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- PDB-8u9g: Human Class I MHC HLA-A2 bound to sorting nexin 24 (127-135) neoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u9g
タイトルHuman Class I MHC HLA-A2 bound to sorting nexin 24 (127-135) neoantigen KLSHQLVLL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA-A*02:01 alpha chain
  • Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / MHC-I / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-2-microglobulin / HLA class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Arbuiso, A. / Weiss, L.I. / Brambley, C.A. / Ma, J. / Keller, G.L.J. / Ayres, C.M. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Accurate modeling of peptide-MHC structures with AlphaFold.
著者: Mikhaylov, V. / Brambley, C.A. / Keller, G.L.J. / Arbuiso, A.G. / Weiss, L.I. / Baker, B.M. / Levine, A.J.
履歴
登録2023年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-A*02:01 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
D: HLA-A*02:01 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
C: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
F: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9659
ポリマ－89,5726
非ポリマー3933
水88349
1
A: HLA-A*02:01 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8924
ポリマ－44,7863
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
D: HLA-A*02:01 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0735
ポリマ－44,7863
非ポリマー2872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.196, 85.432, 84.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA-A*02:01 alpha chain / HLA class I antigen / HLA class I histocompatibility antigen / HLA class I histocompatibility ...HLA class I antigen / HLA class I histocompatibility antigen / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / A alpha chain / MHC class I antigen / MHC class I protein / MHC class I protein (HLA-A)


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Z42
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide


分子量: 1052.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 52分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified protein complexes were concentrated to 7.4 mg/mL before crystallization. The crystals were grown in 12.5% PEG 4000 and 0.1 M MES (pH 6.5) via hanging drop vapor diffusion. Crystals ...詳細: Purified protein complexes were concentrated to 7.4 mg/mL before crystallization. The crystals were grown in 12.5% PEG 4000 and 0.1 M MES (pH 6.5) via hanging drop vapor diffusion. Crystals were harvested and cryoprotected in 8% glycerol/92% mother liquor and immediately stored in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→59.92 Å / Num. obs: 18717 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.947 / Rmerge(I) obs: 0.1708 / Rpim(I) all: 0.1116 / Rrim(I) all: 0.2049 / Net I/σ(I): 5.16
反射 シェル解像度: 2.87→2.973 Å / Num. unique obs: 1858 / Rpim(I) all: 0.2445

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
REFMAC5精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.87→59.92 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 --
Rwork0.1999 --
obs-18706 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→59.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 25 49 6390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.771879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131147
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-3.050.30951520.24882942X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.290.29721640.23272946X-RAY DIFFRACTION99
3.29-3.620.29321240.22252894X-RAY DIFFRACTION96
3.62-4.140.22331120.18243048X-RAY DIFFRACTION100
4.14-5.210.19441480.15742989X-RAY DIFFRACTION100
5.22-59.92X-RAY DIFFRACTION
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00320.00340.01690.0041-0.00820.02460.2053-0.14-0.0047-0.02630.1534-0.10010.1695-0.11420-0.05590.01520.0508-0.066-0.0545-0.20423.4621-3.433920.1856
20.01210.01210.0012-0.0006-0.00430.00250.028-0.0983-0.0481-0.07570.01350.0227-0.04190.046800.05160.008-0.00190.04460.00960.0476-7.1505-6.94314.1172
30.0016-0.0004-0.00040.00030.00960.00340.01990.01730.06530.0485-0.028-0.0117-0.0073-0.05060-0.0251-0.0144-0.03270.0914-0.01580.02012.381311.545712.0367
40.0362-0.0189-0.01950.00160.02170.00740.0823-0.10630.0062-0.12030.04030.096-0.0148-0.05-0-0.1793-0.1562-0.0706-0.1365-0.12-0.09655.5087-39.007235.4038
5-0.0001-0.0009-0.0002-0.0028-0.0016-0.00390.00770.0062-0.05570.09990.0811-0.00520.11210.0291-0-0.0520.02960.004-0.31420.1868-0.10526.6591-53.848127.1756
6-0.00170-0.00130.00070.001-0.00010.0025-0.0167-0.0007-0.011-0.0123-0.01230.0043-0.004-00.0455-0.05850.0677-0.04010.0320.064530.8067-4.55623.5001
7-0.00060.0008-0.0003-0.00070.00020.00040.0062-0.01360.0149-0.0007-0.00540.0078-0.01110.0073-00.07210.02530.00890.1131-0.04540.0965-1.66-38.117239.0063
8-0.0057-0.00790.00190.00060.00230.00280.0301-0.05870.0417-0.07630.1049-0.01710.02850.0269-0-0.0493-0.1529-0.0057-0.2756-0.02270.016236.1645-35.337419.3963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 275 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 100 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 180)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 1 through 9)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 1 through 9 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 181 through 275 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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