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- PDB-8uca: Formation of I2+III2 supercomplex rescues respiratory chain defects -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8uca
タイトルFormation of I2+III2 supercomplex rescues respiratory chain defects
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 9
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 12
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / Translocase / Super complex XL (CI2+CIII2)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to D-galactosamine / Complex III assembly / Mitochondrial protein import / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / response to mercury ion / subthalamus development ...response to D-galactosamine / Complex III assembly / Mitochondrial protein import / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / response to mercury ion / subthalamus development / pons development / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / cerebellar Purkinje cell layer development / blastocyst hatching / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory system process / pyramidal neuron development / response to alkaloid / cellular respiration / psychomotor behavior / thalamus development / mesenchymal stem cell proliferation / Mitochondrial protein degradation / cellular response to oxygen levels / response to light intensity / reproductive system development / respiratory chain complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / response to copper ion / gliogenesis / mesenchymal stem cell differentiation / response to glucagon / circulatory system development / respiratory chain complex III / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cardiac muscle tissue development / quinol-cytochrome-c reductase / neural precursor cell proliferation / positive regulation of mitochondrial membrane potential / [2Fe-2S] cluster assembly / adult walking behavior / oxygen sensor activity / response to hydroperoxide / quinol-cytochrome-c reductase activity / stem cell division / cellular response to glucocorticoid stimulus / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / iron-sulfur cluster assembly / response to cobalamin / hypothalamus development / midbrain development / electron transport coupled proton transport / dopamine metabolic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / adult behavior / positive regulation of ATP biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / respiratory chain complex I / animal organ regeneration / response to hyperoxia / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / neuron development / quinone binding / response to cadmium ion / cellular response to interferon-beta / ATP synthesis coupled electron transport / response to hormone / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / cellular response to retinoic acid / neurogenesis / Neutrophil degranulation / visual perception / muscle contraction / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / cerebellum development / hippocampus development / response to activity / respiratory electron transport chain / regulation of mitochondrial membrane potential / response to nicotine / mitochondrion organization / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / fatty acid metabolic process / response to cocaine / kidney development / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / monooxygenase activity / electron transport chain / brain development
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / NmrA-like domain / NmrA-like family / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Complex1_LYR-like / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / NmrA-like domain / NmrA-like family / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Complex1_LYR-like / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Insulinase family, zinc-binding region signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Di-haem cytochrome, transmembrane / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial ...2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Cytochrome b / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Letts, J.A. / Padavannil, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM137929 米国
引用ジャーナル: Cell Metab / 年: 2025
タイトル: Formation of I+III supercomplex rescues respiratory chain defects.
著者: Chao Liang / Abhilash Padavannil / Shan Zhang / Sheryl Beh / David R L Robinson / Jana Meisterknecht / Alfredo Cabrera-Orefice / Timothy R Koves / Chika Watanabe / Miyuki Watanabe / María ...著者: Chao Liang / Abhilash Padavannil / Shan Zhang / Sheryl Beh / David R L Robinson / Jana Meisterknecht / Alfredo Cabrera-Orefice / Timothy R Koves / Chika Watanabe / Miyuki Watanabe / María Illescas / Radiance Lim / Jordan M Johnson / Shuxun Ren / Ya-Jun Wu / Dennis Kappei / Anna Maria Ghelli / Katsuhiko Funai / Hitoshi Osaka / Deborah Muoio / Cristina Ugalde / Ilka Wittig / David A Stroud / James A Letts / Lena Ho /
要旨: Mitochondrial electron transport chain (ETC) complexes partition between free complexes and quaternary assemblies known as supercomplexes (SCs). However, the physiological requirement for SCs and the ...Mitochondrial electron transport chain (ETC) complexes partition between free complexes and quaternary assemblies known as supercomplexes (SCs). However, the physiological requirement for SCs and the mechanisms regulating their formation remain controversial. Here, we show that genetic perturbations in mammalian ETC complex III (CIII) biogenesis stimulate the formation of a specialized extra-large SC (SC-XL) with a structure of I+III, resolved at 3.7 Å by cryoelectron microscopy (cryo-EM). SC-XL formation increases mitochondrial cristae density, reduces CIII reactive oxygen species (ROS), and sustains normal respiration despite a 70% reduction in CIII activity, effectively rescuing CIII deficiency. Consequently, inhibiting SC-XL formation in CIII mutants using the Uqcrc1 contact site mutation leads to respiratory decompensation. Lastly, SC-XL formation promotes fatty acid oxidation (FAO) and protects against ischemic heart failure in mice. Our study uncovers an unexpected plasticity in the mammalian ETC, where structural adaptations mitigate intrinsic perturbations, and suggests that manipulating SC-XL formation is a potential therapeutic strategy for mitochondrial dysfunction.
履歴
登録2023年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
S3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
S2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
4L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
AL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
A9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
S4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
S6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
A2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
AB: Acyl carrier protein, mitochondrial
AC: Acyl carrier protein, mitochondrial
A5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
A6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
A8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
AM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
AO: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
A1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
A3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
C1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
C2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
S5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
B1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
BM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
B5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
B6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
B2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
B3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
B8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
B4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
B9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
B7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
BL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
AN: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
A7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
V3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
3a: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
s3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
s2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
1a: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
6a: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
4l: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
5a: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
4a: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
2a: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
al: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
a9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
s4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
s6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
a2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
ab: Acyl carrier protein, mitochondrial
ac: Acyl carrier protein, mitochondrial
a5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
a6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
a8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
am: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
ao: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
a1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
a3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
c1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
c2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
s5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
b1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
bm: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
b5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
b6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
b2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
b3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
b8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
b4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
b9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
b7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
bl: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
an: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
a7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
v3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
3A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
3B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
3C: Cytochrome b
3D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
3E: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
3F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
3G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
3H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
3J: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
3K: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
3L: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
3M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
3N: Cytochrome b
3O: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
3P: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
3Q: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
3R: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
3S: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
3T: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
3U: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
3V: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
V1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
V2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
S1: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
S7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
S8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
v1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
v2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
s1: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
s7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
s8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,577,848147
ポリマ－2,563,286111
非ポリマー14,56236
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 14分子 33a11a66a4L4l55a44a22a

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 13223.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mt-Nd3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P03899
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 36105.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mt-Nd1, ND1, Nd1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q4JFN6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 18628.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mtnd6, mt-Nd6, Nd6 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03925, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10609.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mtnd4l, mt-Nd4l, Nd4l / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03903, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68519.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mtnd5, mt-Nd5, Nd5 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03921, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 51915.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mtnd4, mt-Nd4, Nd4 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03911, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 38772.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mt-Nd2, Nd2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P03893, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 14分子 S3s3S2s2S4s4S6s6S5s5S7s7S8s8

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 30191.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9DCT2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52720.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q91WD5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 19814.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs4 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CXZ1
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit


分子量: 13041.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs6, Ip13 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P52503
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12675.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs5 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99LY9
#54: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit


分子量: 24715.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs7 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9DC70, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#55: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 24068.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs8 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q8K3J1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 24分子 ALalA9a9A2a2A5a5A6a6A8a8AMamAOaoA1a1A3a3ANanA7a7

#10: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 40657.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa10 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99LC3
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial


分子量: 42588.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa9 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DC69
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 10932.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ75
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13380.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa5 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPP6
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 15311.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa6 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQZ5
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 20025.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa8 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCJ5
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11


分子量: 14999.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa11 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G5E814
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic ...Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / GRIM-19 / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16881.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa13, Grim19 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9ERS2
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8149.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O35683
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9338.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ91
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Complex I-B17.2 / CI-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2


分子量: 17112.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa12 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q7TMF3
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12464.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufa7 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z1P6

-
タンパク質 , 4種, 10分子 ABACabac3C3N3D3OS1s1

#15: タンパク質
Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17390.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufab1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR21
#42: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 43143.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mt-Cyb / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P00158
#43: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial


分子量: 27312.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cyc1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D0M3
#53: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 78781.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufs1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q91VD9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 4分子 C1c1C2c2

#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 8636.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufc1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQY9
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14185.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufc2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ54

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 22分子 B1b1BMbmB5b5B6b6B2b2B3b3B8b8B4b4B9b9B7b7BLbl

#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6965.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P0DN34
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / ...Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / Np15.6 / p15.6


分子量: 17463.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb11, Np15 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O09111
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 21742.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb5 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQH3
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15408.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb6, Gm137 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3UIU2
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 11982.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPU2
#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 11714.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQZ6
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 21903.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb8 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D6J5
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 15105.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb4 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQC7
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 22020.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb9 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQJ8
#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16229.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb7 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR61
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 21054.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufb10 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DCS9

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 6分子 V3v3V1v1V2v2

#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 11833.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufv3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BK30
#51: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit


分子量: 50132.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufv1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q91YT0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#52: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 26948.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ndufv2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q9D6J6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 17分子 3A3L3B3M3E3P3F3Q3G3R3H3S3J3U3K3V3T

#40: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial


分子量: 49355.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrc1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZ13
#41: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial


分子量: 46641.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrc2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DB77
#44: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Su9 / Subunit 9 / 8 kDa subunit 9 / Complex III subunit IX / Cytochrome b-c1 complex subunit 11 / ...Su9 / Subunit 9 / 8 kDa subunit 9 / Complex III subunit IX / Cytochrome b-c1 complex subunit 11 / UQCRFS1 mitochondrial targeting sequence / UQCRFS1 MTS / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein


分子量: 21524.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrfs1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR68
#45: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13456.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrb / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQB4
#46: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 9652.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrq / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQ69
#47: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein


分子量: 9002.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrh / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P99028
#48: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein


分子量: 7326.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcr10 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8R1I1
#49: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein


分子量: 6546.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcr11, Uqcr / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPX8
#50: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 7900.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uqcrfs1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR68

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非ポリマー , 10種, 36分子

#56: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#58: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 化合物
ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS
#61: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#62: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#63: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#64: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#65: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial Super-complex with CI dimer and CIII dimer (Super-complex XL)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9, #12, #14, #16-#41, #45-#50 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182132 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.013170083
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.158230842
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.51722990
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.15225392
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01529290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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