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万見
- PDB-8u0y: Bacterial protein cpx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0y
タイトルBacterial protein cpx
要素
  • (Fluorescent protein) x 2
  • Receptor A
  • Receptor B
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Bacterial protein / Bacterial light harvesting complex / Phycobilisome
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOUROBILIN / TRAV4D-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Ceramium secundatum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gully, B.S. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP230102073 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacterial protein cpx
著者: Gully, B.S. / Rossjohn, J.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein
B: Fluorescent protein
C: Receptor A
D: Receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5279
ポリマ－84,5744
非ポリマー2,9545
水32418
1
A: Fluorescent protein
B: Fluorescent protein
C: Receptor A
D: Receptor B
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,16554
ポリマ－507,44324
非ポリマー17,72130
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
crystal symmetry operation10_775-y+2,-x+2,-z1
crystal symmetry operation11_755-x+y+2,y,-z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z1
Buried area101250 Å2
ΔGint-710 kcal/mol
Surface area185350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.790, 221.790, 139.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Fluorescent protein


分子量: 17775.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ceramium secundatum (真核生物)
#2: タンパク質 Fluorescent protein


分子量: 18352.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ceramium secundatum (真核生物)
#3: タンパク質 Receptor A


分子量: 21515.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TRAV4D-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5R1F7
#4: タンパク質 Receptor B


分子量: 26929.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 23分子

#5: 化合物
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 1.2 M ammonium sulfate, 5% w/v D-sorbitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→96.04 Å / Num. obs: 40827 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 46.71 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5859 / CC1/2: 0.407 / Rpim(I) all: 0.484 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EYX

1eyx


解像度: 3→79.08 Å / SU ML: 0.3752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.4629
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 2052 5.03 %
Rwork0.2331 38756 -
obs0.2344 40808 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→79.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5665 0 215 18 5898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01196003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42248190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00961053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.59522086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.34671380.30452524X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.150.32241360.29832535X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.230.33181320.27812554X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.330.30681130.26562555X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.430.27881170.2662574X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.560.28331440.24742543X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.70.30541280.25252562X-RAY DIFFRACTION99.56
3.7-3.870.25811210.22292573X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.070.22521310.21632555X-RAY DIFFRACTION99.89
4.07-4.330.25561400.19982567X-RAY DIFFRACTION99.93
4.33-4.660.22381590.18632566X-RAY DIFFRACTION99.74
4.66-5.130.24071400.2072600X-RAY DIFFRACTION99.89
5.13-5.870.25381580.22772598X-RAY DIFFRACTION99.96
5.87-7.40.26811320.24752665X-RAY DIFFRACTION99.64
7.4-79.080.19961630.21932785X-RAY DIFFRACTION99.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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