PDB-8u16: The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bou...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8u16

タイトル

The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide

要素

DNA damage-binding protein 1
Protein cereblon
Sal-like protein 4

キーワード

LIGASE / complex / glue

機能・相同性

機能・相同性情報

POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / ventricular septum development / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / somatic stem cell population maintenance / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / heterochromatin / positive regulation of gluconeogenesis / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Clifton, M.C. / Ma, X. / Ornelas, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and biophysical comparisons of the pomalidomide- and CC-220-induced interactions of SALL4 with cereblon.
著者: Ma, X. / Leon, B. / Ornelas, E. / Dovala, D. / Tandeske, L. / Luu, C. / Pardee, G. / Widger, S. / Solomon, J.M. / Beckwith, R.E.J. / Moser, H. / Clifton, M.C. / Wartchow, C.A.

履歴

登録	2023年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8u16.ent.gz	762.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8u16_validation.pdf.gz	995.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u16_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8u16_validation.xml.gz	83.2 KB	表示
CIF形式データ	8u16_validation.cif.gz	113.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u16	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8u15C 8u17C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (6)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (8)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (6)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein cereblon

B: DNA damage-binding protein 1

C: Sal-like protein 4

D: Protein cereblon

E: DNA damage-binding protein 1

F: Sal-like protein 4

ヘテロ分子

286 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Protein cereblon

B: DNA damage-binding protein 1

C: Sal-like protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Protein cereblon

E: DNA damage-binding protein 1

F: Sal-like protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.536, 151.986, 218.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質	Protein cereblon 分子量: 42971.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質	DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe 分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q16531
#3: タンパク質	Sal-like protein 4 / Zinc finger protein 797 / Zinc finger protein SALL4 分子量: 6417.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4, ZNF797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4

-
非ポリマー , 4種, 45分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-Y70 / S-Pomalidomide / 2-[(3S)-2,6-ジオキソ-3-ピペリジニル]-4-アミノイソインドリン-1,3-ジオン分子量: 273.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→88.7 Å / Num. obs: 71316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.0773 / R_pim(I) all: 0.118 / R_rim(I) all: 0.609 / R_sym value: 0.9216 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 1886081
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.2 % / R_merge(I) obs: 8.198 / Num. measured all: 113305 / Num. unique obs: 4497 / CC_1/2: 0.432 / R_pim(I) all: 1.66 / R_rim(I) all: 8.365 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→49.35 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2727	3488	4.93 %
R_work	0.2191	-	-
obs	0.2217	70742	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18006	0	50	36	18092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	18431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	25117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.007	2567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2955
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.94	0.4563	161	0.4413	2587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.94-2.98	0.4136	139	0.3822	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.03	0.3457	132	0.3629	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.03-3.07	0.3719	134	0.3337	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.07-3.12	0.3984	134	0.3227	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.18	0.3717	144	0.3186	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.24	0.3341	121	0.2979	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.3	0.3327	141	0.2981	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.37	0.3778	140	0.2905	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.44	0.3136	122	0.282	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.52	0.2923	154	0.2508	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.61	0.2898	144	0.2465	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.7	0.2962	149	0.2236	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.81	0.2968	135	0.217	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-3.94	0.2805	142	0.2155	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.08	0.2596	145	0.2053	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.24	0.2647	136	0.1874	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.43	0.229	151	0.1702	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
4.43-4.67	0.1975	120	0.1545	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
4.67-4.96	0.2295	144	0.1563	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-5.34	0.2085	150	0.1692	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
5.34-5.88	0.241	141	0.1887	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
5.88-6.72	0.2985	160	0.201	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
6.73-8.47	0.2476	113	0.1971	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
8.47-49.35	0.1949	136	0.1769	2728	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3364	2.8812	-0.9869	4.7832	-1.2625	3.142	0.3047	-0.4335	0.3324	1.1347	-0.4613	0.4158	-0.0613	0.148	0.1525	0.6329	0.0014	0.0141	0.4618	-0.158	0.6374	57.8004	72.3068	35.8429
2	0.954	0.5459	0.2108	7.2933	-0.4105	0.6156	-0.0431	0.2746	0.3325	-0.716	0.0006	-0.8323	0.0815	0.2096	0.0669	0.5261	0.0883	0.0352	0.5974	-0.0185	0.6666	49.2037	61.1925	14.664
3	2.249	-0.6471	-1.3238	2.9786	0.5149	1.8546	-0.2911	-0.3548	-0.5396	0.1139	0.2487	-0.2261	0.1581	0.1228	0.056	0.6597	0.1825	-0.1283	0.5448	0.0514	0.4045	50.6209	13.9525	38.5396
4	3.5449	0.3282	-0.7852	3.6146	-0.0172	3.449	-0.1686	-0.4377	0.0584	0.4701	0.2948	-0.3484	-0.1114	0.6133	-0.1135	0.5199	0.0454	-0.283	0.6842	-0.1114	0.5264	63.261	24.2737	39.7843
5	3.4338	0.5194	-0.0998	2.5939	1.3205	2.9904	0.0634	0.0212	0.1357	-0.0517	-0.0177	-0.6388	-0.0723	0.6144	-0.0897	0.347	0.0967	-0.0534	0.5901	0.0127	0.7135	68.1768	18.8245	18.9535
6	2.8778	-1.2861	-0.4076	2.5583	0.1214	1.6388	0.0136	0.2155	-0.1729	-0.0901	-0.1286	0.1735	-0.0122	-0.006	0.1163	0.3764	0.0112	-0.0303	0.3643	-0.1006	0.2639	38.3949	16.3726	15.6247
7	2.6293	-0.6007	-0.201	2.5988	0.2079	1.8791	-0.0903	-0.0685	0.1119	0.0431	0.0107	0.4129	-0.3577	-0.2026	0.0745	0.3949	0.1024	-0.1112	0.3956	-0.0909	0.4288	24.4303	41.3272	21.6227
8	1.7847	-1.0238	0.4285	2.669	0.1176	2.9278	-0.2126	-0.6162	-0.1243	0.7995	0.0777	0.0986	-0.0757	-0.0473	0.1273	0.5577	0.088	-0.008	0.5663	-0.0154	0.303	36.4259	29.7683	44.9335
9	6.5315	-0.4605	0.433	6.3218	0.933	8.8254	-0.6566	-0.9752	-0.2337	0.9687	0.0264	0.7277	-0.5139	-0.6556	0.5827	0.762	0.0628	0.0223	0.7858	-0.0039	0.4575	29.8699	21.8597	60.0159
10	7.4882	-3.2146	-1.3453	9.1468	-3.2506	4.8781	0.1223	0.5307	0.8072	1.7239	-0.3342	-0.1743	-1.3435	-1.0412	0.3085	0.9455	0.0383	0.008	0.7249	-0.1038	0.8642	58.9922	97.4542	27.9396
11	2.3535	3.0978	-0.5496	7.7095	0.7072	1.1709	-0.7372	0.4954	0.3877	0.0114	0.8752	-0.779	-0.3679	1.0663	-0.1026	0.6403	-0.0703	0.0163	1.0554	-0.0262	1.5144	62.3059	103.024	23.958
12	8.0038	-0.6501	3.39	4.9753	-0.071	6.7077	-0.1795	0.8003	0.1332	-0.7107	0.1291	0.0226	-0.878	0.901	0.0215	0.7103	-0.0375	0.0148	0.5473	0.0786	0.9073	49.8398	95.7403	16.5011
13	3.9383	3.5958	4.1354	5.3067	6.8624	9.045	-0.1407	-0.7866	-0.1018	-0.0726	0.0209	-1.1165	0.52	-0.6911	0.0791	0.8846	0.1295	-0.2861	0.5446	0.1174	1.0087	43.5162	91.7631	22.9531
14	7.2298	-2.2664	0.3403	6.5424	1.1013	5.1474	0.0428	0.1417	-0.7842	-0.6997	-0.4887	0.3739	-0.1119	-0.1955	0.42	0.5246	0.0112	-0.0483	0.3864	0.01	0.5996	9.9936	0.9008	73.2327
15	0.8076	-1.5876	0.2524	6.1171	-1.9411	0.8369	-0.0459	-0.1804	0.0827	0.1918	-0.0142	-0.2499	-0.0943	-0.0921	0.0672	0.3253	-0.1192	-0.0696	0.4967	0.0958	0.4654	1.3166	12.0093	94.65
16	2.1446	0.8596	0.9335	1.7884	0.8408	1.9578	-0.0615	0.041	0.2851	-0.1076	0.0145	-0.1499	-0.1697	0.2938	0.0475	0.4226	-0.1024	0.0088	0.4702	0.068	0.5377	13.9563	54.4656	78.8241
17	6.4113	3.6645	1.3894	3.4704	0.8036	1.1714	0.0572	-0.2745	0.8479	0.0018	-0.4474	0.4185	-0.4728	-0.0313	0.368	0.5078	-0.1087	0.0331	0.5885	-0.1366	0.7904	-1.4209	63.0108	88.924
18	2.4704	0.7948	-0.2854	3.553	-0.1754	1.5008	0.1688	-0.5066	0.3017	0.2151	-0.3039	0.6586	-0.0238	-0.261	0.1476	0.3764	-0.0938	-0.0168	0.5997	-0.1415	0.6189	-22.7392	38.5667	92.4557
19	1.4782	0.8627	-0.5275	1.6163	0.0979	2.761	-0.2079	0.4571	0.0861	-0.6268	-0.0177	0.2182	0.001	-0.3242	0.1988	0.7144	-0.0923	-0.2238	0.6446	0.0074	0.4786	-13.6112	42.5713	61.5993
20	9.2541	-3.0223	-2.3455	4.7928	0.3657	3.7538	-0.6772	0.1617	-0.1982	-1.5236	0.904	-1.8033	0.8794	-0.6999	-0.1521	1.0046	-0.0974	0.1808	0.7962	0.0262	1.1683	12.6091	-26.5343	83.1032
21	5.7898	1.7406	-2.1257	5.3013	3.0244	3.578	-0.4149	-0.0753	-0.6697	-1.2621	0.7599	0.5522	0.3543	-0.408	-0.1496	0.6299	-0.2194	-0.2082	0.5366	0.1798	0.5769	-0.5592	-20.8266	90.0721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 72 through 184 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 185 through 427 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 85 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 164 through 289 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 290 through 795 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 796 through 991 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 992 through 1097 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1098 through 1140 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 380 through 393 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 394 through 404 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 405 through 421 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 422 through 432 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 72 through 184 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 185 through 427 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 2 through 289 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 290 through 385 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 386 through 963 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 964 through 1140 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 380 through 404 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 405 through 432 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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