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- PDB-8u32: Crystal structure of PD-1 in complex with a Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u32
タイトルCrystal structure of PD-1 in complex with a Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Programmed cell death protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / PD-1 / Fab / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Sun, D. / Masureel, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: Structure- and machine learning-guided engineering demonstrate that a non-canonical disulfide in an anti-PD-1 rabbit antibody does not impede antibody developability.
著者: Liang, W.C. / Xi, H. / Sun, D. / D'Ascenzo, L. / Zarzar, J. / Stephens, N. / Cook, R. / Li, Y. / Ye, Z. / Matsumoto, M. / Payandeh, J. / Masureel, M. / Wu, Y.
履歴
登録2023年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Fab light chain
C: Fab heavy chain
D: Programmed cell death protein 1
E: Fab light chain
F: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0148
ポリマ－126,5726
非ポリマー4422
水2,612145
1
A: Programmed cell death protein 1
B: Fab light chain
C: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2863
ポリマ－63,2863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Programmed cell death protein 1
E: Fab light chain
F: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7285
ポリマ－63,2863
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.482, 88.881, 235.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 31 through 32 or resid 35...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 31 through 32 or resid 35...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 126 or resid 128...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 1 through 126 or resid 128...
d_1ens_3(chain "C" and (resid 2 through 43 or resid 45...
d_2ens_3(chain "F" and (resid 2 through 43 or resid 45...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROPROTRPTRPAA31 - 3222 - 23
d_12ens_1PROPROSERSERAA35 - 5726 - 48
d_13ens_1SERSERPROPROAA62 - 8353 - 74
d_14ens_1SERSERPHEPHEAA93 - 9584 - 86
d_15ens_1VALVALGLYGLYAA97 - 10388 - 94
d_16ens_1ASPASPVALVALAA105 - 11196 - 102
d_17ens_1ALAALAALAALAAA113104
d_18ens_1ASNASNILEILEAA116 - 134107 - 125
d_19ens_1SERSERVALVALAA137 - 144128 - 135
d_21ens_1PROPROTRPTRPDD31 - 3222 - 23
d_22ens_1PROPROSERSERDD35 - 5726 - 48
d_23ens_1SERSERPROPRODD62 - 8353 - 74
d_24ens_1SERSERPHEPHEDD93 - 9584 - 86
d_25ens_1VALVALGLYGLYDD97 - 10388 - 94
d_26ens_1ASPASPVALVALDD105 - 11196 - 102
d_27ens_1ALAALAALAALADD113104
d_28ens_1ASNASNILEILEDD116 - 134107 - 125
d_29ens_1SERSERVALVALDD137 - 144128 - 135
d_11ens_2ALAALAASPASPBB1 - 1261 - 126
d_12ens_2GLNGLNSERSERBB128 - 172128 - 172
d_13ens_2ASPASPHISHISBB174 - 202174 - 202
d_14ens_2GLYGLYGLUGLUBB204 - 217204 - 217
d_21ens_2ALAALAASPASPEE1 - 1261 - 126
d_22ens_2GLNGLNSERSEREE128 - 172128 - 172
d_23ens_2ASPASPHISHISEE174 - 202174 - 202
d_24ens_2GLYGLYGLUGLUEE204 - 217204 - 217
d_11ens_3GLNGLNGLYGLYCC2 - 432 - 43
d_12ens_3GLYGLYASPASPCC45 - 7545 - 75
d_13ens_3SERSERSERSERCC77 - 14177 - 141
d_14ens_3THRTHRHISHISCC149 - 214149 - 214
d_15ens_3PROPROLYSLYSCC216 - 223216 - 223
d_16ens_3VALVALLYSLYSCC225 - 228225 - 228
d_21ens_3GLNGLNGLYGLYFF2 - 432 - 43
d_22ens_3GLYGLYASPASPFF45 - 7545 - 75
d_23ens_3SERSERSERSERFF77 - 14177 - 141
d_24ens_3THRTHRHISHISFF149 - 214149 - 214
d_25ens_3PROPROLYSLYSFF216 - 223216 - 223
d_26ens_3VALVALLYSLYSFF225 - 228225 - 228

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.920933275438, 0.270580089267, 0.280478729109), (0.183470411321, -0.333939018252, 0.924566568863), (0.343832096175, 0.90292366642, 0.257892113603)-18.5921904016, -76.0092613261, 61.4333048192
2given(-0.948097711802, 0.242211369554, 0.20602034204), (0.138235573976, -0.269520554615, 0.953021299199), (0.286359310942, 0.932036653302, 0.22204959342)-18.2760581886, -76.3364824466, 61.8067083638
3given(-0.937282641878, 0.263093132276, 0.228655314792), (0.141656261, -0.3118703506, 0.93950539548), (0.318488230478, 0.912972556086, 0.255041876721)-18.5097277423, -76.6710804127, 61.0985525539

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1


分子量: 15765.327 Da / 分子数: 2 / 変異: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23509.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24010.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 %w/v PEG 3350, 0.2 M Na2 Malon, 0.1 M BIS-TRIS prop pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→84.17 Å / Num. obs: 52262 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.6855 / Num. unique obs: 5506 / CC1/2: 0.884 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874_final精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→34.96 Å / SU ML: 0.3163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 2663 5.1 %
Rwork0.1954 49552 -
obs0.1972 52215 93.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→34.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8366 0 28 145 8539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22211678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06751320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.16591194
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.835179540219
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06956829943
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.714262952636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.550.35521390.29632779X-RAY DIFFRACTION99.39
2.55-2.60.32491340.26792755X-RAY DIFFRACTION99.9
2.6-2.650.3211290.26922575X-RAY DIFFRACTION97.37
2.69-2.710.2675610.26071184X-RAY DIFFRACTION97.11
2.71-2.770.3041540.24632752X-RAY DIFFRACTION99.79
2.77-2.840.27041630.24182745X-RAY DIFFRACTION99.35
2.84-2.920.26481630.23972735X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.010.30991510.24182778X-RAY DIFFRACTION99.97
3.01-3.10.27561550.24422772X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.210.27011470.2412727X-RAY DIFFRACTION97.82
3.21-3.340.26291440.23492729X-RAY DIFFRACTION97.75
3.34-3.50.2962620.23051193X-RAY DIFFRACTION42.86
3.5-3.680.26751550.21442793X-RAY DIFFRACTION99.76
3.68-3.910.20441530.18982796X-RAY DIFFRACTION99.66
3.91-4.210.22671470.17232831X-RAY DIFFRACTION99.73
4.21-4.630.16361400.13952803X-RAY DIFFRACTION99.76
4.63-5.30.15991550.14462765X-RAY DIFFRACTION97.24
5.3-6.670.22941530.17422873X-RAY DIFFRACTION99.64
6.67-34.960.18361580.16762967X-RAY DIFFRACTION97.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04269176096-1.08918249741-0.8064197064620.719174740395-0.9071095114195.49255699943-0.09314319481480.326943536176-0.375168403707-0.5202280095520.0666123478640.01988379239580.351821766705-0.2414534656580.01273166439760.4609988546490.0205774931396-0.03013554325680.381027971792-0.03589196662030.360337942118-22.1797842575-30.12785337468.98377461887
22.982507962460.9357189009530.1788833175521.69236934215-1.153875844333.4866852396-0.0805601350220.00926153230210.040106722117-0.2647799592510.04709564408870.403547738973-0.0156690941433-0.0777400453730.04255400806730.4075457551950.0595694157132-0.04068855936150.359566409213-0.05112744032040.369479674994-25.0165840615-23.658397105410.2030569181
31.652435761870.629012563662-0.177274457010.210196799729-0.01438833258390.843314715835-0.148078596703-0.0187390299954-0.113765401214-0.07474984843410.131727307666-0.1397594469880.006667278898610.1502508959550.01471634351290.5158613377380.02799284319570.009260254849620.36925187406-0.03497756753470.3864589298693.2374782093-10.915278123213.8932995158
44.92367141767-0.3982608914823.975754985251.06831560641-0.04876456688318.01191319663-0.05144166701650.4566354591470.130742776264-0.200680374050.137588599304-0.2795662929950.3534629021520.913165047565-0.1764648845120.404838856285-0.006412596547930.06842240148990.341978459303-0.04611216144910.45250204915114.4124176064-10.654967052313.8389016016
55.379562641731.678136668840.4034902296327.19310488127-2.74130892437.659882919580.002306606910970.0610672876964-0.112563008691-0.4936204360450.206543737887-0.2101398816070.378337345502-0.342752082162-0.2053971188370.344343830114-0.05296630771550.08530477195670.382993684420.003848535903090.4294934328129.38420517068-47.170161291310.7596486347
63.0622041004-1.058033847185.126356083571.85434078929-2.065516832868.640073720820.6772203207960.220522332817-1.364973741840.003020354818510.6723100638570.3808295193071.02202072426-0.957441743214-1.373394615931.07598467768-0.366497877987-0.1194879566740.769681163073-0.095785161690.9196106679855.10708029634-58.71847040424.64417310694
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 18 through 40 )CC18 - 4018 - 40
22chain 'C' and (resid 41 through 113 )CC41 - 11341 - 113
33chain 'C' and (resid 114 through 189 )CC114 - 189114 - 189
44chain 'C' and (resid 190 through 229 )CC190 - 229190 - 229
55chain 'D' and (resid 29 through 81 )DD29 - 811 - 53
66chain 'D' and (resid 82 through 94 )DD82 - 9454 - 60
77chain 'D' and (resid 95 through 127 )DD95 - 12761 - 93
88chain 'D' and (resid 128 through 147 )DD128 - 14794 - 113
99chain 'E' and (resid 1 through 110 )EG1 - 1101 - 110
1010chain 'E' and (resid 111 through 217 )EG111 - 217111 - 217
1111chain 'F' and (resid 1 through 17 )FH1 - 171 - 17
1212chain 'F' and (resid 18 through 125 )FH18 - 12518 - 125
1313chain 'F' and (resid 126 through 228 )FH126 - 228126 - 222
1414chain 'A' and (resid 31 through 81 )AA31 - 811 - 51
1515chain 'A' and (resid 82 through 144 )AA82 - 14452 - 106
1616chain 'B' and (resid 1 through 110 )BB1 - 1101 - 110
1717chain 'B' and (resid 111 through 218 )BB111 - 218111 - 218
1818chain 'C' and (resid 1 through 17 )CC1 - 171 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る