+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u7j | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of Staphylococcus aureus PLP synthase complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP Synthase complex / Pdx1-Pdx2 / Staphylococcus aureus | ||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutamine catabolic process / glutaminase / glutaminase activity Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Barra, A.L.C. / Brognaro, H. / Betzel, C. / Nascimento, A.S. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | Brazil, Germany, 9items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Structure and dynamics of the staphylococcal pyridoxal 5-phosphate synthase complex reveal transient interactions at the enzyme interface. Authors: Barra, A.L.C. / Ullah, N. / Brognaro, H. / Gutierrez, R.F. / Wrenger, C. / Betzel, C. / Nascimento, A.S. | ||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8u7j.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8u7j.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8u7j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8u7j_validation.pdf.gz | 635.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8u7j_full_validation.pdf.gz | 697.3 KB | Display | |
Data in XML | 8u7j_validation.xml.gz | 178.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8u7j_validation.cif.gz | 226.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7j | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8qocC 8u9eC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32158.863 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: pdxS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A7WYT1 #2: Protein | Mass: 20759.867 Da / Num. of mol.: 12 / Mutation: H165N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: pdxT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A7WYT2 #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-GLN / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 5% PEG4000, 0.2 M triammonium citrate pH 7, 10 mM L-glutamine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 15, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.019→116.239 Å / Num. obs: 71124 / % possible obs: 59.3 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 69.51 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 4.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.019→3.389 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3556 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.329 / % possible all: 10.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.02→54.83 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.02→54.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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