PDB-8u29: Prefusion structure of the PRD-0038 spike glycoprotein ectodomain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u29

タイトル

Prefusion structure of the PRD-0038 spike glycoprotein ectodomain trimer

要素

PRD-0038 Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Sarbecoviruses / Spike glycoprotein / fusion protein / neutralizing antibodies / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

生物種

Sarbecovirus sp. (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lee, J. / Park, Y.J. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Broad receptor tropism and immunogenicity of a clade 3 sarbecovirus.
著者: Jimin Lee / Samantha K Zepeda / Young-Jun Park / Ashley L Taylor / Joel Quispe / Cameron Stewart / Elizabeth M Leaf / Catherine Treichel / Davide Corti / Neil P King / Tyler N Starr / David Veesler /

要旨: Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. ...

履歴

登録	2023年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年12月27日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_caveat / em_software / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conf Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details 解説: Polymer backbone linkage 詳細: This entry has not been released. It is a pre-release update Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u29.cif.gz	637.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u29.ent.gz	511.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u29_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u29_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	8u29_validation.xml.gz	91.9 KB	表示
CIF形式データ	8u29_validation.cif.gz	142.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	41842MC 41784C 41786C 41843C 8u0tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PRD-0038 Spike glycoprotein

B: PRD-0038 Spike glycoprotein

C: PRD-0038 Spike glycoprotein

ヘテロ分子

447 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

PRD-0038 Spike glycoprotein

分子量: 141350.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sarbecovirus sp. (ウイルス) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 多糖

...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: PRD-0038 Spike glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Sarbecovirus sp. (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₃ (3回回転対称)
3次元再構成	解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103347 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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