[日本語] English
万見
- PDB-8u0o: Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engage... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0o
タイトルSynaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a DNA double-strand break containing an unpaired 3' primer terminus
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*A)-3')
  • DNA polymerase lambda
キーワードTRANSFERASE/DNA / NONHOMOLOGOUS END-JOINING / BASE EXCISION REPAIR (塩基除去修復) / DNA POLYMERASE (DNAポリメラーゼ) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kaminski, A.M. / Pedersen, L.C. / Bebenek, K. / Kunkel, T.A. / Chiruvella, K.K. / Ramsden, D.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIA ES102645 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065070 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA097096 米国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst) / 年: 2024
タイトル: DNA polymerase lambda Loop1 variant yields unexpected gain-of-function capabilities in nonhomologous end-joining.
著者: Kaminski, A.M. / Chiruvella, K.K. / Ramsden, D.A. / Bebenek, K. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
T: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0808
ポリマ－42,8033
非ポリマー2785
水1,51384
1
A: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子

T: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0808
ポリマ－42,8033
非ポリマー2785
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545x-y,-y-1,-z+1/31
Buried area2560 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.971, 58.971, 211.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 37938.430 Da / 分子数: 1 / 変異: Ser463-Gln471 deletion and replacement with KGET / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pET28M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNAポリメラーゼ, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 2436.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*A)-3')


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 89分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M ADA pH 6.5, 1 M ammonium phosphate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月12日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 27862 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 45.28 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.073 / Χ2: 0.689 / Net I/σ(I): 30.92
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1349 / CC1/2: 0.804 / CC star: 0.944 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.931 / Rsym value: 0.874 / Χ2: 0.351 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→41.34 Å / SU ML: 0.2451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.5615
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 1368 5.01 %random
Rwork0.2148 25951 --
obs0.217 27319 98.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 327 15 84 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01192686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16673715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4433806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.120.34891280.27912445X-RAY DIFFRACTION94.63
2.12-2.210.29971330.24122476X-RAY DIFFRACTION96.1
2.21-2.310.29791290.2592526X-RAY DIFFRACTION97.07
2.31-2.430.30661330.22442545X-RAY DIFFRACTION97.59
2.43-2.580.29551380.2492588X-RAY DIFFRACTION98.84
2.58-2.780.291340.24712588X-RAY DIFFRACTION99.16
2.78-3.060.30461400.2752624X-RAY DIFFRACTION99.46
3.06-3.50.29731370.21452652X-RAY DIFFRACTION99.68
3.5-4.410.23131440.19072665X-RAY DIFFRACTION99.61
4.41-41.340.22081520.19042842X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.896953067255-0.306387270445-0.2287895573210.9789473065910.4159531146940.343259434276-0.346824262770.05307867283830.429666264547-0.3161931067810.3728625050340.713093925048-0.531785725978-0.860833837030.0003335924502391.012862254880.1778120614160.1011152583980.8272681219380.07715076138631.01128057652-8.84657553483-8.6735772756123.5368892664
21.28711550898-0.8649946066-0.7411276394391.74092864010.454592108940.6067596461010.0679980141672-0.5620942518290.7009729484510.3869378003670.195433122193-0.354445124088-0.7673205976720.5327004719330.0003809767458310.750711310563-0.155191854103-0.007306296525370.424842865355-0.1229244650650.60750955712218.5661702313-11.120692853223.7684001892
33.583156622671.644745983680.4660292596152.40249609909-0.3620627598892.106790651050.03122138246660.312955846108-0.298582740179-0.2613208163710.00976952942554-0.4435948592440.3969241526570.2993300129764.0365222367E-80.476821809983-0.03419231202160.03125335892940.350759848478-0.03126505002230.38925442124816.1283474747-30.5771401816.86025465869
42.088239894630.302387566717-0.09718155141630.9316837417690.6888670255861.950387853710.0834903616041-0.162593332524-0.05234679788680.2271498108430.03173108486770.5708784924550.379613645794-0.7285658887450.001759167548840.555308898332-0.1697010612210.03756027825240.5095522586120.007122916297180.508816137339-3.55403570327-34.410670649315.5274333532
50.305738505779-0.1044483250180.02206686793860.1996133079220.1319038895420.225048616840.3364406678820.5783772688320.706872460657-0.1293814406010.1789380325380.0183698815927-0.404390629526-0.6269727350647.01192997163E-70.6153598979530.08097353860370.1518944651860.6086787815490.06431592071390.592580669599-14.2053644485-23.218904182138.1376594833
60.5405952124370.4629210208820.4123107699950.3630144653780.3807490325690.3743703091140.01375400759980.344986305610.01702177801480.08251847097340.085991248210.253330120394-0.2132241764140.38370364713-5.62291147865E-80.5338442422890.04357116890540.1122321722930.5503699043390.01177149064620.556540775687-8.33768284739-22.733017138538.0543771947
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and resid 250:329AA250 - 3291 - 80
22chain A and resid 330:386AA330 - 38681 - 137
33chain A and resid 387:495AA387 - 495138 - 241
44chain A and resid 496:575AA496 - 575242 - 307
55chain PPC1 - 8
66chain TTB1 - 8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る