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- PDB-8u17: The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u17
タイトルThe ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein cereblon
  • Sal-like protein 4
キーワードLIGASE / complex / glue
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / viral release from host cell / cullin family protein binding / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / heterochromatin / positive regulation of gluconeogenesis / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) ...: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Pomalidomide / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Clifton, M.C. / Ma, X. / Ornelas, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and biophysical comparisons of the pomalidomide- and CC-220-induced interactions of SALL4 with cereblon.
著者: Ma, X. / Leon, B. / Ornelas, E. / Dovala, D. / Tandeske, L. / Luu, C. / Pardee, G. / Widger, S. / Solomon, J.M. / Beckwith, R.E.J. / Moser, H. / Clifton, M.C. / Wartchow, C.A.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Sal-like protein 4
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,95014
ポリマ－292,0116
非ポリマー9398
水00
1
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4757
ポリマ－146,0063
非ポリマー4694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area51430 Å2
手法PISA
2
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4757
ポリマ－146,0063
非ポリマー4694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area51960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.077, 151.660, 195.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 42971.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#3: タンパク質 Sal-like protein 4


分子量: 9687.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-Y70 / S-Pomalidomide / 2-[(3S)-2,6-ジオキソ-3-ピペリジニル]-4-アミノイソインドリン-1,3-ジオン


分子量: 273.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.9 Å / Num. obs: 63326 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0631 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.282 / Rsym value: 0.212 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 788438
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 4418 / CC1/2: 0.317 / Rpim(I) all: 3.431 / Rrim(I) all: 12.093 / Χ2: 1.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→49.9 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3456 3073 5.06 %
Rwork0.3048 --
obs0.3069 60745 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16987 0 46 0 17033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5123759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3272523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.150.7901490.662985X-RAY DIFFRACTION36
3.15-3.20.47411250.46252462X-RAY DIFFRACTION92
3.2-3.260.46651410.40932661X-RAY DIFFRACTION98
3.26-3.310.43521490.40622674X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.380.41491510.42472687X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.450.49981430.42092694X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.520.46121360.38272697X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.60.3951380.37212723X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.690.50361420.46122644X-RAY DIFFRACTION99
3.69-3.790.42031320.39812700X-RAY DIFFRACTION99
3.79-3.910.47391540.41032672X-RAY DIFFRACTION99
3.91-4.030.43081190.37952664X-RAY DIFFRACTION98
4.03-4.180.34391220.30952707X-RAY DIFFRACTION99
4.18-4.340.34011610.28552701X-RAY DIFFRACTION99
4.34-4.540.30591350.26362688X-RAY DIFFRACTION99
4.54-4.780.35851430.25352712X-RAY DIFFRACTION99
4.78-5.080.31711580.2422689X-RAY DIFFRACTION99
5.08-5.470.3331530.26552704X-RAY DIFFRACTION99
5.47-6.020.28581430.27392748X-RAY DIFFRACTION100
6.02-6.890.29991700.26912760X-RAY DIFFRACTION100
6.89-8.670.27351660.27482769X-RAY DIFFRACTION100
8.67-49.90.25121430.2212931X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1956-2.2493-1.26881.0692-0.63535.06590.69820.9515-0.3761-1.1867-0.58790.1394-0.0557-0.62570.02811.95680.47690.02760.7434-0.24650.7799-37.45228.2316-43.778
21.53150.06960.27492.1328-0.05720.05280.4347-0.34070.68410.0278-0.65471.5552-0.8255-0.64480.16991.39960.61260.53760.9467-0.381.0825-37.516140.6161-35.6814
38.5839-0.5350.62417.5194-2.219.21090.5037-0.00370.6467-0.3231-0.49881.08080.67740.1751-0.01971.16530.19830.28080.5875-0.14320.8207-35.907134.6306-36.7573
42.505-1.2833-0.45948.51855.55346.03670.94620.73880.2273-1.9159-1.02241.1341-0.9692-0.87240.32231.69320.53080.16730.9476-0.23610.5998-37.523835.1363-41.3983
51.5651-2.3167-1.16637.90560.35761.21530.3161-0.23080.165-0.4654-0.8695-0.1770.1663-0.35760.61311.39640.24360.11670.7606-0.06110.665-21.0084-0.031-43.3691
62.20520.22190.24374.83622.2672.07130.0584-0.10910.2971-0.1393-0.4175-0.21020.16710.12490.09271.39870.20710.47140.67050.08760.5445-16.291213.7247-43.6029
70.83590.29080.70764.8527-0.23610.62480.63220.23650.6559-0.1372-0.9953-0.7329-0.42630.4567-0.22842.09990.25380.75210.48020.22591.0722-14.282534.0682-45.4126
81.04660.6560.51635.3593-0.07770.28930.59360.0167-0.14650.4198-0.8659-1.6259-0.09380.43450.57771.9806-0.08560.75580.46010.49541.514-8.622938.2835-42.052
92.4343-0.60420.38240.1662-0.194.51340.19940.2695-0.7237-0.7254-0.55771.13570.5176-0.50380.12611.87780.0798-0.41350.7864-0.35990.9482-37.9715-24.6314-48.6257
105.67750.0209-0.29485.019-0.61434.19630.2079-0.64080.5638-0.145-0.47060.5973-0.6684-0.56740.27090.7686-0.0077-0.0490.5512-0.1870.5467-39.769-13.9469-34.0353
112.186-1.72960.57484.5691-1.13873.2095-0.2282-0.3904-0.61630.9005-0.2730.1211-0.4717-0.16760.2381.0281-0.60370.27250.65020.03510.6519-25.9705-16.1734-22.4611
121.61530.2842-1.52781.7973-1.08276.68230.30020.0066-0.4284-1.36-0.5293-0.2809-0.2246-0.06470.2091.1938-0.0110.12350.4642-0.06760.5889-18.9382-28.0126-42.1434
131.64780.2708-0.36550.8895-0.31750.90020.50240.5547-0.2122-1.0514-0.396-0.21060.10580.5190.23992.54690.43310.71460.70050.21420.8063-6.6737-12.1454-63.9377
142.118-0.2453-0.37171.0439-0.49171.2076-0.18520.70320.3002-1.1071-0.5365-0.7179-0.5154-0.1314-0.61723.52250.81980.53880.63390.59670.942-14.49245.9696-71.0475
151.15490.5295-1.20730.2402-0.54421.22290.06460.39290.3921-0.2270.09690.1479-0.6843-0.59430.04182.89290.7818-0.2081.035-0.25460.4459-32.6374-1.0334-67.1689
163.3917-0.361-1.58940.1722-0.23353.7768-0.0221-0.45840.5633-0.9614-0.21320.7236-0.0935-0.78550.25162.06370.264-0.58240.838-0.43791.2334-47.7368-11.7055-64.84
176.5968-3.5261-4.41322.9363.7335.7561-0.29610.72180.4178-1.10040.5296-0.2073-0.3691-0.8977-0.14112.85780.31070.34620.77140.10030.9009-29.505861.6603-35.5882
184.28842.07744.20782.20771.97284.19090.4807-1.22521.9783-0.6163-0.2929-1.0229-4.814-0.4669-0.21831.8663-0.00280.07531.3878-0.17611.6449-18.288564.1309-34.7863
190.3501-1.1417-0.40964.15750.74881.23510.30430.15070.6367-0.17010.27070.04260.68120.0526-0.38132.26560.24750.60250.47570.20141.8456-18.654454.7406-47.5752
201.43541.68010.61465.73511.49182.33790.1926-0.20160.6383-0.6168-1.03562.102-0.873-0.43560.82281.4360.028-0.50840.686-0.16760.9314.913533.577712.6424
211.5620.93340.12735.68281.59971.94670.2230.07070.2119-0.7570.1266-0.7555-1.29670.4615-0.35051.4321-0.10270.03440.6489-0.02930.667633.227526.0310.8925
22222222-1.147410.3294-0.3036-4.0333-0.4116-23.5568-2.68280.1811.56180.9187-0.3424-0.10011.7325-0.0131.124832.637529.2146-21.5224
232.2756-0.40020.10851.56010.43691.6230.0071-0.2336-0.8827-0.0642-0.39650.80910.33420.2504-0.3430.24240.1318-0.70460.4638-0.03871.04729.2017-21.3419.5892
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252.9297-0.4778-0.39513.05571.33946.2404-0.0211-0.7833-0.01321.01790.1317-0.3655-1.08280.4502-0.23471.1515-0.0532-0.3110.67640.0450.518633.9877-14.91924.5093
262.1746-0.47952.0572.2344-1.87335.3142-0.09130.2108-0.3473-0.6064-0.4141-0.1250.46320.35440.1290.75010.0563-0.32760.4446-0.11250.614328.1093-24.89793.3626
272.02190.54750.55651.37590.18141.92130.14330.78190.0583-1.8728-0.25420.2433-0.44030.31750.16162.08090.1823-0.35550.9058-0.09190.669422.5106-0.5616-21.1237
281.6267-0.69460.04242.1559-1.01451.11060.0174-0.0479-0.17560.1787-0.03911.17-0.1094-0.27030.21270.33070.0198-0.98230.5186-0.28551.5492-2.9001-4.1488-2.7855
292.7532-2.9239-1.60387.093-2.3365.0493-0.3719-0.84671.24410.09420.7389-0.1123-1.48280.814-0.40362.2235-0.1293-0.26560.8604-0.09150.774227.731364.692414.4639
308.69946.0454-4.18235.4214-1.8953.4403-0.822.31632.5776-2.31532.39193.8930.869-1.203-1.56182.873-0.34190.11630.8863-0.03842.25834.851262.90673.3665
311.86871.6729-1.05912.361-1.54691.0170.13150.45011.1568-0.85940.1425-1.0893-0.36190.1087-0.14512.3045-0.1296-0.14360.57570.22811.408231.951557.07091.3866
323.31084.05113.69655.08944.53954.1286-0.13380.65841.3186-2.63550.45520.4184-0.7880.4021-0.32413.5427-0.31870.02850.72720.10171.556925.796657.6908-2.7652
330.16640.7593-0.25793.7008-1.75971.8439-2.09111.9016-1.7091-4.660.9869-2.77421.09830.89851.11842.7384-0.3184-0.25221.4113-0.26821.900820.102648.8950.2242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 95 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 96 through 115 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 179 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 180 through 237 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 238 through 291 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 292 through 396 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 397 through 427 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 84 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 85 through 186 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 187 through 248 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 249 through 374 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 375 through 845 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 846 through 958 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 959 through 1036 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1037 through 1139 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 381 through 401 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 402 through 406 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 407 through 434 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 71 through 199 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 200 through 427 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 428 through 428 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 2 through 84 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 85 through 194 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 195 through 248 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 249 through 385 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 386 through 964 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 965 through 1139 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 381 through 406 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 407 through 411 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 412 through 421 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 422 through 431 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 432 through 436 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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