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万見
- PDB-8ttq: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ttq
タイトルCryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
要素Muskelin
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / CTLH complex / substrate adapter recruitment / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic specialization membrane of symmetric synapse / postsynaptic endosome membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / regulation of receptor internalization / vesicle-mediated transport in synapse / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / ruffle / cell-matrix adhesion / GABA-ergic synapse ...postsynaptic specialization membrane of symmetric synapse / postsynaptic endosome membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / regulation of receptor internalization / vesicle-mediated transport in synapse / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / ruffle / cell-matrix adhesion / GABA-ergic synapse / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / cell cortex / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Attractin/LZTR1 beta-propeller / Muskelin, N-terminal / : / Muskelin N-terminus / Galactose oxidase, central domain / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Lissencephaly type-1-like homology motif ...: / Attractin/LZTR1 beta-propeller / Muskelin, N-terminal / : / Muskelin N-terminus / Galactose oxidase, central domain / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Kelch-type beta propeller / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Chana, C.K. / Keszei, A.F.A. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-178026 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-180338 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-186218 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: FAM72A degrades UNG2 through the GID/CTLH complex to promote mutagenic repair during antibody maturation.
著者: Philip Barbulescu / Chetan K Chana / Matthew K Wong / Ines Ben Makhlouf / Jeffrey P Bruce / Yuqing Feng / Alexander F A Keszei / Cassandra Wong / Rukshana Mohamad-Ramshan / Laura C McGary / ...著者: Philip Barbulescu / Chetan K Chana / Matthew K Wong / Ines Ben Makhlouf / Jeffrey P Bruce / Yuqing Feng / Alexander F A Keszei / Cassandra Wong / Rukshana Mohamad-Ramshan / Laura C McGary / Mohammad A Kashem / Derek F Ceccarelli / Stephen Orlicky / Yifei Fang / Huihui Kuang / Mohammad Mazhab-Jafari / Rossanna C Pezo / Ashok S Bhagwat / Trevor J Pugh / Anne-Claude Gingras / Frank Sicheri / Alberto Martin /
要旨: A diverse antibody repertoire is essential for humoral immunity. Antibody diversification requires the introduction of deoxyuridine (dU) mutations within immunoglobulin genes to initiate somatic ...A diverse antibody repertoire is essential for humoral immunity. Antibody diversification requires the introduction of deoxyuridine (dU) mutations within immunoglobulin genes to initiate somatic hypermutation (SHM) and class switch recombination (CSR). dUs are normally recognized and excised by the base excision repair (BER) protein uracil-DNA glycosylase 2 (UNG2). However, FAM72A downregulates UNG2 permitting dUs to persist and trigger SHM and CSR. How FAM72A promotes UNG2 degradation is unknown. Here, we show that FAM72A recruits a C-terminal to LisH (CTLH) E3 ligase complex to target UNG2 for proteasomal degradation. Deficiency in CTLH complex components result in elevated UNG2 and reduced SHM and CSR. Cryo-EM structural analysis reveals FAM72A directly binds to MKLN1 within the CTLH complex to recruit and ubiquitinate UNG2. Our study further suggests that FAM72A hijacks the CTLH complex to promote mutagenesis in cancer. These findings show that FAM72A is an E3 ligase substrate adaptor critical for humoral immunity and cancer development.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muskelin
B: Muskelin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4042
ポリマ－174,4042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Muskelin


分子量: 87202.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKLN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UL63

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the inner MKLN1 dimer from an autoinhibited MKLN1 tetramer
タイプ: COMPLEX / 詳細: From focused refinement of MKLN1 tetramer / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 57.08 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159095 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 168.75
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11Q9UL63A1AlphaFoldin silico model
21Q9UL63B1AlphaFoldin silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0019503
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.38712887
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.6191292
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381383
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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