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- PDB-8tzx: Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tzx
タイトルTernary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein Wiz
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE / Complex / glue
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / histone methyltransferase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition ...positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / histone methyltransferase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / viral release from host cell / cullin family protein binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / transcription corepressor binding / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / Neddylation / site of double-strand break / protein-macromolecule adaptor activity / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger found in WIZ protein / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain ...: / Zinc finger found in WIZ protein / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / PUA-like superfamily / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein Wiz / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Clifton, M.C. / Ma, X. / Ornelas, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A molecular glue degrader of the WIZ transcription factor for fetal hemoglobin induction.
著者: Ting, P.Y. / Borikar, S. / Kerrigan, J.R. / Thomsen, N.M. / Aghania, E. / Hinman, A.E. / Reyes, A. / Pizzato, N. / Fodor, B.D. / Wu, F. / Belew, M.S. / Mao, X. / Wang, J. / Chitnis, S. / Niu, ...著者: Ting, P.Y. / Borikar, S. / Kerrigan, J.R. / Thomsen, N.M. / Aghania, E. / Hinman, A.E. / Reyes, A. / Pizzato, N. / Fodor, B.D. / Wu, F. / Belew, M.S. / Mao, X. / Wang, J. / Chitnis, S. / Niu, W. / Hachey, A. / Cobb, J.S. / Savage, N.A. / Burke, A. / Paulk, J. / Dovala, D. / Lin, J. / Clifton, M.C. / Ornelas, E. / Ma, X. / Ware, N.F. / Sanchez, C.C. / Taraszka, J. / Terranova, R. / Knehr, J. / Altorfer, M. / Barnes, S.W. / Beckwith, R.E.J. / Solomon, J.M. / Dales, N.A. / Patterson, A.W. / Wagner, J. / Bouwmeester, T. / Dranoff, G. / Stevenson, S.C. / Bradner, J.E.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein Wiz
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Protein Wiz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,74417
ポリマ－279,2376
非ポリマー1,50711
水21612
1
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein Wiz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4039
ポリマ－139,6183
非ポリマー7846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Protein Wiz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,3418
ポリマ－139,6183
非ポリマー7225
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.669, 137.742, 136.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 42971.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2
Fragment: UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Protein Wiz / Widely-interspaced zinc finger-containing protein / Zinc finger protein 803


分子量: 3299.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WIZ, ZNF803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95785

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-U3I / (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione


分子量: 399.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→39.39 Å / Num. obs: 48824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05617 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.275 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 677068
反射 シェル解像度: 3.15→3.25 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Num. measured all: 62023 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.38 / Rpim(I) all: 1.325 / Rrim(I) all: 4.948 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→39.31 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 2501 5.13 %
Rwork0.2133 --
obs0.2152 48743 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16913 0 86 12 17011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51823672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8432438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.210.49081320.41162572X-RAY DIFFRACTION99
3.21-3.280.38781240.36362561X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.350.36551580.31752538X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.430.32631430.29662532X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.510.29711440.28142568X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.610.30311500.26212520X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.710.28811750.25382535X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.830.27771380.24362581X-RAY DIFFRACTION100
3.83-3.970.28061260.22142558X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.130.26341100.21262592X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.310.25891060.19362599X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.540.21011440.18152567X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.830.20631690.17052540X-RAY DIFFRACTION100
4.83-5.20.22171580.1862538X-RAY DIFFRACTION100
5.2-5.720.22971420.20042594X-RAY DIFFRACTION100
5.72-6.540.26331330.21822585X-RAY DIFFRACTION100
6.54-8.230.25081290.2162603X-RAY DIFFRACTION100
8.23-39.310.20951200.17762659X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51931.69310.35043.75950.83842.5144-0.4909-0.0206-0.3202-0.41120.50320.0403-0.24520.22920.16141.12520.0725-0.10980.8989-0.09291.1334-22.473917.82747.3906
21.1293-0.41671.11662.30161.13713.2651-0.3238-0.35210.38960.407-0.0072-0.0142-0.2546-0.42190.33620.99270.1421-0.13860.9265-0.11830.8103-31.47739.357623.1457
322.00011.99991.9998-2.63521.9999-0.53392.69-0.17820.02870.4299-0.49380.5275-1.3586-0.00852.195-0.1103-0.32521.97740.53671.8823-25.3057-9.337930.4163
42.07660.5248-0.19912.7385-0.321.8972-0.11890.1774-0.0354-0.29750.11850.37810.1708-0.10730.04150.81940.0393-0.05290.6858-0.13080.8151-51.1198-9.2603-26.2644
54.03360.3662-0.07634.3126-0.06882.65970.1856-0.08810.2123-0.1415-0.1382-0.1398-0.5048-0.1637-0.05120.72450.039-0.02770.6895-0.06720.6875-51.936410.2047-21.5716
64.16720.1075-0.91093.9149-0.18943.67240.03620.01350.5770.34840.35610.28750.1101-0.7742-0.42410.80990.06620.06131.003-0.07670.8808-68.68896.5087-9.2629
72.7281-1.4211-0.06362.2235-0.94520.96180.19310.1117-0.2658-0.19040.06270.28440.3152-0.4621-0.17650.8983-0.0427-0.09620.9605-0.12090.9765-67.771-9.8169-14.0754
82.83831.47790.57171.0016-0.84315.1437-0.059-0.1942-0.1733-0.0320.1228-0.06090.9928-0.33070.13281.1826-0.0996-0.27330.69920.00050.9862-48.5363-28.371-3.4523
92.47940.22490.89833.3999-0.40732.57440.1109-0.5215-0.28510.7857-0.1917-0.2390.0868-0.02180.08461.1456-0.1011-0.00571.02360.13940.9309-49.5826-24.598212.4323
102.0070.14890.47572.482-0.94032.53380.2015-0.427-0.35890.5085-0.1777-0.52570.06590.4674-0.02420.99940.0428-0.20580.911-0.03260.9895-28.5818-18.99292.5704
114.3134-0.02930.40123.7306-0.20222.85140.3790.3987-0.5855-0.0878-0.0261-0.0840.38950.0423-0.34990.86920.0689-0.03050.9023-0.13390.9768-28.3354-14.989-28.1233
123.5117-1.1491.35374.2939-1.1233.5093-0.3509-0.285-0.1294-0.76560.51910.451-0.3136-0.53890.26781.34410.0789-0.43210.7217-0.0381.0573-9.527723.420839.6932
136.8043-1.8064-1.42624.5354-2.37222.8551-0.52810.7704-0.5287-0.0566-0.1209-0.82660.358-0.34360.52641.16960.0034-0.0311.0415-0.00311.0291-4.965516.973537.031
142.6478-0.5773-2.17854.5985-0.79697.315-0.34820.6083-0.4437-1.66130.4540.09191.11980.4595-0.20821.4174-0.0219-0.0340.9089-0.16841.1192-38.2287-4.6891-95.2835
156.04370.42951.44044.9817-2.31235.50480.3176-0.5304-0.4795-2.69570.1054-0.0695-0.27230.0522-0.14491.70470.06950.0630.6333-0.09090.7129-36.3423-0.2903-91.5816
164.5287-1.366-1.31391.2159-1.21273.57690.43670.2391-0.7482-1.10320.34110.2908-0.14410.1265-0.73681.93810.029-0.18240.7246-0.05461.0013-38.6123-7.7158-94.0447
171.3444-0.24490.96612.87262.4592.972-0.19590.5467-0.3506-0.87620.5131-1.2006-1.02540.1935-0.01571.6326-0.10.24091.0809-0.12430.9684-30.33876.3912-90.3544
183.01211.23441.58722.59741.32586.10420.4103-0.5638-0.18540.2265-0.13640.0020.4955-0.5271-0.28940.81030.0176-0.01360.77450.00950.7577-39.88749.6643-65.1695
192.7161.17281.70222.314-0.68193.95580.417-0.1126-0.2349-0.2676-0.35270.35850.63420.0223-0.11911.1030.0447-0.26370.9012-0.12690.8811-63.4026-0.4282-81.83
201.15770.2447-1.58582.9342-0.83431.9878-0.0340.07360.0922-0.20290.1951-0.80040.09760.7873-0.14630.67470.1353-0.00511.2679-0.25861.0464-6.205610.3427-54.9205
210.38671.24910.65624.79060.36465.1415-0.9324-0.53370.31570.22061.2404-0.54640.99441.3243-0.23210.67840.18160.02611.2318-0.18930.9055-17.6868-1.8943-39.6892
220.5078-0.0395-0.59193.6291-1.81573.09810.0513-0.1835-0.01310.4790.0964-0.3749-0.18140.4112-0.06910.76050.0179-0.01651.2246-0.21740.9379-16.545417.0476-36.306
232.98480.11-0.63121.99690.47012.29140.31280.11920.3126-0.447-0.04280.0673-0.52240.0516-0.27640.8212-0.01560.13120.6281-0.01960.8078-35.8135.1327-61.1967
241.527-2.03910.02683.04020.60553.4553-0.076-0.85240.6631-0.25670.1665-0.8248-0.18840.6623-0.29421.0239-0.27270.41091.5364-0.11471.392-3.801931.6076-73.7449
258.62820.91475.57951.3486-0.38954.44521.1045-0.1379-0.3378-0.628-0.04860.49880.5467-1.0366-0.90621.34360.0121-0.44281.33260.0761.1534-67.3877-7.8799-98.0987
268.36480.09432.13535.5109-1.07897.93520.39420.33940.2933-0.668-0.05240.61340.13270.3318-0.31041.11360.1123-0.02421.1378-0.10831.0875-65.0618-0.4337-101.1286
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 77 through 206 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 207 through 427 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 428 through 428 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 84 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 85 through 204 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 205 through 263 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 264 through 365 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 366 through 743 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 744 through 851 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 852 through 1044 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1045 through 1140 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 868 through 881 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 882 through 893 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 76 through 115 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 116 through 143 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 144 through 170 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 171 through 192 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 193 through 317 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 318 through 427 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 2 through 204 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 205 through 244 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 245 through 365 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 366 through 1044 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1045 through 1140 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 868 through 881 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 882 through 893 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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