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万見
- PDB-8ucq: CryoEM structure of Sec7 autoinhibited conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ucq
タイトルCryoEM structure of Sec7 autoinhibited conformation
要素SEC7 domain-containing protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GEF / Exchange Factor / Golgi
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein transport / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / Sec7/BIG1-like, C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / BIG2 C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily ...Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / Sec7/BIG1-like, C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / BIG2 C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
A7bd1859-5d22-4ce8-aff3-d8d273e6acf0
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothielavioides terrestris (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Brownfield, B.A. / Fromme, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136258 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Sec7 regulatory domains scaffold autoinhibited and active conformations.
著者: Bryce A Brownfield / Brian C Richardson / Steve L Halaby / J Christopher Fromme /
要旨: The late stages of Golgi maturation involve a series of sequential trafficking events in which cargo-laden vesicles are produced and targeted to multiple distinct subcellular destinations. Each of ...The late stages of Golgi maturation involve a series of sequential trafficking events in which cargo-laden vesicles are produced and targeted to multiple distinct subcellular destinations. Each of these vesicle biogenesis events requires activation of an Arf GTPase by the Sec7/BIG guanine nucleotide exchange factor (GEF). Sec7 localization and activity is regulated by autoinhibition, positive feedback, and interaction with other GTPases. Although these mechanisms have been characterized biochemically, we lack a clear picture of how GEF localization and activity is modulated by these signals. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of full-length Sec7 in its autoinhibited form, revealing the architecture of its multiple regulatory domains. We use functional experiments to determine the basis for autoinhibition and use structural predictions to produce a model for an active conformation of the GEF that is supported empirically. This study therefore elucidates the conformational transition that Sec7 undergoes to become active on the organelle membrane surface.
履歴
登録2023年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SEC7 domain-containing protein
A: SEC7 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,1272
ポリマ－431,1272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 SEC7 domain-containing protein


分子量: 215563.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothielavioides terrestris (菌類)
遺伝子: TT172_LOCUS6419 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A3S5CXE1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sec7 homodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.39214 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermothielavioides terrestris (菌類)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes pH 7.4C8H18N2O4S1
2250 mMSodium chlorideNaCl1
32 mMDithiothreitolC4H10O2S21
41 mMFOS-Choline-8, FluorinatedC13H17F13NO4P1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 63000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3.092 sec. / 電子線照射量: 55.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4474
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: After motion correction, 1,073 images were manually removed leaving 3,401 curated micrographs.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 938642
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196888 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: Phenix Real Space Refinement
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 81.56 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003120144
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56827180
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03743164
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00293410
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.93572634

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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