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- PDB-8u0x: Yeast Pex6 N1(1-184) Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0x
タイトルYeast Pex6 N1(1-184) Domain
要素Peroxisomal ATPase PEX6
キーワードMOTOR PROTEIN / N-terminal domain AAA-ATPase Pex6
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein transporter activity / peroxisomal membrane / ATPase complex / protein unfolding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / peroxisome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal ATPase PEX6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Gardner, B.M. / Ali, B.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM121880 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094497 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: The N1 domain of the peroxisomal AAA-ATPase Pex6 is required for Pex15 binding and proper assembly with Pex1.
著者: Bashir A Ali / Ryan M Judy / Saikat Chowdhury / Nicole K Jacobsen / Dominic T Castanzo / Kaili L Carr / Chris D Richardson / Gabriel C Lander / Andreas Martin / Brooke M Gardner /
要旨: The heterohexameric ATPases associated with diverse cellular activities (AAA)-ATPase Pex1/Pex6 is essential for the formation and maintenance of peroxisomes. Pex1/Pex6, similar to other AAA-ATPases, ...The heterohexameric ATPases associated with diverse cellular activities (AAA)-ATPase Pex1/Pex6 is essential for the formation and maintenance of peroxisomes. Pex1/Pex6, similar to other AAA-ATPases, uses the energy from ATP hydrolysis to mechanically thread substrate proteins through its central pore, thereby unfolding them. In related AAA-ATPase motors, substrates are recruited through binding to the motor's N-terminal domains or N terminally bound cofactors. Here, we use structural and biochemical techniques to characterize the function of the N1 domain in Pex6 from budding yeast, Saccharomyces cerevisiae. We found that although Pex1/ΔN1-Pex6 is an active ATPase in vitro, it does not support Pex1/Pex6 function at the peroxisome in vivo. An X-ray crystal structure of the isolated Pex6 N1 domain shows that the Pex6 N1 domain shares the same fold as the N-terminal domains of PEX1, CDC48, and NSF, despite poor sequence conservation. Integrating this structure with a cryo-EM reconstruction of Pex1/Pex6, AlphaFold2 predictions, and biochemical assays shows that Pex6 N1 mediates binding to both the peroxisomal membrane tether Pex15 and an extended loop from the D2 ATPase domain of Pex1 that influences Pex1/Pex6 heterohexamer stability. Given the direct interactions with both Pex15 and the D2 ATPase domains, the Pex6 N1 domain is poised to coordinate binding of cofactors and substrates with Pex1/Pex6 ATPase activity.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal ATPase PEX6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9081
ポリマ－20,9081
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.317, 85.317, 51.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal ATPase PEX6 / Peroxin-6 / Peroxisomal assembly protein 8


分子量: 20908.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PEX6, PAS8, YNL329C, N0310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P33760, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.8 M LiCl, 0.1 M citric acid pH 5, 16% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→73.89 Å / Num. obs: 18315 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 28.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.863-1.8951.3612.39270.7840.3691.411100
5.056-73.8870.03359.49900.9990.0090.03499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.4.1 / 2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→73.89 Å / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.4893
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 951 5.2 %
Rwork0.2119 17355 -
obs0.2142 18306 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→73.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1388 0 0 91 1479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9991937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9883187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.960.34581350.27812456X-RAY DIFFRACTION99.96
1.96-2.080.30041400.22652444X-RAY DIFFRACTION99.92
2.08-2.240.25391220.22492459X-RAY DIFFRACTION99.92
2.25-2.470.29061340.23792454X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.830.24921300.22422470X-RAY DIFFRACTION99.85
2.83-3.560.24911550.20492475X-RAY DIFFRACTION99.96
3.57-73.890.2381350.19322597X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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