PDB-8uan: The crystal structure of cobalt-bound human ADO C18S C239S varian...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uan

タイトル

The crystal structure of cobalt-bound human ADO C18S C239S variant at 1.99 Angstrom

要素

2-aminoethanethiol dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cysteamine dioxygenase / cobalt-bound human ADO

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteamine dioxygenase / cysteamine dioxygenase activity / Degradation of cysteine and homocysteine / cellular response to hypoxia / iron ion binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Liu, A. / Li, J. / Duan, R. / Shin, I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Cobalt(II)-Substituted Cysteamine Dioxygenase Oxygenation Proceeds through a Cobalt(III)-Superoxo Complex.
著者: Li, J. / Duan, R. / Liu, A.

履歴

登録	2023年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uan.cif.gz	66.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uan.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uan_validation.pdf.gz	400.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uan_full_validation.pdf.gz	401.3 KB	表示
XML形式データ	8uan_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	8uan_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/8uan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/8uan	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8u9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-aminoethanethiol dioxygenase

ヘテロ分子

30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.863, 95.920, 118.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	2-aminoethanethiol dioxygenase / Cysteamine dioxygenase 分子量: 30108.080 Da / 分子数: 1 / 変異: C18S, C239S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SZ5
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.97946
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	1.60471

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2022年12月7日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2022年12月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97946	1
2	1.60471	1

反射

Entry-ID: 8UAN

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	CC star	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.99-50	21821	99.7	6.5	0.96	0.99	0.163	0.069	0.177	4.603	1	8.2
2.43-50	11974	99.6	21	0.9	0.973	0.336	0.07	0.344	0.963	2	4.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.02	6.1	0.487	1061	0.916	0.978	0.208	0.531	0.818	1	98
2.43-2.47	8.8	1.579	560	0.379	0.741	0.536	1.678	0.728	2	97.2
2.02-2.06	6.3	0.451	1069	0.938	0.984	0.192	0.491	0.885	1	100
2.47-2.52	9.8	1.837	590	0.412	0.764	0.576	1.934	0.706	2	98.7
2.06-2.1	6.4	0.42	1082	0.946	0.986	0.176	0.456	1.18	1	99.6
2.52-2.57	11	1.681	601	0.741	0.923	0.503	1.759	0.746	2	99.7
2.1-2.14	6.6	0.368	1071	0.962	0.99	0.155	0.4	1.012	1	100
2.57-2.62	13.3	2.052	583	0.817	0.948	0.567	2.131	0.709	2	99.5
2.14-2.19	6.6	0.35	1064	0.935	0.983	0.147	0.38	1.188	1	100
2.62-2.67	16.1	2.122	565	0.884	0.969	0.53	2.189	0.706		100
2.19-2.24	6.5	0.328	1085	0.952	0.988	0.138	0.357	1.364	1	99.8
2.67-2.74	17.9	2.828	616	0.886	0.969	0.659	2.906	0.71	2	100
2.24-2.3	6.2	0.303	1080	0.922	0.98	0.134	0.332	1.601	1	99.4
2.74-2.81	20.4	2.403	577	0.935	0.983	0.53	2.462	0.739	2	100
2.3-2.36	6.5	0.273	1059	0.949	0.987	0.116	0.298	1.821	1	100
2.81-2.88	22.7	2.085	623	0.964	0.991	0.438	2.131	0.753	2	99.8
2.36-2.43	6.8	0.256	1100	0.941	0.985	0.106	0.277	2.002	1	100
2.88-2.97	24.4	1.548	574	0.975	0.994	0.316	1.581	0.772		100
2.43-2.51	6.8	0.238	1082	0.948	0.986	0.099	0.258	2.455	1	99.7
2.97-3.06	24.1	1.446	596	0.949	0.987	0.295	1.476	0.815	2	100
2.51-2.6	6.7	0.222	1081	0.958	0.989	0.094	0.242	2.865	1	100
3.06-3.17	23.3	1.068	589	0.961	0.99	0.223	1.092	0.863	2	99.2
2.6-2.7	6.6	0.215	1077	0.952	0.988	0.09	0.234	3.539	1	99.8
3.17-3.3	23.7	0.768	587	0.975	0.994	0.16	0.785	0.881	2	100
2.7-2.82	6.1	0.207	1089	0.968	0.992	0.092	0.227	4.53	1	99.5
3.3-3.45	26.5	0.514	608	0.98	0.995	0.101	0.524	0.932	2	99.8
2.82-2.97	6.8	0.194	1089	0.946	0.986	0.081	0.21	5.391	1	100
3.45-3.63	26.5	0.384	591	0.975	0.994	0.077	0.392	0.966	2	99.8
2.97-3.16	6.8	0.185	1087	0.967	0.992	0.077	0.201	6.654	1	99.9
3.63-3.86	26.1	0.323	598	0.986	0.996	0.065	0.329	1.047	2	99.8
3.16-3.4	6.7	0.174	1109	0.966	0.991	0.072	0.189	8.055	1	100
3.86-4.15	25.4	0.226	601	0.989	0.997	0.053	0.272	1.08	2	100
3.4-3.74	6.2	0.163	1105	0.961	0.99	0.071	0.178	10.047	1	99.6
4.15-4.57	23	0.233	616	0.987	0.997	0.049	0.238	1.187	2	99.8
3.74-4.29	6.8	0.155	1112	0.969	0.992	0.066	0.169	11.482	1	100
4.57-5.23	25.9	0.23	613	0.99	0.998	0.045	0.234	1.185	2	100
4.29-5.4	6.4	0.149	1128	0.975	0.994	0.064	0.163	11.967	1	99.4
5.23-6.59	25.8	0.227	625	0.98	0.995	0.046	0.232	1.206	2	100
5.4-50	6.2	0.135	1191	0.984	0.996	0.059	0.148	11.46	1	99.7
6.59-50	23.3	0.269	661	0.995	0.988	0.056	0.276	1.636	2	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→47.62 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	1990	9.16 %
R_work	0.1981	-	-
obs	0.2015	21723	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1888	0	25	80	1993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.989	2665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.708	270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.03	0.3242	135	0.3013	1286	X-RAY DIFFRACTION	91
2.03-2.09	0.2845	130	0.2592	1384	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.15	0.2612	138	0.2413	1395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.22	0.3228	143	0.2292	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.3	0.2846	146	0.2361	1395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.39	0.2534	136	0.228	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.5	0.2833	136	0.2178	1427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.63	0.2666	146	0.2246	1388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.2537	139	0.2279	1411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.2565	147	0.2195	1404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.2532	144	0.2178	1435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.8	0.2344	147	0.1898	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.78	0.2002	150	0.1595	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-47.62	0.2005	153	0.1771	1525	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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