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- PDB-8u44: CryoEM structure of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u44
タイトルCryoEM structure of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 05.GC.w2.3C10-H1_SI06
要素
  • 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
  • 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Influenza virus / hemagglutinin / H1 / monoclonal antibody / virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Moore, N. / Han, J. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2024
タイトル: Maturation of germinal center B cells after influenza virus vaccination in humans.
著者: Katherine M McIntire / Hailong Meng / Ting-Hui Lin / Wooseob Kim / Nina E Moore / Julianna Han / Meagan McMahon / Meng Wang / Sameer Kumar Malladi / Bassem M Mohammed / Julian Q Zhou / Aaron ...著者: Katherine M McIntire / Hailong Meng / Ting-Hui Lin / Wooseob Kim / Nina E Moore / Julianna Han / Meagan McMahon / Meng Wang / Sameer Kumar Malladi / Bassem M Mohammed / Julian Q Zhou / Aaron J Schmitz / Kenneth B Hoehn / Juan Manuel Carreño / Temima Yellin / Teresa Suessen / William D Middleton / Sharlene A Teefey / Rachel M Presti / Florian Krammer / Jackson S Turner / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Steven H Kleinstein / Ali H Ellebedy /
要旨: Germinal centers (GC) are microanatomical lymphoid structures where affinity-matured memory B cells and long-lived bone marrow plasma cells are primarily generated. It is unclear how the maturation ...Germinal centers (GC) are microanatomical lymphoid structures where affinity-matured memory B cells and long-lived bone marrow plasma cells are primarily generated. It is unclear how the maturation of B cells within the GC impacts the breadth and durability of B cell responses to influenza vaccination in humans. We used fine needle aspiration of draining lymph nodes to longitudinally track antigen-specific GC B cell responses to seasonal influenza vaccination. Antigen-specific GC B cells persisted for at least 13 wk after vaccination in two out of seven individuals. Monoclonal antibodies (mAbs) derived from persisting GC B cell clones exhibit enhanced binding affinity and breadth to influenza hemagglutinin (HA) antigens compared with related GC clonotypes isolated earlier in the response. Structural studies of early and late GC-derived mAbs from one clonal lineage in complex with H1 and H5 HAs revealed an altered binding footprint. Our study shows that inducing sustained GC reactions after influenza vaccination in humans supports the maturation of responding B cells.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年6月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
X: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
S: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
T: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA2 chain
U: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
W: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
H: Hemagglutinin HA1 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,89821
ポリマ－357,90712
非ポリマー1,9919
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain


分子量: 25771.057 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain


分子量: 25706.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 40835.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A7Y8I1
#4: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 26988.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A7Y8I1
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10COMPLEX#3-#4, #1-#20RECOMBINANT
2FabCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3HACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
32Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
43Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: Tris-buffered saline
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 25 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv3粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCv3CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARCv3初期オイラー角割当
11cryoSPARCv3最終オイラー角割当
13cryoSPARCv3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00617298
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.99223434
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6062348
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0562528
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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