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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8txf | ||||||
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タイトル | AvrB bound with RIN4 C-NOI motif | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / Protein complex | ||||||
機能・相同性 | Avirulence B/C / Avirulence B/C superfamily / Avirulence protein / extracellular region / Avirulence protein B![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peng, W. / Orth, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pseudomonas effector AvrB is a glycosyltransferase that rhamnosylates plant guardee protein RIN4. 著者: Peng, W. / Garcia, N. / Servage, K.A. / Kohler, J.J. / Ready, J.M. / Tomchick, D.R. / Fernandez, J. / Orth, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8twjC ![]() 8twoC ![]() 8twsC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36262.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: avrB / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3428.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris (pH 7.5~7.8), 27%~32% PEG 550 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→50 Å / Num. obs: 82030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 13.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 46.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Num. unique obs: 7654 / CC1/2: 0.91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.29→36.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -19.8328536441 Å / Origin y: 23.1880264633 Å / Origin z: -11.8653070889 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |