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万見
- PDB-8tw3: hMPV fusion protein complexed with single domain antibodies sdHMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tw3
タイトルhMPV fusion protein complexed with single domain antibodies sdHMPV16 and sdHMPV12
要素
  • Fusion glycoprotein
  • Single domain antibody sdHMPV12
  • Single domain antibody sdHMPV16
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / metapneumovirus / fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
Human metapneumovirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rush, S.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: A neutralizing single-domain antibody that targets the trimer interface of the human metapneumovirus fusion protein.
著者: Ballegeer, M. / van Scherpenzeel, R.C. / Delgado, T. / Iglesias-Caballero, M. / Garcia Barreno, B. / Pandey, S. / Rush, S.A. / Kolkman, J.A. / Mas, V. / McLellan, J.S. / Saelens, X.
履歴
登録2023年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single domain antibody sdHMPV12
B: Single domain antibody sdHMPV16
F: Fusion glycoprotein
X: Fusion glycoprotein
Y: Single domain antibody sdHMPV12
Z: Single domain antibody sdHMPV16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,49110
ポリマ－200,6066
非ポリマー8854
水00
1
A: Single domain antibody sdHMPV12
B: Single domain antibody sdHMPV16
F: Fusion glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7465
ポリマ－100,3033
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: Fusion glycoprotein
Y: Single domain antibody sdHMPV12
Z: Single domain antibody sdHMPV16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7465
ポリマ－100,3033
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.260, 115.610, 158.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Single domain antibody sdHMPV12


分子量: 20633.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Single domain antibody sdHMPV16


分子量: 20863.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Fusion glycoprotein


分子量: 58805.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human metapneumovirus A (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H6X1Z0
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES and 18% PEG 12,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→44.97 Å / Num. obs: 32688 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.962 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.237 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 181517
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.862 / Num. measured all: 27228 / Num. unique obs: 4780 / CC1/2: 0.638 / Rpim(I) all: 0.393 / Rrim(I) all: 0.951 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.97 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1541 4.72 %
Rwork0.1908 --
obs0.1927 32631 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9519 0 56 0 9575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8433556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.31571330.26192818X-RAY DIFFRACTION99
2.99-3.10.31041450.24492827X-RAY DIFFRACTION99
3.1-3.220.27261400.24442809X-RAY DIFFRACTION99
3.22-3.370.26441240.22412842X-RAY DIFFRACTION99
3.37-3.550.28221470.2132771X-RAY DIFFRACTION97
3.55-3.770.27621500.20032806X-RAY DIFFRACTION98
3.77-4.060.22721480.18712838X-RAY DIFFRACTION99
4.06-4.470.18291260.15442848X-RAY DIFFRACTION99
4.47-5.120.16651390.14232822X-RAY DIFFRACTION97
5.12-6.440.231560.17962848X-RAY DIFFRACTION97
6.45-44.970.19061330.17242861X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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