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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u1n | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the cross-linked HSP90 dimer (NTD-MD) in the semi-open state | ||||||
要素 | Heat shock protein 83 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / HSP / HSP90 / Crosslinked | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Finci, L.I. / Simanshu, D.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Structural dynamics of RAF1-HSP90-CDC37 and HSP90 complexes reveal asymmetric client interactions and key structural elements. 著者: Lorenzo I Finci / Mayukh Chakrabarti / Gulcin Gulten / Joseph Finney / Carissa Grose / Tara Fox / Renbin Yang / Dwight V Nissley / Frank McCormick / Dominic Esposito / Trent E Balius / Dhirendra K Simanshu / 要旨: RAF kinases are integral to the RAS-MAPK signaling pathway, and proper RAF1 folding relies on its interaction with the chaperone HSP90 and the cochaperone CDC37. Understanding the intricate molecular ...RAF kinases are integral to the RAS-MAPK signaling pathway, and proper RAF1 folding relies on its interaction with the chaperone HSP90 and the cochaperone CDC37. Understanding the intricate molecular interactions governing RAF1 folding is crucial for comprehending this process. Here, we present a cryo-EM structure of the closed-state RAF1-HSP90-CDC37 complex, where the C-lobe of the RAF1 kinase domain binds to one side of the HSP90 dimer, and an unfolded N-lobe segment of the RAF1 kinase domain threads through the center of the HSP90 dimer. CDC37 binds to the kinase C-lobe, mimicking the N-lobe with its HxNI motif. We also describe structures of HSP90 dimers without RAF1 and CDC37, displaying only N-terminal and middle domains, which we term the semi-open state. Employing 1 μs atomistic simulations, energetic decomposition, and comparative structural analysis, we elucidate the dynamics and interactions within these complexes. Our quantitative analysis reveals that CDC37 bridges the HSP90-RAF1 interaction, RAF1 binds HSP90 asymmetrically, and that HSP90 structural elements engage RAF1's unfolded region. Additionally, N- and C-terminal interactions stabilize HSP90 dimers, and molecular interactions in HSP90 dimers rearrange between the closed and semi-open states. Our findings provide valuable insight into the contributions of HSP90 and CDC37 in mediating client folding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u1n.cif.gz | 194.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u1n.ent.gz | 151.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u1n_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u1n_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u1n_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u1n_validation.cif.gz | 65 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u1n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41818MC 8u1lC 8u1mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83322.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: A0A7E5VSK5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heat shock protein 90 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Sample was cross-linked with DSSO / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.166 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.24 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was cross-linked with DSSO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Grids were blotted for 4.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 579790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139556 / 対称性のタイプ: POINT |