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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8txr | ||||||
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タイトル | E. coli ExoVII(H238A) | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Exonuclease / Endonuclease / DNA repair | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exodeoxyribonuclease VII / exodeoxyribonuclease VII activity / exodeoxyribonuclease VII complex / DNA catabolic process / mismatch repair / DNA binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, C. / Berger, J.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structure of exonuclease VII. 著者: Chuan Liu / Glenn Hauk / Qianyun Yan / James M Berger / 要旨: Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single- ...Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single-stranded DNA and the repair of covalent DNA-protein crosslinks (DPCs). Although many biochemical properties of ExoVII have been defined, little is known about its structure/function relationships. Here, we use cryoelectron microscopy (cryoEM) to determine that ExoVII comprises a highly elongated XseA·XseB holo-complex. Each XseA subunit dimerizes through a central extended α-helical segment decorated by six XseB subunits and a C-terminal, domain-swapped β-barrel element; two XseA·XseB subcomplexes further associate using N-terminal OB (oligonucleotide/oligosaccharide-binding) folds and catalytic domains to form a spindle-shaped, catenated octaicosamer. The catalytic domains of XseA, which adopt a nuclease fold related to 3-dehydroquinate dehydratases, are sequestered in the center of the complex and accessible only through large pores formed between XseA tetramers. The architectural organization of ExoVII, combined with biochemical studies, indicate that substrate selectivity is controlled by steric access to its nuclease elements and that tetramer dissociation results from substrate DNA binding. Despite a lack of sequence and fold homology, the physical organization of ExoVII is reminiscent of Mre11·Rad50/SbcCD ATP (adenosine triphosphate)-dependent nucleases used in the repair of double-stranded DNA breaks, including those formed by DPCs through aberrant topoisomerase activity, suggesting that there may have been convergent evolutionary pressure to contend with such damage events. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8txr.cif.gz | 416.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8txr.ent.gz | 342.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8txr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8txr_validation.pdf.gz | 753.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8txr_full_validation.pdf.gz | 754.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8txr_validation.xml.gz | 57.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8txr_validation.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/8txr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/8txr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41704MC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51840.141 Da / 分子数: 4 / 変異: H238A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xseA 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P04994 #2: タンパク質 | 分子量: 8959.877 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xseB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0A8G9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: XseA4-XseB24 complex of ExoVII / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.42 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 497337 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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