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- PDB-8u7f: Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasm... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u7f | ||||||
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Title | Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum | ||||||
![]() | CIB_12 Beta-galactosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta-galactosidase | ||||||
Function / homology | Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / cytosol / Beta-galactosidase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Yakunin, A. / Golyshin, P. / Savchenko, A. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of CIB_12 beta-galactosidase from Cuniculiplasma divulgatum Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 454.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 334.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 463.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 56894.770 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: PEG 3350 25%, 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.3 M NDSB 201, 1% 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→25 Å / Num. obs: 38156 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 50.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 18.34 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1629 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.289 / % possible all: 81.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→24.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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