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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u7u | ||||||
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タイトル | Proteasome 20S Core Particle from Beta 3 D205 deletion | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Proteasome / core particle | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
![]() | Walsh Jr., R.M. / Rawson, S. / Velez, B. / Blickling, M. / Razi, A. / Hanna, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of autocatalytic activation during proteasome assembly. 著者: Benjamin Velez / Richard M Walsh / Shaun Rawson / Aida Razi / Lea Adams / Erignacio Fermin Perez / Fenglong Jiao / Marie Blickling / Tamayanthi Rajakumar / Darlene Fung / Lan Huang / John Hanna / ![]() 要旨: Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the ...Many large molecular machines are too elaborate to assemble spontaneously and are built through ordered pathways orchestrated by dedicated chaperones. During assembly of the core particle (CP) of the proteasome, where protein degradation occurs, its six active sites are simultaneously activated via cleavage of N-terminal propeptides. Such activation is autocatalytic and coupled to fusion of two half-CP intermediates, which protects cells by preventing activation until enclosure of the active sites within the CP interior. Here we uncover key mechanistic aspects of autocatalytic activation, which proceeds through alignment of the β5 and β2 catalytic triad residues, respectively, with these triads being misaligned before fusion. This mechanism contrasts with most other zymogens, in which catalytic centers are preformed. Our data also clarify the mechanism by which individual subunits can be added in a precise, temporally ordered manner. This work informs two decades-old mysteries in the proteasome field, with broader implications for protease biology and multisubunit complex assembly. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41993MC ![]() 8u6yC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 ESBPFTGUCQAODR
#1: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVM1KYN2IWLZJX
#3: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 22512.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Proteasome 20S Core Particle from Beta 3 D205 deletion mutant タイプ: COMPLEX 詳細: D205 is terminal most residue in the Beta 3 subunit. The deletion of this residue causes an accumulation of assembly intermediates including the Preholo-Proteasome. Mature 20S particle still forms. Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Fluorinated Fos-Choline was added immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 47169 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.995 sec. / 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7461 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1146597 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240235 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8T08 Accession code: 8T08 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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