PDB-8tyu: High-resolution crystal structure of the SPX domain of XPR1 at 1....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tyu

タイトル

High-resolution crystal structure of the SPX domain of XPR1 at 1.4 angstroms

要素

Solute carrier family 53 member 1

キーワード

TRANSFERASE / Inositol diphosphoinositol pentakisphosphate kinase / Analog methylenebisphosphonate / PPIP5K ATP-grasp / Pyrophosphate Diphosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

: / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / trans-Golgi network / virus receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-ordination of cellular phosphate uptake and efflux requires an organelle-based receptor for the inositol pyrophosphate, IP8
著者: wang, H. / Shears, S.

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tyu.cif.gz	169.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tyu.ent.gz	132.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tyu_validation.pdf.gz	441 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tyu_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	8tyu_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	8tyu_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tyvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Solute carrier family 53 member 1

A: Solute carrier family 53 member 1

42 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Solute carrier family 53 member 1

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Solute carrier family 53 member 1

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.290, 47.798, 71.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Solute carrier family 53 member 1 / Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus ...Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus receptor X3 / X-receptor / Xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1 分子量: 20988.633 Da / 分子数: 2 / 断片: SPX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPR1, SLC53A1, SYG1, X3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBH6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Solute carrier family 53 member 1 / Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus ...

分子量: 20988.633 Da / 分子数: 2 / 断片: SPX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPR1, SLC53A1, SYG1, X3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBH6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 87185 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.906 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 465906

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	3.9	0.62	3574	0.876	0.966	0.292	0.69	0.923	80
1.32-1.35	4.1	0.619	3960	0.856	0.961	0.293	0.689	0.93	88.9
1.35-1.37	4.4	0.575	4194	0.897	0.973	0.275	0.64	0.915	94.2
1.37-1.4	4.7	0.529	4303	0.919	0.979	0.251	0.589	0.907	96.6
1.4-1.43	5	0.53	4301	0.92	0.979	0.251	0.589	0.92	97.3
1.43-1.46	4.8	0.397	4401	0.953	0.988	0.195	0.444	0.951	97.9
1.46-1.5	5	0.214	4351	0.989	0.997	0.102	0.238	0.95	97.6
1.5-1.54	5.8	0.214	4483	0.99	0.997	0.095	0.235	0.939	99.6
1.54-1.59	5.9	0.196	4418	0.988	0.997	0.086	0.214	0.91	99.3
1.59-1.64	5.8	0.154	4438	0.992	0.998	0.068	0.168	0.911	99.5
1.64-1.7	5.8	0.133	4447	0.992	0.998	0.059	0.146	0.906	99.6
1.7-1.76	5.7	0.108	4473	0.993	0.998	0.049	0.119	0.907	99.5
1.76-1.84	5.5	0.082	4464	0.996	0.999	0.037	0.091	0.89	99.5
1.84-1.94	5.3	0.067	4432	0.996	0.999	0.031	0.074	0.863	98.8
1.94-2.06	5	0.053	4413	0.997	0.999	0.026	0.059	0.875	98.7
2.06-2.22	6.1	0.047	4485	0.997	0.999	0.02	0.051	0.903	99.7
2.22-2.45	6.2	0.041	4485	0.997	0.999	0.018	0.045	0.893	99.9
2.45-2.8	6.1	0.039	4518	0.998	0.999	0.017	0.043	0.896	99.8
2.8-3.53	5.6	0.037	4495	0.997	0.999	0.017	0.041	0.839	99.3
3.53-50	5.7	0.045	4550	0.99	0.997	0.02	0.049	0.92	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→35.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.301 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19108	1802	2.6 %	RANDOM
R_work	0.16166	-	-	-
obs	0.16243	66210	94.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.07 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→35.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2867	0	0	358	3225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.65	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.565	6171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.279	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.906	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.65	10	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.25	1.743	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.244	1.742	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.076	2.599	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.075	2.601	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.392	2.161	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.392	2.158	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.134	3.076	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.319	32.432	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.106	27.019	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.235	3	5572
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	95	-
R_work	0.212	3482	-
obs	-	-	67.45 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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