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- PDB-8uc5: Apo X-ray crystal structure of Cyclophilin D with a surface entro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uc5
タイトルApo X-ray crystal structure of Cyclophilin D with a surface entropy reduction mutation (K175I)
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE / Peptidyl prolyl isomerase / Cyclophilin D / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / apoptotic mitochondrial changes / necroptotic process / cellular response to calcium ion / response to ischemia / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Rangwala, A.M. / Seeliger, M.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM133893 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM119437 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F30CA260771 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo X-ray crystal structure of Cyclophilin D with a surface entropy reduction mutation (K175I)
著者: Kreitler, D.F. / Seeliger, M.A. / Rangwala, A.M.
履歴
登録2023年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,61419
ポリマ－53,6023
非ポリマー1,01216
水6,287349
1
X: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,43010
ポリマ－17,8671
非ポリマー5639
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1606
ポリマ－17,8671
非ポリマー2935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0243
ポリマ－17,8671
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.667, 56.643, 101.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F


分子量: 17867.334 Da / 分子数: 3 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 % / 解説: 3D
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Well solution: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0. Protein solution: 15 mg/mL protein, 20 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, and 5% glycerol. Drop: 1 uL protein, 1 uL well solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月2日 / 詳細: KB
放射モノクロメーター: DCM Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→29.33 Å / Num. obs: 105128 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.24 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7331 / CC1/2: 0.657 / Rrim(I) all: 0.807 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc7_3834精密化
DIMPLE位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→29.33 Å / SU ML: 0.1273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.7574
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1754 1996 1.9 %
Rwork0.1442 103124 -
obs0.1448 105120 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3741 0 49 349 4139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01013916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12245285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.51281414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43-1.460.2571310.21117001X-RAY DIFFRACTION92.89
1.46-1.50.24191440.19087292X-RAY DIFFRACTION96.75
1.5-1.550.23251470.17417260X-RAY DIFFRACTION96.84
1.55-1.60.2461340.16367291X-RAY DIFFRACTION97.07
1.6-1.660.19121390.15137343X-RAY DIFFRACTION97.32
1.66-1.720.1891350.13827357X-RAY DIFFRACTION97.49
1.72-1.80.19471480.12987342X-RAY DIFFRACTION97.69
1.8-1.890.15441440.12367418X-RAY DIFFRACTION98.03
1.89-2.010.15651390.12167368X-RAY DIFFRACTION97.98
2.01-2.170.15651530.1217402X-RAY DIFFRACTION98.05
2.17-2.390.18191360.13037427X-RAY DIFFRACTION98.25
2.39-2.730.181440.15517412X-RAY DIFFRACTION97.62
2.73-3.440.19661470.14887508X-RAY DIFFRACTION98.56
3.44-29.330.14151550.14727703X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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