PDB-8u59: EcDsbA soaked with N-(2-fluorophenyl)-5-methylisoxazole-3-carboxa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u59

タイトル

EcDsbA soaked with N-(2-fluorophenyl)-5-methylisoxazole-3-carboxamide and N-(4-(thiophen-3-yl)benzyl)cyclohexanamine

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Wang, G. / Heras, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two-mode inhibition of DsbA: combination of two site-specific inhibitors enhances virulence inhibition in Salmonella enterica serovar Typhimurium
著者: Wang, G. / Heras, B.

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u59.cif.gz	167.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u59.ent.gz	131.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u59_validation.pdf.gz	855.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u59_full_validation.pdf.gz	862.9 KB	表示
XML形式データ	8u59_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	8u59_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/8u59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8u1yC 8ubqC 8uf9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.518, 64.655, 74.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-419- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-5V9 / ~{N}-[(4-thiophen-3-ylphenyl)methyl]cyclohexanamine 分子量: 271.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SW0 / N-(2-fluorophenyl)-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide 分子量: 220.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉FN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM copper(II) chloride, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→48.76 Å / Num. obs: 43287 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 165799
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.865 / Num. measured all: 8707 / Num. unique obs: 2289 / CC_1/2: 0.64 / R_pim(I) all: 0.5 / R_rim(I) all: 1.002 / Χ²: 1.12 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→48.76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	2134	4.93 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.1867	43264	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→48.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2874	0	36	288	3198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	4054
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.628	412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.81	0.3282	128	0.3058	2586	X-RAY DIFFRACTION	95
1.81-1.86	0.3246	143	0.2841	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.2736	132	0.2533	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.279	131	0.2461	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.2685	150	0.2325	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.3206	140	0.2347	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.18	0.2604	134	0.2173	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.28	0.2707	145	0.2066	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.4	0.2509	125	0.2003	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.55	0.2193	176	0.2019	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.75	0.2248	165	0.1948	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-3.02	0.2592	161	0.1903	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.46	0.2163	134	0.1773	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-4.36	0.1847	130	0.1507	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
4.36-48.76	0.1689	140	0.1542	2811	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0131	0.5698	1.2927	5.2574	3.8129	3.5095	0.0339	0.2755	-0.1838	-0.2784	0.0391	-0.078	0.0825	0.0189	-0.032	0.2913	-0.0511	0.0069	0.2585	-0.0354	0.2356	30.5275	-10.1968	1.218
2	1.9967	1.2263	1.3477	2.6145	1.8661	2.5147	-0.0695	0.1295	-0.0843	-0.1281	0.0697	-0.0323	-0.0037	0.0912	-0.0144	0.2081	-0.0333	-0.0037	0.1846	0.0155	0.1877	32.8564	-5.6523	9.3841
3	2.3601	-0.1257	-0.2947	2.8821	1.5459	5.0223	0.3586	0.0558	0.4097	-0.2374	-0.1372	0.1545	-0.6617	-0.5741	-0.1815	0.2889	0.0239	0.049	0.3083	-0.0083	0.3264	4.4659	-2.8376	21.0304
4	2.1996	0.5513	-1.1417	4.0031	0.6077	2.6255	-0.0276	0.107	0.0592	-0.3112	-0.0009	0.2417	-0.1793	-0.334	0.0254	0.2028	0.0189	-0.0428	0.2747	0.0145	0.1813	3.8653	-16.0218	13.5597
5	3.6945	-0.1964	-0.0599	6.5135	-1.9853	8.6937	0.3941	-0.4506	0.756	-0.3759	0.0477	-0.2599	-1.5222	0.017	-0.2984	0.566	0.0167	0.2101	0.278	-0.0856	0.425	7.6745	4.6696	28.8329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 66 through 161 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 162 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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