[日本語] English
万見
- PDB-8u1c: A mechanistic understanding of protective influenza B neuraminida... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u1c
タイトルA mechanistic understanding of protective influenza B neuraminidase mAbs at the airway interface
要素
  • Neuraminidase
  • mAb-400 heavy chain
  • mAb-400 light chain
キーワードHYDROLASE / Neuraminidase Sialidase
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Ferguson, J.A. / Oeverdieck, S. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Isolation of human antibodies against influenza B neuraminidase and mechanisms of protection at the airway interface.
著者: Rachael M Wolters / James A Ferguson / Ivette A Nuñez / Elaine E Chen / Ty Sornberger / Luke Myers / Svearike Oeverdieck / Sai Sundar Rajan Raghavan / Chandrahaas Kona / Laura S Handal / ...著者: Rachael M Wolters / James A Ferguson / Ivette A Nuñez / Elaine E Chen / Ty Sornberger / Luke Myers / Svearike Oeverdieck / Sai Sundar Rajan Raghavan / Chandrahaas Kona / Laura S Handal / Trevor E Esilu / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Taylor B Engdahl / Nurgun Kose / Lauren E Williamson / C Buddy Creech / Katherine N Gibson-Corley / Andrew B Ward / James E Crowe /
要旨: Influenza B viruses (IBVs) comprise a substantial portion of the circulating seasonal human influenza viruses. Here, we describe the isolation of human monoclonal antibodies (mAbs) that recognized ...Influenza B viruses (IBVs) comprise a substantial portion of the circulating seasonal human influenza viruses. Here, we describe the isolation of human monoclonal antibodies (mAbs) that recognized the IBV neuraminidase (NA) glycoprotein from an individual following seasonal vaccination. Competition-binding experiments suggested the antibodies recognized two major antigenic sites. One group, which included mAb FluB-393, broadly inhibited IBV NA sialidase activity, protected prophylactically in vivo, and bound to the lateral corner of NA. The second group contained an active site mAb, FluB-400, that broadly inhibited IBV NA sialidase activity and virus replication in vitro in primary human respiratory epithelial cell cultures and protected against IBV in vivo when administered systemically or intranasally. Overall, the findings described here shape our mechanistic understanding of the human immune response to the IBV NA glycoprotein through the demonstration of two mAb delivery routes for protection against IBV and the identification of potential IBV therapeutic candidates.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: mAb-400 heavy chain
L: mAb-400 light chain
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4974
ポリマ－77,0723
非ポリマー4241
水00
1
H: mAb-400 heavy chain
L: mAb-400 light chain
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

H: mAb-400 heavy chain
L: mAb-400 light chain
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

H: mAb-400 heavy chain
L: mAb-400 light chain
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

H: mAb-400 heavy chain
L: mAb-400 light chain
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,98716
ポリマ－308,28912
非ポリマー1,6984
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C4 (4回回転対称))

-
要素

#1: 抗体 mAb-400 heavy chain


分子量: 14438.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 mAb-400 light chain


分子量: 11529.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 51104.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Iowa/06/2017) (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): D2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A1S7DL21
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex of human donor mAb-fv domain bound to influenza B neuraminidase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Influenza B virus (B/Iowa/06/2017) (B型インフルエンザウイルス)1968240
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
21Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227D2pCoBlast
31Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029ExpiCHO
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 倍率（補正後）: 190000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影電子線照射量: 49.87 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5958
画像スキャン横: 4048 / 縦: 4048

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択Template Picker
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正PatchCTF
7Rosettaモデルフィッティング
8PHENIXモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1096437
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220989 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDChain-IDSource nameタイプ詳細
11ARoseTTAFoldin silico model
21HLOtherin silico modelhttps://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/sabpred/abodybuilder2_results/20230713_0236990/
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 22.06 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.02314717
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.84456385
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1084677
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0097813
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.1011710

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る