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- PDB-8txy: X-ray crystal structure of JRD-SIK1/2i-3 bound to a MARK2-SIK2 chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8txy
タイトルX-ray crystal structure of JRD-SIK1/2i-3 bound to a MARK2-SIK2 chimera
要素Serine/threonine-protein kinase MARK2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Kinase / enzyme / chimera / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / regulation of microtubule binding / mitochondrion localization / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis ...establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / regulation of microtubule binding / mitochondrion localization / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / activation of protein kinase activity / axon development / protein kinase activator activity / regulation of cytoskeleton organization / lateral plasma membrane / regulation of microtubule cytoskeleton organization / actin filament / peptidyl-threonine phosphorylation / neuron migration / tau protein binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / dendrite / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-SJ0 / Serine/threonine-protein kinase MARK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Lemke, C.T. / Shaffer, P.L. / Collins, B. / Steele, R. / Seierstad, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Identification of highly selective SIK1/2 inhibitors that modulate innate immune activation and suppress intestinal inflammation.
著者: Babbe, H. / Sundberg, T.B. / Tichenor, M. / Seierstad, M. / Bacani, G. / Berstler, J. / Chai, W. / Chang, L. / Chung, M. / Coe, K. / Collins, B. / Finley, M. / Guletsky, A. / Lemke, C.T. / ...著者: Babbe, H. / Sundberg, T.B. / Tichenor, M. / Seierstad, M. / Bacani, G. / Berstler, J. / Chai, W. / Chang, L. / Chung, M. / Coe, K. / Collins, B. / Finley, M. / Guletsky, A. / Lemke, C.T. / Mak, P.A. / Mathur, A. / Mercado-Marin, E.V. / Metkar, S. / Raymond, D.D. / Rives, M.L. / Rizzolio, M. / Shaffer, P.L. / Smith, R. / Smith, J. / Steele, R. / Steffens, H. / Suarez, J. / Tian, G. / Majewski, N. / Volak, L.P. / Wei, J. / Desai, P.T. / Ong, L.L. / Koudriakova, T. / Goldberg, S.D. / Hirst, G. / Kaushik, V.K. / Ort, T. / Seth, N. / Graham, D.B. / Plevy, S. / Venable, J.D. / Xavier, R.J. / Towne, J.E.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6928
ポリマ－73,4452
非ポリマー1,2476
水1,802100
1
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4475
ポリマ－36,7231
非ポリマー7254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2453
ポリマ－36,7231
非ポリマー5232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.43, 121.43, 99.64
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MARK2 / ELKL motif kinase 1 / EMK-1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / PAR1 homolog / PAR1 ...ELKL motif kinase 1 / EMK-1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / PAR1 homolog / PAR1 homolog b / Par-1b / Par1b


分子量: 36722.520 Da / 分子数: 2
変異: I59L, K66V V81I, L97I, V113I, M129T, S133K, G134N , S197G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK2, EMK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7KZI7, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-SJ0 / N-[(5P,8R)-5-(2-cyano-5-{[(3R)-1-methylpyrrolidin-3-yl]methoxy}pyridin-4-yl)pyrazolo[1,5-a]pyridin-2-yl]cyclopropanecarboxamide


分子量: 416.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 / 詳細: 24% PEG 400, 150 mM LiSO4, 100 mM MES ph 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7948 / CC1/2: 0.657 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2665 2435 -RANDOM
Rwork0.2392 ---
obs0.2406 48682 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0396 Å20 Å20 Å2
2--2.0396 Å20 Å2
3----4.0792 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5034 0 26 100 5160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085244HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.917134HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1895SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes912HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5166HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion638SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4008SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.56
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4354 49 -
Rwork0.3676 --
obs0.3713 974 99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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