PDB-8u1y: E.coli DsbA in complex with N-(4-(thiophen-3-yl)benzyl)cyclohexanamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u1y

タイトル

E.coli DsbA in complex with N-(4-(thiophen-3-yl)benzyl)cyclohexanamine

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / disulfide oxidoreductase / fragments / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / Secretion of toxins / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Wang, G. / Heras, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two-mode inhibition of DsbA: combination of two site-specific inhibitors enhances virulence inhibition in Salmonella enterica serovar Typhimurium
著者: Wang, G. / Heras, B.

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u1y.cif.gz	172.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u1y.ent.gz	135.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8u59C 8ubqC 8uf9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.724, 64.003, 74.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-464- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-5V9 / ~{N}-[(4-thiophen-3-ylphenyl)methyl]cyclohexanamine 分子量: 271.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM copper(II) chloride, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→48.45 Å / Num. obs: 46256 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 176616
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Num. measured all: 8997 / Num. unique obs: 2369 / CC_1/2: 0.897 / R_pim(I) all: 0.229 / R_rim(I) all: 0.454 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→33.41 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	2442	5.28 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1696	46246	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→33.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2956	0	20	402	3378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	4125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.653	408
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.77	0.3203	116	0.2642	2429	X-RAY DIFFRACTION	93
1.77-1.81	0.261	138	0.2148	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.2614	147	0.2103	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2497	129	0.2027	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.254	139	0.1971	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.01	0.2224	117	0.1943	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.07	0.2221	142	0.1849	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.15	0.2054	156	0.1841	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.23	0.2102	170	0.1737	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.34	0.2308	144	0.1747	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.46	0.2167	157	0.1738	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.61	0.2086	124	0.1768	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.82	0.1897	181	0.1765	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-3.1	0.2278	126	0.1724	2593	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1-3.55	0.2039	158	0.1661	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
3.55-4.47	0.1693	149	0.1365	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
4.47-33.41	0.1735	149	0.1517	2645	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4476	0.3474	1.4806	3.4182	2.287	2.1907	-0.0221	0.2092	0.0159	-0.4638	0.0378	0.0009	-0.2648	0.1414	-0.028	0.2525	-0.0256	-0.0068	0.1953	0.0064	0.1739	29.9623	-11.0771	0.0284
2	2.4704	2.8794	0.7973	4.7787	2.2951	4.6854	-0.2456	-0.0491	-0.2169	0.0775	0.5678	-0.7935	0.2315	0.43	-0.1705	0.2043	-0.0197	0.019	0.1934	0.0294	0.1825	36.7042	-7.9343	4.2152
3	1.7825	0.6665	-0.3669	3.3675	0.0828	2.5302	-0	-0.0996	0.048	0.0861	-0.0609	-0.246	-0.0262	0.1801	0.0456	0.1604	-0.0216	-0.0375	0.1733	0.0116	0.1393	37.6726	-1.1862	16.9578
4	1.5451	0.78	1.1723	3.6303	2.5621	2.3293	-0.1911	0.2338	0.0576	-0.5819	0.1814	0.0193	-0.3727	0.1786	-0.0688	0.2786	-0.0331	-0.0378	0.2097	0.0121	0.1713	27.6848	-13.2718	-3.8781
5	1.2457	-0.0471	-0.1331	2.6713	1.8557	3.3531	0.2219	0.1136	0.0643	0.0088	-0.1514	0.4826	-0.4591	-0.4809	-0.0287	0.2779	0.0394	0.1147	0.253	0.0071	0.3607	6.0059	-1.9844	21.8103
6	3.5826	0.7492	-1.695	2.9116	0.1926	2.4629	-0.1077	-0.0467	-0.1371	0.0272	0.0013	0.2633	0.108	-0.0431	0.0806	0.2203	-0.035	-0.0061	0.2223	-0.01	0.2391	8.9663	-20.5314	14.8949
7	0.9551	0.5686	-0.0332	3.0472	0.8487	2.8338	0.0396	0.0504	0.2739	-0.2159	0.0188	0.4511	-0.5247	-0.3286	0.0044	0.211	0.069	0.0779	0.261	0.0442	0.392	3.8818	-4.6223	18.9787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 145 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 65 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 66 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 115 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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