PDB-8u9j: The crystal structure of iron-bound human ADO C18S C239S variant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u9j

タイトル

The crystal structure of iron-bound human ADO C18S C239S variant at 2.02 Angstrom

要素

2-aminoethanethiol dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cysteamine dioxygenase (EC 1.13.11.19) / iron-bound human ADO

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteamine dioxygenase / cysteamine dioxygenase activity / Degradation of cysteine and homocysteine / cellular response to hypoxia / iron ion binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Liu, A. / Li, J. / Duan, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Cobalt(II)-Substituted Cysteamine Dioxygenase Oxygenation Proceeds through a Cobalt(III)-Superoxo Complex.
著者: Li, J. / Duan, R. / Liu, A.

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u9j.cif.gz	117.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u9j.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u9j_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u9j_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8u9j_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8u9j_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uanC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-aminoethanethiol dioxygenase

B: 2-aminoethanethiol dioxygenase

ヘテロ分子

60.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 2-aminoethanethiol dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-aminoethanethiol dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.941, 55.198, 97.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	2-aminoethanethiol dioxygenase / Cysteamine dioxygenase 分子量: 30108.080 Da / 分子数: 2 / 変異: C18S, C239S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SZ5
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月27日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 36519 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.231 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.256 / Χ²: 1.027 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 157446

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.01-2.04	2.8	0.923	1528	0.663	0.893	0.557	1.085	0.484	82.2
2.04-2.08	3.2	0.883	1589	0.642	0.884	0.489	1.016	0.502	85.5
2.08-2.12	3.4	0.797	1655	0.779	0.936	0.413	0.903	0.539	88.5
2.12-2.17	3.6	0.808	1757	0.762	0.93	0.417	0.914	0.496	91.9
2.17-2.21	3.8	0.78	1735	0.755	0.927	0.392	0.878	0.539	93.9
2.21-2.26	3.9	0.728	1797	0.724	0.917	0.366	0.819	0.591	95.5
2.26-2.32	4	0.621	1839	0.899	0.973	0.307	0.695	0.606	97.5
2.32-2.38	4.3	0.581	1840	0.892	0.971	0.283	0.649	0.606	98.9
2.38-2.45	4.5	0.53	1883	0.887	0.97	0.253	0.59	0.645	99.8
2.45-2.53	4.6	0.484	1871	0.932	0.982	0.228	0.536	0.673	100
2.53-2.62	4.7	0.414	1899	0.939	0.984	0.194	0.458	0.75	99.9
2.62-2.73	4.7	0.371	1874	0.952	0.987	0.174	0.411	0.794	100
2.73-2.85	4.8	0.315	1887	0.961	0.99	0.145	0.348	0.94	100
2.85-3	4.8	0.266	1877	0.961	0.99	0.122	0.294	1.118	100
3-3.19	4.8	0.229	1887	0.972	0.993	0.105	0.252	1.164	100
3.19-3.44	4.8	0.203	1910	0.97	0.992	0.093	0.224	1.494	100
3.44-3.78	4.8	0.18	1889	0.971	0.993	0.083	0.199	1.719	100
3.78-4.33	4.8	0.164	1922	0.973	0.993	0.076	0.181	1.813	100
4.33-5.45	4.7	0.144	1910	0.974	0.993	0.068	0.16	1.67	99.9
5.45-50	4.6	0.144	1970	0.975	0.994	0.068	0.16	1.883	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487-000	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→46.84 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	1990	5.48 %
R_work	0.2082	-	-
obs	0.211	36311	95.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3800	0	36	281	4117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	5395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.823	545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	572
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	725

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.07	0.3634	115	0.3043	1939	X-RAY DIFFRACTION	77
2.07-2.12	0.3299	127	0.2623	2194	X-RAY DIFFRACTION	86
2.12-2.19	0.2756	132	0.2563	2290	X-RAY DIFFRACTION	91
2.19-2.26	0.3319	138	0.2566	2392	X-RAY DIFFRACTION	94
2.26-2.34	0.2657	143	0.2527	2468	X-RAY DIFFRACTION	97
2.34-2.43	0.3006	144	0.2363	2516	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.54	0.2651	146	0.2263	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.67	0.2989	148	0.2163	2538	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.84	0.3035	148	0.2193	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.06	0.2523	148	0.2069	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.37	0.2441	148	0.2037	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.86	0.2274	150	0.1779	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.86	0.2304	149	0.1688	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-46.84	0.2366	154	0.2034	2642	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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