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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u7b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Apo form of Short Prokaryotic Argonaute TIR-APAZ (SPARTA) heterodimer | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / SPARTA / Short Prokaryotic Argonaute / TIR / APAZ | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Kottur, J. / Aggarwal, A.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Nucleic acid mediated activation of a short prokaryotic Argonaute immune system. 著者: Jithesh Kottur / Radhika Malik / Aneel K Aggarwal / 要旨: A short prokaryotic Argonaute (pAgo) TIR-APAZ (SPARTA) defense system, activated by invading DNA to unleash its TIR domain for NAD(P) hydrolysis, was recently identified in bacteria. We report the ...A short prokaryotic Argonaute (pAgo) TIR-APAZ (SPARTA) defense system, activated by invading DNA to unleash its TIR domain for NAD(P) hydrolysis, was recently identified in bacteria. We report the crystal structure of SPARTA heterodimer in the absence of guide-RNA/target-ssDNA (2.66 Å) and a cryo-EM structure of the SPARTA oligomer (tetramer of heterodimers) bound to guide-RNA/target-ssDNA at nominal 3.15-3.35 Å resolution. The crystal structure provides a high-resolution view of SPARTA, revealing the APAZ domain as equivalent to the N, L1, and L2 regions of long pAgos and the MID domain containing a unique insertion (insert57). Cryo-EM structure reveals regions of the PIWI (loop10-9) and APAZ (helix αN) domains that reconfigure for nucleic-acid binding and decrypts regions/residues that reorganize to expose a positively charged pocket for higher-order assembly. The TIR domains amass in a parallel-strands arrangement for catalysis. We visualize SPARTA before and after RNA/ssDNA binding and uncover the basis of its active assembly leading to abortive infection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u7b.cif.gz | 396.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u7b.ent.gz | 321.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u7b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/8u7b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53141.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05660895_1670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I7NFG5 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 58304.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05660895_1671 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I7NFD7 | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-PRO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.34 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 1.2 M potassium phosphate dibasic PH範囲: 4-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979338 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979338 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→170.76 Å / Num. obs: 40914 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.99 Å / Rmerge(I) obs: 1.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2047 / CC1/2: 0.572 / Rpim(I) all: 0.554 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→49.71 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→49.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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