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万見
- PDB-8u2s: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u2s
タイトルCrystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania infantum (Ethyl AMP bound, P21 form)
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A single Leishmania adenylate-forming enzyme of the ANL superfamily generates both acetyl- and acetoacetyl-CoA.
著者: Jezewski, A.J. / Esan, T.E. / Propp, J. / Fuller, A.J. / Daraji, D.G. / Lail 3rd, C. / Staker, B.L. / Woodward, E.L. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J.
履歴
登録2023年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,23828
ポリマ－158,7562
非ポリマー2,48226
水30617
1
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,50413
ポリマ－79,3781
非ポリマー1,12712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,73315
ポリマ－79,3781
非ポリマー1,35614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.206, 61.815, 134.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase / 2 / 3-dihydro-2 / 3-dihydroxybenzoate dehydrogenase


分子量: 79377.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: LINJ_23_0580 / プラスミド: LeinA.00629.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4I093

-
非ポリマー , 5種, 43分子

#2: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-WTA / 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / 5′-アデニル酸エチル


分子量: 375.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: JCSG+ B5: 40% (v/v) MPD, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 5% (w/v) PEG 8000. LeinA.00629.b.B1.PW39174 at 20 mg/mL. Plate 13157 well B5 drop 3. Puck: PSL-0109, Cryo: direct. 2mM ethyl AMP added prior to crystallization.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→134.63 Å / Num. obs: 51168 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 272635
反射 シェル解像度: 2.52→2.59 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Num. measured all: 21312 / Num. unique obs: 3778 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.537 / Rrim(I) all: 1.299 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_4933: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→91.08 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2575 5.04 %
Rwork0.1862 --
obs0.188 51096 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→91.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10161 0 117 17 10295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50514334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4643739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.570.31741380.25672711X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.620.29651380.24282660X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.680.31241430.23452692X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.740.26531230.23622689X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.810.29551500.24262687X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.880.31171350.26062645X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.970.31731350.23662709X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.070.27411320.21992707X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.170.23421790.2112624X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.30.25241160.21052711X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.450.26731460.21962714X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.630.26241490.19252690X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.860.23041360.17022686X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.160.20011330.15352693X-RAY DIFFRACTION99
4.16-4.580.16791460.14282701X-RAY DIFFRACTION100
4.58-5.240.16751620.13692702X-RAY DIFFRACTION100
5.24-6.60.18971330.17662745X-RAY DIFFRACTION100
6.6-91.080.1731810.18072755X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79240.01040.04791.44150.36382.32030.04630.23230.0455-0.26340.02610.12870.0227-0.1957-0.06460.2606-0.0208-0.04160.32730.03420.298-30.0756-8.6381-18.5379
22.8862-0.030.50442.10240.11325.58880.1056-0.007-0.33540.03890.0351-0.14310.61480.5388-0.12890.46990.1158-0.05030.3414-0.04910.4152-12.3659-26.8213-8.4266
31.91320.07570.10481.2697-0.05672.1192-0.02040.01240.1732-0.11450.0521-0.0058-0.13840.1536-0.04540.2115-0.0328-0.01050.2854-0.01150.2483-18.5529-3.8438-11.5329
41.7086-0.85051.06261.2581-0.89451.7777-0.1336-0.49760.08020.19580.15730.1313-0.1199-0.3397-0.02410.30880.04440.02460.46660.00070.3772-30.2008-6.18096.4386
52.8706-0.5904-1.30284.83970.71918.0619-0.004-0.35890.3720.64990.10380.085-0.6677-0.1828-0.11770.42420.04760.00850.5452-0.0440.4017-12.6465-8.276223.6596
61.21360.04350.34511.39940.80831.84940.0012-0.07080.00010.12580.00030.2189-0.0163-0.40310.00820.3684-0.01950.05740.51410.02410.3335-27.8522-25.9931-51.941
74.0163-0.2007-0.63823.7597-2.02856.93990.12380.13630.3816-0.2952-0.1305-0.2373-0.37740.22950.00130.4803-0.01390.06670.3478-0.06410.3767-10.1042-9.0775-62.0355
81.0341-0.16510.22211.43210.30181.45920.0883-0.00770.01110.1116-0.02210.02490.0754-0.0619-0.06690.36190.00210.02670.4679-0.02420.3383-15.3767-29.8968-57.307
91.28730.7585-0.57221.2383-0.62441.3433-0.07510.2709-0.0596-0.1220.05150.11750.0907-0.3180.0280.38960.0129-0.04040.5344-0.01260.3898-23.5331-29.5333-77.7345
104.23890.85531.5095.27671.46438.8945-0.03060.4365-0.3872-0.64560.20890.07380.7027-0.0142-0.18010.50780.0076-0.01990.4727-0.00490.3572-5.7409-26.3273-93.0233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 171 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 172 through 291 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 292 through 490 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 491 through 604 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 605 through 702 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 42 through 173 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 174 through 281 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 282 through 490 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 491 through 617 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 618 through 702 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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