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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tvb | ||||||
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タイトル | Ghanaian virus fusion glycoprotein (GhV F) | ||||||
要素 | Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / GhV F / Glycoprotein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Inhibitor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lyase activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Henipavirus ghanaense (ウイルス) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Park, Y.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structure and design of Langya virus glycoprotein antigens. 著者: Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler / 要旨: Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tvb.cif.gz | 265.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tvb.ent.gz | 197.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tvb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/8tvb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 41636MC 8tveC 8tvfC 8tvgC 8tvhC 8tviC 8vwpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96991.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Henipavirus ghanaense (ウイルス), (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: TM_0066 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: I0E092, UniProt: Q9WXS1 #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Henipavirus ghanaense (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60207 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |