PDB-8ud0: Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1 from Arabidopsis thal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ud0

タイトル

Sterile Alpha Motif (SAM) domain from Tric1 from Arabidopsis thaliana - G241E mutant

要素

Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Mitochondria / tRNA import / Tric1 / SAM domain / oligomerization / PRAT domain / sterile alpha motif domain

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA import into mitochondrion / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / protein insertion into mitochondrial inner membrane / chloroplast envelope / plastid / protein transmembrane transporter activity / mitochondrion organization / chloroplast / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Olasz, B. / Vrielink, A. / Smithers, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of the SAM domain of the Arabidopsis mitochondrial tRNA import receptor.
著者: Olasz, B. / Smithers, L. / Evans, G.L. / Anandan, A. / Murcha, M.W. / Vrielink, A.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ud0.cif.gz	84.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ud0.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ud0_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ud0_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	8ud0_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	8ud0_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8ud0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8ud0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ucyC 8uczC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

B: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.579, 58.537, 61.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

詳細

The assembly may be hexameric; however, the authors do not know the specific hexameric assembly.

#1: タンパク質	Chloroplastic import inner membrane translocase subunit HP30-1 分子量: 10237.844 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM domain / 変異: G241E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HP30-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9SCK3
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.8-2.3 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris / PH範囲: 8.0-8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→42.55 Å / Num. obs: 14037 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 1355 / CC_1/2: 0.0774 / R_pim(I) all: 0.42 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→42.55 Å / SU ML: 0.2322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	756	5.41 %
R_work	0.1997	13213	-
obs	0.2017	13969	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→42.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1011	0	30	81	1122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7299	1455
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0468	168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0125	182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.326	159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-2.04	0.3039	152	0.2656	2519	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.04-2.24	0.2551	174	0.2156	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.24-2.57	0.222	130	0.2082	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.57-3.23	0.2581	139	0.2233	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-42.55	0.2195	161	0.1749	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.54860732654	-0.456366688302	1.53721164064	8.45424643441	4.35109298893	3.13023735349	-0.351085122559	-1.08486816185	-0.808412116093	0.753436439274	0.400447806341	0.439406343393	1.18509573426	-0.462523723856	0.0762252793946	0.447908724134	0.0334477577174	0.0238282180158	0.406398563023	0.0702554293429	0.294550009368	-8.705	-5.513	20.38
2	7.82831323261	-5.21962050213	3.05675791917	3.74391123564	-1.21580750768	3.95048475412	-1.1192334211	-1.24791974961	-1.23638573802	0.487189174705	0.453417434034	0.393036388131	1.26885661314	0.0785338696546	0.45086825586	0.681074554232	0.116486332903	0.250826568142	0.342527842095	0.111064820717	0.392303942799	-1.189	-15.32	20.745
3	2.76621943823	-2.50789561344	-0.480629591969	5.38428347858	-1.45410623729	2.48353672327	-0.340712636381	-1.10347142361	0.231527128123	1.22015575484	0.470894371853	-0.0655782582047	0.575738482564	1.06160823648	-0.079771160339	0.4615474638	0.14470031586	-0.0923852183268	0.433000278819	-0.0809353186367	0.362490235402	6.23	-9.914	17.184
4	9.84354602232	-4.95538310299	0.237463226482	6.41939777868	5.57543171263	8.62260400426	-0.436627411273	-0.144946975513	0.0663200586991	0.334374800488	0.247802519045	0.182493515697	-0.0523092276611	0.106605644949	0.163417965736	0.305376068127	-0.00449337437958	0.0249641898606	0.165221617452	0.0040606368657	0.199628227397	-4.979	-7.686	12.6
5	3.2621028889	-4.86502222802	3.18751359629	7.84335707837	-3.69741828738	8.4395733948	-0.0157855632653	0.655567384286	0.0946803440156	-0.137675383432	-0.205556455386	-0.467047565123	-0.531301026444	0.371529984088	0.255959960878	0.23083765376	-0.0205255093162	0.0561305900189	0.194648551329	-0.0450384250828	0.271555641943	4.543	-10.563	6.287
6	2.90371925068	-1.56919903631	-3.53238300074	7.31214667045	-1.17590112773	5.7593516453	0.250639194139	0.102384037157	-0.4769207029	1.59837835441	-0.412837092514	1.21171029986	-0.221763961536	-0.727016605135	0.0774631306993	0.483729360332	0.00321167201261	0.172896481838	0.268311077906	-0.0695227488661	0.44864468884	2.03	-19.163	9.194
7	1.70365939776	-2.56968545402	-1.66493340901	3.8730032903	2.5093625811	9.23285606254	-0.00532255640703	0.444209290133	-0.579012548775	1.13024247029	-0.108882788402	-0.67931467848	1.78642801707	-0.323049163067	0.113378089519	0.897713586492	-0.224286857461	0.0319205525624	0.915521071361	0.379450950695	1.42515889612	1.816	-19.035	7.571
8	7.42595132458	1.03023821674	4.59675734867	8.46171482001	-0.113059772575	3.0691857106	-0.309927922582	0.0441741022298	0.803434801728	0.240089266494	-0.34993576859	-0.432146837203	-1.10609207738	0.356316065696	0.380551215059	0.339859896858	0.000668936605193	-0.0627087718603	0.197837442557	-0.0407843811148	0.31365927174	-13.115	6.635	8.948
9	5.6572495309	-0.334161692825	2.4580550716	8.07121390118	-2.97927969721	7.6307977615	-0.194570587686	-0.824392454084	0.485275985746	0.266469600679	-0.0548437066153	0.710155735239	-0.842397690683	-0.843158910054	0.0633731793003	0.277012792076	0.055251898257	-0.00303447391669	0.364908256173	-0.0940869325093	0.242759649979	-20.769	2.061	6.405
10	3.21293640032	-0.203940327501	4.62706587379	5.85489643432	2.82810007321	9.04327963656	0.0791907734419	-0.0816813941452	-0.0404263331647	0.397119750666	-0.161170885537	0.184489715511	0.316633185293	-0.515304316138	0.0598041415791	0.207639991736	-0.0401616191875	0.00655459545907	0.214881838895	0.00512824130983	0.145062203957	-14.731	-6.205	5.978
11	9.02635059082	2.86069350414	-5.17836580283	7.25709080681	-2.98603779331	3.47513676185	0.0731634463053	0.358790377226	0.393419369861	-0.0642854568321	-0.212793646427	-0.222288206085	-0.562699736731	0.135360069703	0.175858915583	0.316636378942	-0.0295651763722	-0.0417709890889	0.316894435269	0.0137251480963	0.186214211028	-13.942	-2.113	-4.35

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 191:196 )	A	191 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 197:206 )	A	197 - 206
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 207:217 )	A	207 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 218:227 )	A	218 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 228:239 )	A	228 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 240:251 )	A	240 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 252:253 )	A	252 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 192:205 )	B	192 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 206:217 )	B	206 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 218:239 )	B	218 - 239
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 240:253 )	B	240 - 253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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