PDB-8u0q: Co-crystal structure of optimized analog TDI-13537 provided new i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8u0q

タイトル

Co-crystal structure of optimized analog TDI-13537 provided new insights into the potency determinants of the sulfonamide inhibitor series

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / virtual screening / tuberculosis / mycobacteria / lipoamide dehydrogenase / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / NADH binding / disulfide oxidoreductase activity / pyruvate dehydrogenase complex / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Dementiev, A.A. / Michino, M. / Vendome, J. / Ginn, J. / Bryk, R. / Olland, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023
タイトル: Shape-Based Virtual Screening of a Billion-Compound Library Identifies Mycobacterial Lipoamide Dehydrogenase Inhibitors.
著者: Michino, M. / Beautrait, A. / Boyles, N.A. / Nadupalli, A. / Dementiev, A. / Sun, S. / Ginn, J. / Baxt, L. / Suto, R. / Bryk, R. / Jerome, S.V. / Huggins, D.J. / Vendome, J.

履歴

登録	2023年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8u0q.cif.gz	255.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8u0q.ent.gz	164.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8u0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8u0q_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8u0q_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8u0q_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	8u0q_validation.cif.gz	61.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/8u0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.335, 97.928, 123.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase / LPD / Component of peroxynitrite reductase/peroxidase complex / Component of PNR/P / ...LPD / Component of peroxynitrite reductase/peroxidase complex / Component of PNR/P / Dihydrolipoamide dehydrogenase / E3 component of alpha-ketoacid dehydrogenase complexes 分子量: 49437.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37RV / 遺伝子: lpdC, lpd, Rv0462, MTV038.06 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHH9, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-U4I / N-(3-acetamidophenyl)-N~2~-[3-(difluoromethyl)-5-methylbenzene-1-sulfonyl]-N~2~-methylglycinamide 分子量: 425.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁F₂N₃O₄S
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 16% PEG 10000, 17.5% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95367 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95367 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→45.53 Å / Num. obs: 113737 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.79 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.69→1.75 Å / Num. unique obs: 11237 / CC_1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→45.53 Å / SU ML: 0.2775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	5677	4.99 %
R_work	0.1709	108029	-
obs	0.1727	113706	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→45.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6914	0	380	547	7841

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0158	7449
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.367	10098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0899	1149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.17	1094

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.71	0.4034	184	0.3709	3543	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.71-1.73	0.4186	194	0.3847	3556	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.73-1.75	0.4056	192	0.3819	3558	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.75-1.77	0.3775	178	0.3477	3593	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.77-1.8	0.3355	171	0.3238	3551	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.82	0.3389	197	0.3012	3581	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.82-1.85	0.3283	187	0.2771	3550	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.85-1.87	0.3168	189	0.2514	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2707	199	0.2358	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.2825	183	0.2288	3575	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.93-1.97	0.2845	165	0.2118	3581	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2	0.2751	195	0.2088	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2277	180	0.1981	3564	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.04-2.08	0.2392	197	0.1978	3592	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.08-2.13	0.2642	197	0.1928	3571	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.13-2.18	0.2306	196	0.1948	3568	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.18-2.23	0.2258	179	0.1861	3593	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.23-2.29	0.2479	198	0.1679	3581	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.29-2.36	0.2132	196	0.1689	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.44	0.2167	196	0.17	3590	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.52	0.2172	207	0.1656	3592	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.52-2.63	0.2151	183	0.1692	3607	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.63-2.74	0.2031	185	0.1608	3615	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.74-2.89	0.2124	194	0.1602	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.07	0.1814	191	0.1534	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.31	0.1795	202	0.1539	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.64	0.1708	180	0.1425	3674	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.64-4.17	0.1739	175	0.133	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.17-5.25	0.1555	194	0.135	3705	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.25-45.53	0.1858	193	0.1691	3874	X-RAY DIFFRACTION	99.85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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