+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tug | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / RNA Polymerase II / Rad26 / CPD lesion / Transcription-coupled DNA repair / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / translesion synthesis / RNA polymerase II activity / translation initiation factor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Sarsam, R.D. / Lahiri, I. / Leschziner, A.E. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Elf1 promotes Rad26's interaction with lesion-arrested Pol II for transcription-coupled repair. 著者: Reta D Sarsam / Jun Xu / Indrajit Lahiri / Wenzhi Gong / Qingrong Li / Juntaek Oh / Zhen Zhou / Peini Hou / Jenny Chong / Nan Hao / Shisheng Li / Dong Wang / Andres E Leschziner / ![]() 要旨: Transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) is a highly conserved DNA repair pathway that removes bulky lesions in the transcribed genome. Cockayne syndrome B protein (CSB), or its ...Transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) is a highly conserved DNA repair pathway that removes bulky lesions in the transcribed genome. Cockayne syndrome B protein (CSB), or its yeast ortholog Rad26, has been known for decades to play important roles in the lesion-recognition steps of TC-NER. Another conserved protein ELOF1, or its yeast ortholog Elf1, was recently identified as a core transcription-coupled repair factor. How Rad26 distinguishes between RNA polymerase II (Pol II) stalled at a DNA lesion or other obstacles and what role Elf1 plays in this process remains unknown. Here, we present cryo-EM structures of Pol II-Rad26 complexes stalled at different obstacles that show that Rad26 uses a common mechanism to recognize a stalled Pol II, with additional interactions when Pol II is arrested at a lesion. A cryo-EM structure of lesion-arrested Pol II-Rad26 bound to Elf1 revealed that Elf1 induces further interactions between Rad26 and a lesion-arrested Pol II. Biochemical and genetic data support the importance of the interplay between Elf1 and Rad26 in TC-NER initiation. Together, our results provide important mechanistic insights into how two conserved transcription-coupled repair factors, Rad26/CSB and Elf1/ELOF1, work together at the initial lesion recognition steps of transcription-coupled repair. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 107.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 172.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41623MC ![]() 8tvpC ![]() 8tvqC ![]() 8tvsC ![]() 8tvvC ![]() 8tvwC ![]() 8tvxC ![]() 8tvyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ACDGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BM
#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#13: タンパク質 | 分子量: 42825.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 EFH
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases II subunit ... , 2種, 2分子 JL
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 14494.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#15: DNA鎖 | 分子量: 14275.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#16: RNA鎖 | 分子量: 3264.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|
-非ポリマー , 2種, 9分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#17: 化合物 | ChemComp-ZN / #18: 化合物 | ChemComp-MG / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 (engaged state) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|