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- PDB-8ttt: Structure of SNX27 FERM complexed with Fam21A repeat 15 (1124-1140) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ttt
タイトルStructure of SNX27 FERM complexed with Fam21A repeat 15 (1124-1140)
要素
  • Fam21A repeat 15 peptide
  • Sorting nexin-27
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SNX27 / FAM21 / WASH / sorting nexin / endosome / protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of natural killer cell polarity / WASH complex / phosphatidylinositol phosphate binding / retromer complex binding / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / protein localization to endosome / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi ...establishment of natural killer cell polarity / WASH complex / phosphatidylinositol phosphate binding / retromer complex binding / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / protein localization to endosome / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / endosomal transport / endosome to lysosome transport / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / protein transport / early endosome membrane / early endosome / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / nucleolus / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
FAM21/CAPZIP domain / WASH complex subunit CAP-Z interacting, central region / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. ...FAM21/CAPZIP domain / WASH complex subunit CAP-Z interacting, central region / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / WASH complex subunit 2A / Sorting nexin-27
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Guo, Q. / Chen, K.-E. / Collins, B.M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1156493 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Structural basis for coupling of the WASH subunit FAM21 with the endosomal SNX27-Retromer complex.
著者: Guo, Q. / Chen, K.E. / Gimenez-Andres, M. / Jellett, A.P. / Gao, Y. / Simonetti, B. / Liu, M. / Danson, C.M. / Heesom, K.J. / Cullen, P.J. / Collins, B.M.
履歴
登録2023年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: Fam21A repeat 15 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1336
ポリマ－32,7372
非ポリマー3964
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.567, 74.371, 105.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27


分子量: 30947.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96L92
#2: タンパク質・ペプチド Fam21A repeat 15 peptide


分子量: 1788.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q641Q2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0 and 22.5% PEG4000 / PH範囲: 6.0 -6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→42.95 Å / Num. obs: 12909 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.22 / Χ2: 0.44 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 88510
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / % possible obs: 75.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Num. measured all: 5906 / Num. unique obs: 940 / CC1/2: 0.379 / Rpim(I) all: 0.632 / Rrim(I) all: 1.656 / Χ2: 0.31 / Net I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→42.95 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1271 9.99 %
Rwork0.1908 --
obs0.1968 12721 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2180 0 26 45 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0543056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.837301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.440.33521220.26891113X-RAY DIFFRACTION89
2.44-2.550.30711390.23941252X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.690.29891420.22391277X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.860.28131410.21871274X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.30851400.22181255X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.390.2471440.19011290X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.880.23631420.17391287X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.880.19741460.15571307X-RAY DIFFRACTION100
4.88-42.950.24581550.18311395X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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