PDB-8u9e: Crystal Structure of Staphylococcus aureus Pdx1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u9e

タイトル

Crystal Structure of Staphylococcus aureus Pdx1

要素

Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Synthase / Vitamin B6 synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutamine metabolic process / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Barra, A.L.C. / Nascimento, A.S.

資金援助

ブラジル,

ドイツ, 9件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2015/26722-8	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2015/13684-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2020/03983-9	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2019/26428-3	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2019/20219-3	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2019/00899-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2018/21213-6	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	302992/2021-9	ブラジル
German Research Foundation (DFG)	390715994	ドイツ

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure and dynamics of the staphylococcal pyridoxal 5-phosphate synthase complex reveal transient interactions at the enzyme interface.
著者: Barra, A.L.C. / Ullah, N. / Brognaro, H. / Gutierrez, R.F. / Wrenger, C. / Betzel, C. / Nascimento, A.S.

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/8u9e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qocC 8u7jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS

ヘテロ分子

65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
391 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.407, 182.407, 96.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS 分子量: 32158.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: pdxS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1HGG1

-
非ポリマー , 5種, 11分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris base; BICINE, pH 8.5; 1.6% w/v dipeptides mix, 20% v/v glycerol; 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.959→82.234 Å / Num. obs: 12897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30 % / B_iso Wilson estimate: 92.08 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.153 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.959→3.01 Å / 冗長度: 33.2 % / R_merge(I) obs: 2.058 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 640 / CC_1/2: 0.76 / R_pim(I) all: 0.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_4788	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.02→82.2 Å / SU ML: 0.5232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.3412
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	562	4.6 %
R_work	0.2236	11650	-
obs	0.2255	12212	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→82.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3410	0	46	1	3457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0013	3502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3871	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0385	550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.7771	540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.02-3.32	0.3757	137	0.3047	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.8	0.2973	150	0.2486	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.79	0.2633	126	0.2086	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-82.2	0.2341	149	0.2078	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.09194210922	-0.218068469584	1.11697495594	6.3483443576	-0.96270134892	0.293130412566	0.104044200751	-1.70297047408	0.524020585101	0.413796119263	-0.246630295091	0.313064985235	-1.13550187299	-0.109212487348	0.555075620084	1.4832964443	-0.0740964319259	0.32937403631	0.801425442158	-0.429895637413	0.855016940974	-12.2622454163	41.5891282023	34.0470329584
2	1.17811745731	0.596820840405	0.725010427071	7.84814417376	2.69351943659	1.16532034888	0.354710919943	-1.1909267763	0.69760710177	1.82943668267	0.00240923871239	0.16584668504	-0.877808287252	-0.36285622428	-0.102673871712	1.49541293209	0.145549198033	0.383990305368	0.935463768599	-0.23617061624	0.964254388951	-20.9242958488	33.2954217574	34.0335426479
3	4.57874391957	0.00749256081138	2.09026714766	2.0830054242	-0.782685669839	3.95816102909	0.4118758346	-0.547687608655	0.309662623073	-0.43679495962	-0.178827853989	0.0656360223901	-1.22008691223	-0.236048781144	-0.28027301048	1.0480574761	0.223270540137	0.24880299213	0.811452791769	-0.186101353201	0.796397926644	-23.8613179178	29.7874306751	21.6837194805
4	4.87066727887	0.818607744766	2.81249573335	2.23307725386	0.408904206041	2.28057669181	-0.0815118758048	-0.522020773239	0.152013932359	0.163451240749	0.214184878384	0.113077296271	-0.65621512433	-0.349452145388	-0.15971200438	1.18175968903	0.112343790085	0.281913680362	0.628121078311	-0.135858340636	0.680021403919	-10.6428183608	34.3079588692	14.1226188034
5	2.52587302949	-1.19851321782	0.95250738539	3.71024617943	-0.377254173175	0.556555046466	0.102037292808	0.0607762630068	0.679980040553	-0.0132924194446	0.0174997475034	0.116198244764	-0.704441459954	-0.0690962344405	0.0107478407492	1.03685364123	-0.00141700570561	0.274126453412	0.630794560689	-0.0193055111124	0.751869804504	-7.72688927469	38.3573806055	8.39724192491
6	3.37989189436	1.47886239816	-3.05240859793	3.11249161271	-1.35797471878	3.83968063741	0.89345244232	-0.695374615499	-0.0117732664423	0.885719183721	-0.188563965788	0.836172490121	-0.142911211628	0.921211687007	-0.58327053606	1.69498349145	-0.0696270157867	0.388655353961	0.663767437607	-0.223031721986	1.01526199126	-4.59436633222	37.835398156	30.4313936248
7	0.508950592622	0.0995200204307	-0.222472567897	0.665823994883	0.130921828173	0.492918269108	0.184379488865	-0.397587028485	0.604152395717	0.0840345748725	0.110999450089	-0.062218101358	-0.0268562954211	0.209839406237	0.0559593927209	1.9467425756	-0.252299893537	0.465902978562	0.900741208705	-0.538805366856	1.11411559253	3.44863721711	45.1849049534	32.0881774951
8	7.25438767116	-0.841374973291	2.591672366	5.69891827274	2.14336843815	2.49715616872	-0.358472393926	-0.859284518872	0.478975326028	0.994552107158	0.331575059076	-0.155230551158	-0.692702102793	0.911119851245	0.0874172742287	1.21152802712	-0.238218945833	-0.0221445835165	1.07759448964	-0.265365853375	0.635793145311	23.9439290705	33.2310750228	34.1834806947
9	3.87788985592	-0.0714340491121	0.0996305716507	2.29805870436	-0.0605185571438	1.22227000248	0.0797157500012	-0.0119146658175	0.28746075351	0.292246809534	0.163042521416	-0.246526749954	-0.624574348448	0.489841602672	-0.197434791431	0.878266773365	-0.229128361935	-0.00380998563323	0.668799609507	-0.213439208038	0.645303068834	20.4585384315	29.8317767917	17.1348447009
10	0.169564547226	-0.308858482508	0.942508447539	0.779289839886	-2.30961820624	6.93733941904	0.0604824365571	-0.168266544868	0.230055869539	-0.0981898853981	0.13319167539	-0.452477586627	-0.753839301112	1.38777230028	-0.237291059177	0.813251554917	-0.292986394268	0.221738380863	0.973423000721	-0.0842478329446	0.818783298041	25.5174711634	25.4661868851	-5.24679104939
11	2.51314050656	-1.07824008932	2.94073958628	1.79412720704	-0.47151461758	3.81198533318	-0.0533137147231	-0.572471915677	0.496175754043	0.695925832605	0.413700688382	-0.649347955387	-0.259851292577	0.390267786297	-0.044570019786	0.971490347881	-0.146540551491	-0.208041869808	1.20728369152	-0.414909040308	0.823722204992	34.3176630726	23.5290344723	22.7563971466

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 17 through 45 )	A	A	17 - 45	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 83 )	A	A	46 - 83	30 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 84 through 118 )	A	A	84 - 118	61 - 95
4	4	chain 'A' and (resid 119 through 177 )	A	A	119 - 177	96 - 154
5	5	chain 'A' and (resid 178 through 227 )	A	A	178 - 227	155 - 204
6	6	chain 'A' and (resid 228 through 244 )	A	A	228 - 244	205 - 221
7	7	chain 'A' and (resid 245 through 272 )	A	A	245 - 272	222 - 249
8	8	chain 'B' and (resid 17 through 83 )	B	D	17 - 83	1 - 60
9	9	chain 'B' and (resid 84 through 177 )	B	D	84 - 177	61 - 154
10	10	chain 'B' and (resid 178 through 190 )	B	D	178 - 190	155 - 167
11	11	chain 'B' and (resid 191 through 272 )	B	D	191 - 272	168 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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