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- PDB-8txr: E. coli ExoVII(H238A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8txr
タイトルE. coli ExoVII(H238A)
要素
  • Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
  • Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / DNA repair (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


エキソヌクレアーゼVII / exodeoxyribonuclease VII activity / exodeoxyribonuclease VII complex / DNA catabolic process / DNAミスマッチ修復 / DNA binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exonuclease VII, large subunit / Exonuclease VII, large subunit, C-terminal / OB-fold nucleic acid binding domain / Exonuclease VII, large subunit / OB-fold nucleic acid binding domain / Exonuclease VII, small subunit / Exonuclease VII, small subunit superfamily / Exonuclease VII small subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Exodeoxyribonuclease 7 large subunit / Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu, C. / Berger, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA263778 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure of exonuclease VII.
著者: Chuan Liu / Glenn Hauk / Qianyun Yan / James M Berger /
要旨: Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single- ...Exonuclease VII (ExoVII) is a ubiquitous bacterial nuclease. Encoded by the and genes, ExoVII participates in multiple nucleic acid-dependent pathways including the processing of multicopy single-stranded DNA and the repair of covalent DNA-protein crosslinks (DPCs). Although many biochemical properties of ExoVII have been defined, little is known about its structure/function relationships. Here, we use cryoelectron microscopy (cryoEM) to determine that ExoVII comprises a highly elongated XseA·XseB holo-complex. Each XseA subunit dimerizes through a central extended α-helical segment decorated by six XseB subunits and a C-terminal, domain-swapped β-barrel element; two XseA·XseB subcomplexes further associate using N-terminal OB (oligonucleotide/oligosaccharide-binding) folds and catalytic domains to form a spindle-shaped, catenated octaicosamer. The catalytic domains of XseA, which adopt a nuclease fold related to 3-dehydroquinate dehydratases, are sequestered in the center of the complex and accessible only through large pores formed between XseA tetramers. The architectural organization of ExoVII, combined with biochemical studies, indicate that substrate selectivity is controlled by steric access to its nuclease elements and that tetramer dissociation results from substrate DNA binding. Despite a lack of sequence and fold homology, the physical organization of ExoVII is reminiscent of Mre11·Rad50/SbcCD ATP (adenosine triphosphate)-dependent nucleases used in the repair of double-stranded DNA breaks, including those formed by DPCs through aberrant topoisomerase activity, suggesting that there may have been convergent evolutionary pressure to contend with such damage events.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_author_list
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_author_list.author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
C: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
i: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
c: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
g: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
h: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
a: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
b: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
B: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
o: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
p: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
D: Exodeoxyribonuclease 7 large subunit
m: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
n: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
j: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
k: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
l: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
d: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
e: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
f: Exodeoxyribonuclease 7 small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,71920
ポリマ－350,71920
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Exodeoxyribonuclease 7 large subunit /


分子量: 51840.141 Da / 分子数: 4 / 変異: H238A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xseA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P04994
#2: タンパク質
Exodeoxyribonuclease 7 small subunit /


分子量: 8959.877 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xseB
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A8G9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: XseA4-XseB24 complex of ExoVII / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影電子線照射量: 50.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 497337 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4425997
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5427447
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362942
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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