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- PDB-8u3n: Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u3n

タイトル

Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13

要素

Cytochrome P450-SU1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / biarylitide / crosslink

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Hansen, M.H. / Cryle, M.J. / Zhao, Y.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into a Side Chain Cross-Linking Biarylitide P450 from RiPP Biosynthesis
著者: Hansen, M.H. / Keto, A. / Treisman, M. / Sasi, V.M. / Coe, L. / Zhao, Y. / Padva, L. / Hess, C. / Leichthammer, V. / Machell, D.L. / Schittenhelm, R.B. / Jackson, C.J. / Tailhades, J. / ...

履歴

登録	2023年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u3n.cif.gz	791.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u3n.ent.gz	553.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u3n_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u3n_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8u3n_validation.xml.gz	45.8 KB	表示
CIF形式データ	8u3n_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u3n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8u2mC 8ukzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Cytochrome P450-SU1

B: Cytochrome P450-SU1

C: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: Cytochrome P450-SU1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.078, 95.748, 105.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 14 through 32 or resid 34...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 14 through 32 or resid 34...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 14 through 32 or resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	14 - 32	35 - 53
d_1	2	GLU	GLU	ARG	ARG	A	A	34 - 95	55 - 116
d_1	3	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	97 - 127	118 - 148
d_1	4	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	129 - 163	150 - 184
d_1	5	SER	SER	VAL	VAL	A	A	165 - 169	186 - 190
d_1	6	SER	SER	ALA	ALA	A	A	171 - 215	192 - 236
d_1	7	HIS	HIS	ASP	ASP	A	A	254 - 267	275 - 288
d_1	8	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	269 - 294	290 - 315
d_1	9	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	297 - 338	318 - 359
d_1	10	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	340 - 366	361 - 387
d_1	11	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	368 - 393	389 - 414
d_1	12	HEM	HEM	HEM	HEM	A	D	401
d_2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	14 - 32	35 - 53
d_2	2	GLU	GLU	ARG	ARG	B	B	34 - 95	55 - 116
d_2	3	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	97 - 127	118 - 148
d_2	4	PRO	PRO	GLN	GLN	B	B	129 - 163	150 - 184
d_2	5	SER	SER	VAL	VAL	B	B	165 - 169	186 - 190
d_2	6	SER	SER	ALA	ALA	B	B	171 - 215	192 - 236
d_2	7	HIS	HIS	ASP	ASP	B	B	254 - 267	275 - 288
d_2	8	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	269 - 294	290 - 315
d_2	9	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	297 - 338	318 - 359
d_2	10	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	340 - 366	361 - 387
d_2	11	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	368 - 393	389 - 414
d_2	12	HEM	HEM	HEM	HEM	B	G	401
d_3	1	TYR	TYR	LEU	LEU	C	C	14 - 32	35 - 53
d_3	2	GLU	GLU	ARG	ARG	C	C	34 - 95	55 - 116
d_3	3	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	97 - 127	118 - 148
d_3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	C	C	129 - 163	150 - 184
d_3	5	SER	SER	VAL	VAL	C	C	165 - 169	186 - 190
d_3	6	SER	SER	ALA	ALA	C	C	171 - 215	192 - 236
d_3	7	HIS	HIS	ASP	ASP	C	C	254 - 267	275 - 288
d_3	8	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	269 - 338	290 - 359
d_3	9	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	340 - 366	361 - 387
d_3	10	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	368 - 393	389 - 414
d_3	11	HEM	HEM	HEM	HEM	C	L	401

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.524318461955, -0.839114474557, 0.144834557483), (-0.84533132249, -0.533394938752, -0.0300798026922), (0.102494417749, -0.106661792136, -0.9889985624)	-50.0648474065, -85.2518398806, -70.3345993397
2	given	(-0.449860496459, -0.893085315345, -0.00491459465848), (0.890676703228, -0.449038659313, 0.0711287056625), (-0.0657308455232, 0.0276206798737, 0.997455038581)	-94.4647065985, -11.1408267315, 34.8106838165

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質

Cytochrome P450-SU1

分子量: 45275.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Micromonospora sp. MW-13 (バクテリア)
遺伝子: C5N14_21030 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2YLT4

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 4種, 357分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 7, 22% PEG3350, 0.05 KSCN

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.87 Å / Num. obs: 65730 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 34.21 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0615 / Net I/σ(I): 5.63
反射シェル	解像度: 2.15→2.227 Å / R_merge(I) obs: 0.3549 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 6446 / CC_1/2: 0.662 / CC star: 0.893

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→47.87 Å / SU ML: 0.2832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4827
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	1994	3.03 %
R_work	0.1938	63709	-
obs	0.1951	65703	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8645	0	174	349	9168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	9081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0838	12436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0701	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2137	3311

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.731876982792
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.640198996749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.314	125	0.2759	4013	X-RAY DIFFRACTION	88.02
2.2-2.26	0.3035	141	0.2574	4600	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.26-2.32	0.2763	147	0.2502	4531	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.32-2.4	0.2883	142	0.2422	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.291	142	0.2403	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.58	0.2878	152	0.2261	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.7	0.2738	133	0.2145	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.84	0.2859	155	0.2175	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.02	0.2436	136	0.2192	4581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.26	0.2365	143	0.2078	4583	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.26-3.58	0.2488	142	0.1842	4606	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.58-4.1	0.1919	148	0.1625	4589	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.1-5.17	0.1804	143	0.1492	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.17-47.87	0.2166	145	0.1718	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.32004304877	-0.788911188257	-2.72432362213	8.58980287832	-0.476631932122	2.85625545554	-0.0819380026112	-0.380686013292	0.24511911604	0.997968428774	0.302166477556	-0.051251325187	0.0449004972562	0.957913011865	-0.117441059772	0.352466651372	-0.0176642723626	-0.0585778476968	0.505973376354	-0.0919817980553	0.249008836108	-11.6320300026	-17.7017849717	-19.83747152
2	4.62641396815	-5.56537279007	-5.91645910511	7.66089609305	5.70093170601	9.63324613545	0.761194906664	0.230427841464	0.0473061943585	-0.150278950979	0.424319057217	-0.970155144644	0.0310917225374	2.68558549789	-0.991610982766	0.499448630634	0.12812875369	-0.096737824352	0.979186496546	-0.155385541482	0.402487894067	-7.85683051603	-22.5501748075	-28.0030828489
3	3.38054969836	1.50934820235	-0.971644089668	2.31984274705	1.03545060886	5.7447705429	0.458834011296	-0.275314479018	-0.0366953295331	0.668828712142	-0.0396131275827	-0.298799933496	0.692020719368	1.51618650818	-0.452633763537	0.48235017864	0.222069948896	-0.0974193123972	0.787790285151	-0.1980555185	0.440772749178	-9.39214630896	-32.1866786494	-24.5719737154
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精密化 TLSグループ

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43	43	(chain C and resid 33:84)	C	I	33 - 84	20 - 71
44	44	(chain C and resid 85:97)	C	I	85 - 97	72 - 84
45	45	(chain C and resid 98:119)	C	I	98 - 119	85 - 106
46	46	(chain C and resid 120:128)	C	I	120 - 128	107 - 115
47	47	(chain C and resid 129:162)	C	I	129 - 162	116 - 149
48	48	(chain C and resid 163:183)	C	I	163 - 183	150 - 170
49	49	(chain C and resid 184:193)	C	I	184 - 193	171 - 180
50	50	(chain C and resid 194:205)	C	I	194 - 205	181 - 192
51	51	(chain C and resid 206:218)	C	I	206 - 218	193 - 205
52	52	(chain C and resid 219:249)	C	I	219 - 249	206 - 236
53	53	(chain C and resid 250:289)	C	I	250 - 289	237 - 276
54	54	(chain C and resid 290:305)	C	I	290 - 305	277 - 290
55	55	(chain C and resid 306:328)	C	I	306 - 328	291 - 313
56	56	(chain C and resid 329:337)	C	I	329 - 337	314 - 322
57	57	(chain C and resid 338:367)	C	I	338 - 367	323 - 352
58	58	(chain C and resid 368:375)	C	I	368 - 375	353 - 360
59	59	(chain C and resid 376:389)	C	I	376 - 389	361 - 374
60	60	(chain C and resid 390:393)	C	I	390 - 393	375 - 378

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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