d_214ARGARGGLNGLNCC328 - 355328 - 355
d_215LYSLYSLEULEUCC370 - 418370 - 418
d_216THRTHRTHRTHRCC420420
d_217GLNGLNVALVALCC422 - 485422 - 485

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.793421714272, 0.483441954073, -0.369818685795), (0.461787180143, 0.0822866707548, -0.883165615313), (-0.396528162401, -0.871500304565, -0.288535328106)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.793421714272, 0.483441954073, -0.369818685795), (0.461787180143, 0.0822866707548, -0.883165615313), (-0.396528162401, -0.871500304565, -0.288535328106)
ベクター: 127.14376023, 26.8217755099, 101.364703704)

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要素

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DNA polymerase subunit gamma- ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-1 / 3'-5' exodeoxyribonuclease / 5'-deoxyribose-phosphate lyase / Mitochondrial DNA polymerase ...3'-5' exodeoxyribonuclease / 5'-deoxyribose-phosphate lyase / Mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit / PolG-alpha


分子量: 139542.562 Da / 分子数: 1 / 変異: D198A, E200A, R853A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG, MDP1, POLG1, POLGA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P54098, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, ...参照: UniProt: P54098, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial / DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55 / Mitochondrial DNA polymerase accessory ...DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55 / Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / MtPolB / PolG-beta


分子量: 54991.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG2, MTPOLB
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9UHN1, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 4種, 4分子 PTDE

#3: DNA鎖 DNA (24-MER)


分子量: 7341.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8644.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4321.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3')


分子量: 4236.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→50 Å / Num. obs: 5106256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 119.55 Å2 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.43→3.48 Å / Num. unique obs: 2869 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286+SVN精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.43→48.87 Å / SU ML: 0.389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3631
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The authors state that the DCP ligand has poor density, which is likely the reason for RSR-Z outlier.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 2000 3.79 %
Rwork0.1976 50824 -
obs0.199 52824 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 138.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.43→48.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13833 1540 28 0 15401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002615944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.694321958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03992379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00422559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.47445994
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.08104532628 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.43-3.520.35271330.30293383X-RAY DIFFRACTION93.07
3.52-3.620.29941390.24853527X-RAY DIFFRACTION96.68
3.62-3.720.25511380.23513513X-RAY DIFFRACTION96.74
3.72-3.840.23531390.21223545X-RAY DIFFRACTION97.1
3.84-3.980.26751420.19553572X-RAY DIFFRACTION97.84
3.98-4.140.26031400.19063587X-RAY DIFFRACTION98.49
4.14-4.330.24541440.18973637X-RAY DIFFRACTION98.85
4.33-4.550.21581410.16593612X-RAY DIFFRACTION98.87
4.55-4.840.18221440.15473661X-RAY DIFFRACTION99.35
4.84-5.210.22681440.17613668X-RAY DIFFRACTION99.45
5.21-5.740.23881470.19563693X-RAY DIFFRACTION99.46
5.74-6.560.21711460.21253711X-RAY DIFFRACTION99.54
6.57-8.260.25521480.20923775X-RAY DIFFRACTION99.72
8.27-48.870.21471550.1963940X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1457695369110.1392892968960.1373995528791.408867148070.2356101559910.0606007504247-0.000393405018489-0.05692700293880.02539426165-0.259900038663-0.05025272218720.03119511730770.04680022808780.0492072495921-0.05190979034260.617850586153-0.06285584665230.01625731980140.4955220652930.1668174613530.59826656367753.526-21.37619.054
20.4165727629560.203311150898-0.3266911467081.27202804294-0.163074315970.889819882260.1122044590140.07291655717120.0634343776115-0.133474408669-0.07961186507240.169395656907-0.154278813695-0.00941454391630.6752390150280.05161305933870.06764490868370.5869881481280.09153482978160.55403665239961.77822.72532.039
30.738869681987-0.4527246332540.5200091032021.18686876209-0.3784742520860.880788829017-0.0164311191768-0.2413733283940.1675799632360.4123012811520.0057206435167-0.411011180441-0.3400341623280.07037623776610.05835569043450.84938739926-0.0497366607577-0.06475707478260.6480745512960.0698901377710.78433035495177.17528.96347.434
40.2015017599930.0639426775852-0.0900183278090.187082106333-0.2142149751640.221261302926-0.3759855303170.155277870567-0.587545097545-0.204554685585-0.08355586991440.1187733676950.2980111943520.0503649853407-9.9188974735E-51.83711128969-0.2293807346780.06494042328881.224812545970.1767027870021.4236686183538.612-12.93144.475
50.165260794296-0.277265575321-0.1694591726250.3131816574280.3302884242620.468032063283-0.138634697777-0.39803262976-0.0822992647452-0.3545486437960.8135634702750.287762159891-0.0429818997852-0.01017544831360.03998994321871.544521080730.04704556771890.08349801432041.614665032720.2062867279961.6169980025938.083-15.3440.349
60.147511986657-0.07269999460540.05540381234380.0251742215461-0.02370191777460.0178194675096-0.6737691297180.301871553245-0.837363435242-0.0619050688549-0.1017538534040.0896406225817-0.00735700332950.224229494857-0.000148512882482.269180413080.2640932688950.27779572252.225765242810.353291605782.02673920467104.584-1.78919.793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 68:1238 )A68 - 1238
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 64:485 )B64 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 67:485 )C67 - 485
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN P AND ( RESID 3:23 OR RESID 24:24 ) )P3 - 23
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN P AND ( RESID 3:23 OR RESID 24:24 ) )P24
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN T AND RESID 2:26 )T2 - 26
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 20:33 ) OR ( CHAIN E AND RESID 95:108 )D20 - 33
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 20:33 ) OR ( CHAIN E AND RESID 95:108 )E95 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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