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- PDB-8u1z: Crystal structure of the Fis1 cytosolic domain bound to a peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u1z
タイトルCrystal structure of the Fis1 cytosolic domain bound to a peptide inhibitor
要素
  • Mitochondrial fission 1 protein
  • inhibitor peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/INHIBITOR / tetracopipeptide repeat protein / mitochondria / inhibitor / fission / PEPTIDE BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of fatty acid transport / negative regulation of ATP metabolic process / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome fission / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / autophagy of mitochondrion / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway ...negative regulation of fatty acid transport / negative regulation of ATP metabolic process / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome fission / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / autophagy of mitochondrion / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrion organization / peroxisome / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / lipid binding / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial fission 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nolden, K.A. / Peterson, F.C. / Hill, R.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)TR001437 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM067180 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM080202 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel Fis1 inhibiting peptide reverses microvascular endothelial dysfunction in vessels from humans with type 2 diabetes
著者: Nolden, K.A. / Kakarla, M. / Egner, J.M. / Wang, J. / Harwig, M.C. / Puppala, V.K. / Hofeld, B.C. / Arnold, L.A. / Trykall, D.Z. / Peterson, F.C. / Roberts, M.L. / Jenson, D.M. / Hill, R.B. / Widlansky, M.E.
履歴
登録2023年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial fission 1 protein
B: inhibitor peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2112
ポリマ－16,2112
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, 2D NMR titration study, microscale thermophoresis, intrinsic tryptophan fluorescence spectroscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.798, 54.798, 103.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

21A-257-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial fission 1 protein


分子量: 14505.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIS1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3D6
#2: タンパク質・ペプチド inhibitor peptide


分子量: 1704.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG3350, HEPES, sodium chloride, Silver Bullet D5 (Hampton Research HR2-996-41)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.4 Å / Num. obs: 14066 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 15.85
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.8-1.852.13518130.2022.3521
1.85-1.91.65319980.3841.8011
1.9-1.951.31919600.6321.4151
1.95-2.010.94118830.7961.0081
2.01-2.080.58818300.9060.631
2.08-2.150.40117590.9430.431
2.15-2.230.29517140.9760.3161
2.23-2.320.21316460.9870.2281
2.32-2.430.17516010.9910.1881
2.43-2.550.12614970.9960.1351
2.55-2.680.10914420.9960.1161
2.68-2.850.08413590.9980.091
2.85-3.040.06612860.9980.0711
3.04-3.290.05411880.9980.0581
3.29-3.60.04310980.9990.0461
3.6-4.030.0379940.9990.0391
4.03-4.650.0328610.9990.0341
4.65-5.690.0327370.9990.0341
5.69-8.050.035850.9990.0331
8.05-48.40.0283200.9990.031

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NZN

1nzn


解像度: 1.85→37.57 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 1398 9.97 %
Rwork0.2081 --
obs0.2131 14019 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 0 85 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7881523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.145444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.37721340.28021209X-RAY DIFFRACTION99
1.92-1.990.33251360.25961225X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.2821370.2131240X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.24361400.19631255X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.24551350.19571222X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.510.29281410.20551262X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.760.25991400.21891258X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.160.27571400.22691263X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.980.27671450.20461297X-RAY DIFFRACTION100
3.99-37.570.22281500.19641390X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0916-0.02260.10640.0827-0.18290.2352-0.2239-1.32320.60920.65260.2138-0.3722-0.60230.24170.00130.569-0.1095-0.06430.56610.03480.626915.954143.439828.9822
20.4081-0.3545-0.00750.3640.13210.44150.2530.37510.1828-0.17-0.17020.3059-0.3054-0.15330.00030.34320.0675-0.01050.4208-0.0580.4413-2.376133.639324.6934
31.55351.04180.6310.64810.54141.44490.03390.049-0.0386-0.06450.08610.08320.0636-0.1113-0.00010.28860.0099-0.01550.3003-0.0080.2827.504528.177633.2039
41.18410.5120.56351.2703-0.01871.24620.0741-0.138-0.11410.33860.1618-0.46160.28870.4238-0.00020.24440.0328-0.0080.3306-0.03550.326620.02429.005944.2784
50.33630.05090.00640.0231-0.06470.1812-0.01630.23750.469-0.5282-0.0918-0.7472-0.27760.5732-0.02730.3175-0.02440.05540.3286-0.01320.335814.574640.042639.3879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 27 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 125 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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