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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8twu | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Cytochrome P450 AspB bound to N1-methylated cyclo-L-Trp-L-Pro | |||||||||
![]() | Cytochrome P450 AspB | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dimerase | |||||||||
機能・相同性 | PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-RQB![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gering, H.E. / Li, X. / Tang, H. / Swartz, P.D. / Chang, W.-C. / Makris, T.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Ferric-Superoxide Intermediate Initiates P450-Catalyzed Cyclic Dipeptide Dimerization. 著者: Gering, H.E. / Li, X. / Tang, H. / Swartz, P.D. / Chang, W.C. / Makris, T.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44559.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG 3350 50 mM Tris pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→39.73 Å / Num. obs: 38294 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 22.35 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.91 Å / Num. unique obs: 38156 / CC1/2: 0.865 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→39.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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