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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8txc | ||||||
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タイトル | Characterization of the Chlamydomonas Flagellar Mastigoneme Filament Subunit MST1 Structure at 3.9 angstrom | ||||||
要素 | Mastigoneme-like protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Fibrous Flagellar Hairs | ||||||
機能・相同性 | Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Putative ephrin-receptor like / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Mastigoneme-like protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Yue, W. / Kai, Z. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM reveals how the mastigoneme assembles and responds to environmental signal changes. 著者: Yue Wang / Jun Yang / Fangheng Hu / Yuchen Yang / Kaiyao Huang / Kai Zhang / 要旨: Mastigonemes are thread-like structures adorning the flagella of protists. In Chlamydomonas reinhardtii, filamentous mastigonemes find their roots in the flagella's distal region, associated with the ...Mastigonemes are thread-like structures adorning the flagella of protists. In Chlamydomonas reinhardtii, filamentous mastigonemes find their roots in the flagella's distal region, associated with the channel protein PKD2, implying their potential contribution to external signal sensing and flagellar motility control. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of the mastigoneme at 3.4 Å. The filament unit, MST1, consists of nine immunoglobulin-like domains and six Sushi domains, trailed by an elastic polyproline-II helix. Our structure demonstrates that MST1 subunits are periodically assembled to form a centrosymmetric, non-polar filament. Intriguingly, numerous clustered disulfide bonds within a ladder-like spiral configuration underscore structural resilience. While defects in the mastigoneme structure did not noticeably affect general attributes of cell swimming, they did impact specific swimming properties, particularly under varied environmental conditions such as redox shifts and heightened viscosity. Our findings illuminate the potential role of mastigonemes in flagellar motility and suggest their involvement in diverse environmental responses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8txc.cif.gz | 319.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8txc.ent.gz | 254.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8txc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8txc_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8txc_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8txc_validation.xml.gz | 74.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8txc_validation.cif.gz | 112 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/8txc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/8txc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41680MC 8tx1C 8txbC 8xtc M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 205404.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q8LRM7 |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mastigoneme / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Fibrous Flagellar Hairs of Chlamydomonas reinhardtii Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EGTA, 25 mM KCl, 1 mM PMSF, pH 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70074 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 276.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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