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- PDB-8u7g: Crystal structure of CIB_13 beta-galactosidase from Cuniculiplasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u7g
タイトルCrystal structure of CIB_13 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum
要素CIB_13 Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / beta-galactosidase
機能・相同性: / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Beta-galactosidase
機能・相同性情報
生物種Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Stogios, P.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Fems Microbiol.Ecol. / 年: 2024
タイトル: Moderately thermostable GH1 beta-glucosidases from hyperacidophilic archaeon Cuniculiplasma divulgatum S5.
著者: Khusnutdinova, A.N. / Tran, H. / Devlekar, S. / Distaso, M.A. / Kublanov, I.V. / Skarina, T. / Stogios, P. / Savchenko, A. / Ferrer, M. / Golyshina, O.V. / Yakunin, A.F. / Golyshin, P.N.
履歴
登録2023年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CIB_13 Beta-galactosidase
B: CIB_13 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7514
ポリマ－112,5372
非ポリマー2142
水12,034668
1
A: CIB_13 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3612
ポリマ－56,2681
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CIB_13 Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3912
ポリマ－56,2681
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.800, 102.188, 97.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 CIB_13 Beta-galactosidase


分子量: 56268.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
遺伝子: CSP5_1651 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1N5W3X4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M KCl, 0.1 M Tris 0.1 pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→30 Å / Num. obs: 49087 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 32.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 16.89
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 2010 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.215 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→29.63 Å / SU ML: 0.2122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0315
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2007 4.09 %RANDOM
Rwork0.1794 47047 --
obs0.1811 49054 97.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7928 0 14 668 8610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.497810972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04181091
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.78953047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.260.34181040.26132654X-RAY DIFFRACTION76.93
2.26-2.320.31631360.24793140X-RAY DIFFRACTION91.74
2.32-2.390.28671410.23153326X-RAY DIFFRACTION96.65
2.39-2.470.2541390.22833395X-RAY DIFFRACTION99.49
2.47-2.560.27231470.22373452X-RAY DIFFRACTION99.92
2.56-2.660.27711490.21393427X-RAY DIFFRACTION99.89
2.66-2.780.26671500.21733442X-RAY DIFFRACTION99.89
2.78-2.930.27471450.20813448X-RAY DIFFRACTION99.92
2.93-3.110.26711490.19623447X-RAY DIFFRACTION99.94
3.11-3.350.23161450.19333423X-RAY DIFFRACTION99.92
3.35-3.690.20991510.17073443X-RAY DIFFRACTION99.97
3.69-4.220.19871520.14443455X-RAY DIFFRACTION99.94
4.22-5.310.1531440.13123488X-RAY DIFFRACTION100
5.31-29.630.1611550.15523507X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26642602067-0.5793299533920.0569444528732.913685742110.6651434045570.898055824052-0.0337027375787-0.07880037660170.1852172482910.119160647918-0.06819925554840.309805010029-0.00523820960595-0.16831481470.09854732842990.1974241320310.01905342658480.03205898030860.310224892645-0.03765496093110.26481340946831.026370096123.210995195231.7429725281
22.38776360341-0.352686266414-0.6414948849981.828384401080.426301762081.952086608610.09441041789840.1289386085950.450599998671-0.265026847583-0.0499213214198-0.0621874779246-0.376711688316-0.146392038518-0.03637857729010.272811745540.03657937350190.00868021472090.225772587570.01365379612390.34070100666839.504637793635.604694271420.8852895108
31.79463852261.2999715241-0.6252126584452.01859842754-0.8641488508952.372124858170.0391256370580.5188193908210.020786543128-0.5913607628770.0766889192868-0.01986862795790.120590995621-0.292665458505-0.07924227259910.4242882758190.03999779909090.05128613468860.402207591470.03307369040110.29198257391449.20265893219.02723869136.22505401677
41.28067771602-0.217673221199-0.4068527338451.88872532926-0.01850451502780.809572135886-0.0602752508375-0.1261168116110.1166890941560.02422571006910.0804596044278-0.3165699150780.02540573768970.0949327592025-0.02248102439880.2088014573110.0231135347890.008250134768430.273504046041-0.01143740621390.27471628155150.148327539413.564731676725.4060298552
51.09869315868-0.0607109850731-0.09352364865411.35687334114-0.1028291103771.204226493330.115262997761-0.0252950944715-0.283582736869-0.08791253781310.06580872158020.2058849361430.176605305094-0.239371238209-0.1488659581830.251081602715-0.0537898131015-0.07975763654880.2789987477740.03160407189510.3474659890947.0424236491728.053060217165.6567661525
61.167181891870.05589171623960.2555411871161.00771825293-0.03535146286280.8357160074540.114122514583-0.039335621661-0.3068128550050.03394110876070.04844461495680.005307667068770.1910649143690.0242693041008-0.1601226400740.257090740438-0.00383932746204-0.03173364685340.2371689472930.01126822094170.31842024155323.894255692525.1626628471.1415528897
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 155 )AA0 - 1551 - 156
22chain 'A' and (resid 156 through 321 )AA156 - 321157 - 322
33chain 'A' and (resid 322 through 362 )AA322 - 362323 - 363
44chain 'A' and (resid 363 through 481 )AA363 - 481364 - 482
55chain 'B' and (resid 0 through 160 )BB0 - 1601 - 161
66chain 'B' and (resid 161 through 481 )BB161 - 481162 - 482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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