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- PDB-8u0v: S. cerevisiae Pex1/Pex6 with 1 mM ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0v
タイトルS. cerevisiae Pex1/Pex6 with 1 mM ATP
要素
  • Peroxisomal ATPase PEX1
  • Peroxisomal ATPase PEX6
キーワードMOTOR PROTEIN / Peroxisome AAA-ATPase unfoldase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein transporter activity / peroxisomal membrane / ATPase complex / protein unfolding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / peroxisome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Peroxisomal ATPase PEX1 / Peroxisomal ATPase PEX6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Gardner, B.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM121880 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS095892 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: The N1 domain of the peroxisomal AAA-ATPase Pex6 is required for Pex15 binding and proper assembly with Pex1.
著者: Bashir A Ali / Ryan M Judy / Saikat Chowdhury / Nicole K Jacobsen / Dominic T Castanzo / Kaili L Carr / Chris D Richardson / Gabriel C Lander / Andreas Martin / Brooke M Gardner /
要旨: The heterohexameric ATPases associated with diverse cellular activities (AAA)-ATPase Pex1/Pex6 is essential for the formation and maintenance of peroxisomes. Pex1/Pex6, similar to other AAA-ATPases, ...The heterohexameric ATPases associated with diverse cellular activities (AAA)-ATPase Pex1/Pex6 is essential for the formation and maintenance of peroxisomes. Pex1/Pex6, similar to other AAA-ATPases, uses the energy from ATP hydrolysis to mechanically thread substrate proteins through its central pore, thereby unfolding them. In related AAA-ATPase motors, substrates are recruited through binding to the motor's N-terminal domains or N terminally bound cofactors. Here, we use structural and biochemical techniques to characterize the function of the N1 domain in Pex6 from budding yeast, Saccharomyces cerevisiae. We found that although Pex1/ΔN1-Pex6 is an active ATPase in vitro, it does not support Pex1/Pex6 function at the peroxisome in vivo. An X-ray crystal structure of the isolated Pex6 N1 domain shows that the Pex6 N1 domain shares the same fold as the N-terminal domains of PEX1, CDC48, and NSF, despite poor sequence conservation. Integrating this structure with a cryo-EM reconstruction of Pex1/Pex6, AlphaFold2 predictions, and biochemical assays shows that Pex6 N1 mediates binding to both the peroxisomal membrane tether Pex15 and an extended loop from the D2 ATPase domain of Pex1 that influences Pex1/Pex6 heterohexamer stability. Given the direct interactions with both Pex15 and the D2 ATPase domains, the Pex6 N1 domain is poised to coordinate binding of cofactors and substrates with Pex1/Pex6 ATPase activity.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal ATPase PEX1
C: Peroxisomal ATPase PEX1
E: Peroxisomal ATPase PEX1
F: Peroxisomal ATPase PEX6
B: Peroxisomal ATPase PEX6
D: Peroxisomal ATPase PEX6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)712,95416
ポリマ－707,8826
非ポリマー5,07210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal ATPase PEX1 / Peroxin-1 / Peroxisomal assembly protein 1 / Peroxisome biogenesis protein PAS1


分子量: 118653.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PEX1, PAS1, YKL197C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P24004, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 Peroxisomal ATPase PEX6 / Peroxin-6 / Peroxisomal assembly protein 8


分子量: 117306.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PEX6, PAS8, YNL329C, N0310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P33760, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pex1/Pex6 AAA-ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.637 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
11 mMATP1
260 mMHEPES1
350 mMsodium chlorideNaCl1
450 mMpotassium chlorideKCl1
510 mMmagnesium chlorideMgCl21
65 %glycerol1
70.5 mMEDTA1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 43478 X / 倍率（補正後）: 43478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ最高温度: 83 K / 最低温度: 83 K
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2355327
詳細: Lowpass (20A) template picking of 200nm diameter particles using cryoSPARC 3.3.2.
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106005 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 246.24 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002845070
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.615661077
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04516950
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00437818
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.67825966

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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