PDB-8u7g: Crystal structure of CIB_13 beta-galactosidase from Cuniculiplasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u7g

タイトル

Crystal structure of CIB_13 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum

要素

CIB_13 Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-galactosidase

機能・相同性

Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / cytosol / Beta-galactosidase

機能・相同性情報

生物種

Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Stogios, P.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CIB_13 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum
著者: Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Yakunin, A. / Golyshin, P.

履歴

登録	2023年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u7g.cif.gz	463.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u7g.ent.gz	338.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u7g_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u7g_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	8u7g_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	8u7g_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CIB_13 Beta-galactosidase

B: CIB_13 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CIB_13 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CIB_13 Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.800, 102.188, 97.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	CIB_13 Beta-galactosidase 分子量: 56268.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cuniculiplasma divulgatum (古細菌) 遺伝子: CSP5_1651 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1N5W3X4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M KCl, 0.1 M Tris 0.1 pH 9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→30 Å / Num. obs: 49087 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 16.89
反射シェル	解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 2010 / CC_1/2: 0.875 / R_pim(I) all: 0.215 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→29.63 Å / SU ML: 0.2122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0315
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	2007	4.09 %	RANDOM
R_work	0.1794	47047	-	-
obs	0.1811	49054	97.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→29.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7928	0	14	668	8610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	8156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4978	10972
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	1418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7895	3047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.26	0.3418	104	0.2613	2654	X-RAY DIFFRACTION	76.93
2.26-2.32	0.3163	136	0.2479	3140	X-RAY DIFFRACTION	91.74
2.32-2.39	0.2867	141	0.2315	3326	X-RAY DIFFRACTION	96.65
2.39-2.47	0.254	139	0.2283	3395	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.47-2.56	0.2723	147	0.2237	3452	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.56-2.66	0.2771	149	0.2139	3427	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.66-2.78	0.2667	150	0.2173	3442	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.78-2.93	0.2747	145	0.2081	3448	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.93-3.11	0.2671	149	0.1962	3447	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.11-3.35	0.2316	145	0.1933	3423	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.35-3.69	0.2099	151	0.1707	3443	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.69-4.22	0.1987	152	0.1444	3455	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.22-5.31	0.153	144	0.1312	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
5.31-29.63	0.161	155	0.1552	3507	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.26642602067	-0.579329953392	0.056944452873	2.91368574211	0.665143404557	0.898055824052	-0.0337027375787	-0.0788003766017	0.185217248291	0.119160647918	-0.0681992555484	0.309805010029	-0.00523820960595	-0.1683148147	0.0985473284299	0.197424132031	0.0190534265848	0.0320589803086	0.310224892645	-0.0376549609311	0.264813409468	31.0263700961	23.2109951952	31.7429725281
2	2.38776360341	-0.352686266414	-0.641494884998	1.82838440108	0.42630176208	1.95208660861	0.0944104178984	0.128938608595	0.450599998671	-0.265026847583	-0.0499213214198	-0.0621874779246	-0.376711688316	-0.146392038518	-0.0363785772901	0.27281174554	0.0365793735019	0.0086802147209	0.22577258757	0.0136537961239	0.340701006668	39.5046377936	35.6046942714	20.8852895108
3	1.7946385226	1.2999715241	-0.625212658445	2.01859842754	-0.864148850895	2.37212485817	0.039125637058	0.518819390821	0.020786543128	-0.591360762877	0.0766889192868	-0.0198686279579	0.120590995621	-0.292665458505	-0.0792422725991	0.424288275819	0.0399977990909	0.0512861346886	0.40220759147	0.0330736904011	0.291982573914	49.202658932	19.0272386913	6.22505401677
4	1.28067771602	-0.217673221199	-0.406852733845	1.88872532926	-0.0185045150278	0.809572135886	-0.0602752508375	-0.126116811611	0.116689094156	0.0242257100691	0.0804596044278	-0.316569915078	0.0254057376897	0.0949327592025	-0.0224810243988	0.208801457311	0.023113534789	0.00825013476843	0.273504046041	-0.0114374062139	0.274716281551	50.1483275394	13.5647316767	25.4060298552
5	1.09869315868	-0.0607109850731	-0.0935236486541	1.35687334114	-0.102829110377	1.20422649333	0.115262997761	-0.0252950944715	-0.283582736869	-0.0879125378131	0.0658087215802	0.205884936143	0.176605305094	-0.239371238209	-0.148865958183	0.251081602715	-0.0537898131015	-0.0797576365488	0.278998747774	0.0316040718951	0.347465989094	7.04242364917	28.0530602171	65.6567661525
6	1.16718189187	0.0558917162396	0.255541187116	1.00771825293	-0.0353514628628	0.835716007454	0.114122514583	-0.039335621661	-0.306812855005	0.0339411087607	0.0484446149568	0.00530766706877	0.191064914369	0.0242693041008	-0.160122640074	0.257090740438	-0.00383932746204	-0.0317336468534	0.237168947293	0.0112682209417	0.318420241553	23.8942556925	25.16266284	71.1415528897

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 155 )	A	A	0 - 155	1 - 156
2	2	chain 'A' and (resid 156 through 321 )	A	A	156 - 321	157 - 322
3	3	chain 'A' and (resid 322 through 362 )	A	A	322 - 362	323 - 363
4	4	chain 'A' and (resid 363 through 481 )	A	A	363 - 481	364 - 482
5	5	chain 'B' and (resid 0 through 160 )	B	B	0 - 160	1 - 161
6	6	chain 'B' and (resid 161 through 481 )	B	B	161 - 481	162 - 482

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)