PDB-8tti: Trp-6-Halogenase BorH complexed with FAD and Trp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tti

タイトル

Trp-6-Halogenase BorH complexed with FAD and Trp

要素

Tryptophan 6-halogenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / halogenase / oxidoreductase

機能・相同性

Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRYPTOPHAN / Tryptophan 6-halogenase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Lingkon, K. / Bellizzi, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH.
著者: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J.

履歴

登録	2023年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8tti_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tti_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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CIF形式データ	8tti_validation.cif.gz	123.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tti	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8fovC 8foxC 8ttjC 8ttkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan 6-halogenase

B: Tryptophan 6-halogenase

C: Tryptophan 6-halogenase

D: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

244 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.680, 157.410, 112.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Tryptophan 6-halogenase 分子量: 60202.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: borH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9QSI0
#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 300 mM (NH4)2SO4 19% (w/v) PEG 8000.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→54.72 Å / Num. obs: 163198 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.87 Å² / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.135 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 3.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 1.9 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.98-2.05	1.316	0.62	16589	0.1	1.316	1.861
2.05-2.13	1.036	0.8	16576	0.191	1.036	1.465	96.4
2.13-2.23	0.746	1.1	16678	0.331	0.746	1.055	96.6
2.23-2.35	0.524	1.5	16465	0.548	0.524	0.741	95.6
2.35-2.49	0.366	2	16375	0.7	0.366	0.518	94.9
2.49-2.69	0.26	2.7	14606	0.707	0.26	0.368	84.7
2.69-2.96	0.147	4.3	16711	0.935	0.147	0.208	96.5
2.96-3.39	0.085	6.3	16887	0.976	0.085	0.121	97.8
3.39-4.27	0.055	8.6	16484	0.986	0.055	0.078	95.1
4.27-54.72	0.046	9.5	15827	0.988	0.046	0.065	90.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→54.72 Å / SU ML: 0.3649 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.8227
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2701	1989	1.22 %
R_work	0.2288	160534	-
obs	0.2293	162523	93.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→54.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16685	0	201	1243	18129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	17391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4927	23654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0408	2459
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	3088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3794	6237

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.03	0.4336	133	0.387	11202	X-RAY DIFFRACTION	92.68
2.03-2.08	0.3992	155	0.3568	11556	X-RAY DIFFRACTION	94.76
2.08-2.14	0.3499	151	0.3248	11671	X-RAY DIFFRACTION	95.86
2.14-2.21	0.3368	133	0.3049	11764	X-RAY DIFFRACTION	96.31
2.21-2.29	0.3193	144	0.2864	11708	X-RAY DIFFRACTION	95.94
2.29-2.38	0.3331	147	0.2734	11531	X-RAY DIFFRACTION	94.74
2.38-2.49	0.3459	146	0.2612	11567	X-RAY DIFFRACTION	95.03
2.49-2.62	0.3201	128	0.2437	10616	X-RAY DIFFRACTION	86.77
2.62-2.79	0.2804	130	0.2302	10764	X-RAY DIFFRACTION	88.52
2.79-3	0.26	144	0.2264	11939	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3-3.31	0.2695	148	0.2083	11955	X-RAY DIFFRACTION	97.68
3.31-3.79	0.2214	145	0.1916	11770	X-RAY DIFFRACTION	96.12
3.79-4.77	0.2172	148	0.1726	11288	X-RAY DIFFRACTION	92.14
4.77-54.72	0.2329	137	0.2128	11203	X-RAY DIFFRACTION	90.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1362355156	0.864522967096	3.33199516164	2.34262212399	0.423391957804	4.2026756323	-0.19330740383	-0.0610213357972	0.0649214995483	0.126112898273	0.224945491421	0.451182625194	0.220723107878	-0.60294083548	-0.0110722934209	0.222024495502	-0.0667750274207	0.0921055318457	0.344555468762	0.072676831335	0.370812982883	-44.6501084933	46.1855496135	94.0452692103
2	2.88388740323	2.18006483387	-1.17411085599	2.65896907874	0.420574167327	1.75147307863	-0.105894335732	-0.21543180022	-0.0143946765611	0.219090652567	0.0854965617277	-0.182553739761	-0.0224632439889	0.10990703599	0.00716786793074	0.225050793033	0.0441278631006	-0.00445685269734	0.164203031417	0.0229577140403	0.256511591216	-13.2618879008	51.3500989827	103.456396836
3	1.79509672737	-0.23182606374	0.657018768193	1.58018871385	0.234643527175	2.50863659543	-0.0783020781575	0.000761012111034	-0.32234061776	-0.0481199993052	0.149840863173	0.33869043851	0.40476937487	-0.488425475591	-0.0559091861905	0.27249899248	-0.106753347917	0.040771316893	0.279825428238	0.0716347325104	0.455951958201	-40.6524522498	37.2941322302	88.990922954
4	2.19091426353	-0.71447653876	0.861592519102	1.04390638642	-0.463628012906	1.22761370329	-0.121744509182	0.137069700599	-0.269390795097	-0.134100031394	0.197943317652	0.0666748794596	0.177598276058	-0.0608521295324	-0.080409612876	0.249111411679	-0.062214756691	0.0744763212525	0.181240056643	0.0190213188775	0.292517795744	-25.8414761337	38.2644891316	88.2831474598
5	3.93934961668	1.48792768852	0.106989553013	4.87181257526	-0.607832488743	2.82070740554	-0.109518710709	0.149193530462	0.497683920135	0.0378589729284	0.0988512406836	0.187817924274	-0.168281658228	-0.165690291097	0.0140951153791	0.177150352426	0.0080351758869	-0.0122861371659	0.140298361658	0.00880424668727	0.200418051205	-15.8792355409	58.1728140805	89.6120784608
6	4.83541451609	4.36620928517	-1.97014446247	3.77995794321	-1.66254196117	1.83328948756	0.372547530566	-0.526256808077	0.503140935038	0.518661262384	-0.244776400791	0.475944704844	-0.31981796327	0.108182761618	-0.11853708992	0.259731195639	0.052344002306	0.0459689218943	0.247278436781	-0.0555400897084	0.317249456365	-19.6839608807	57.8490960664	111.635785301
7	3.95593079129	0.39658424463	-3.36925539781	1.03677030722	-0.575055910598	4.33080946252	-0.0847567260517	-0.124991261318	0.0385522400972	0.163386412736	0.225546049696	-0.730664402949	-0.0366358904482	0.73723439625	-0.119393503671	0.257036473819	-0.0120948281027	-0.0257202091636	0.44075204863	-0.201957779353	0.741811966138	26.7054648165	159.166400718	94.1802171664
8	2.15041389554	1.83667383129	1.00091594071	1.71335087155	0.343997677799	2.3990584789	0.0796470311546	-0.177973522596	0.11502532995	0.147020669109	-0.0522655330539	0.0778854316342	0.148976778945	-0.182713168028	-0.0518334910431	0.202914507535	0.0447520362678	-0.00123448559003	0.163865073883	0.0126538526514	0.235123587503	-4.62609332103	154.006536135	103.664486334
9	1.74934766256	-0.0138529036023	-0.497466587964	1.34266620022	0.187627929792	1.82610168728	0.0124533258078	-0.00155029926184	0.451361921467	-0.146778022559	0.201762872714	-0.646072535473	-0.418349098197	0.50530554496	-0.180066695722	0.320801092948	-0.0967570231967	0.0658334169238	0.367517232132	-0.110937500162	0.764122858016	22.6181742889	168.010148269	89.2676447692
10	1.39097498683	-0.788621479836	-0.633545993548	1.30272594145	0.373906729305	1.22681743029	-0.0375923802621	0.0320188693285	0.42122461926	-0.0947149308621	0.185699507644	-0.417218767937	-0.203032695677	0.167797118617	-0.164625123603	0.226633478027	-0.0312468801836	-0.0151075321335	0.209266756627	-0.0267904082425	0.511951183312	7.99598107595	166.899803299	88.134388072
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 80 )	A	A	2 - 80	1 - 73
2	2	chain 'A' and (resid 81 through 161 )	A	A	81 - 161	74 - 154
3	3	chain 'A' and (resid 162 through 271 )	A	A	162 - 271	155 - 264
4	4	chain 'A' and (resid 272 through 427 )	A	A	272 - 427	265 - 420
5	5	chain 'A' and (resid 428 through 491 )	A	A	428 - 491	421 - 484
6	6	chain 'A' and (resid 492 through 600 )	A	A	492 - 528	485 - 521
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 80 )	B	G	2 - 80	1 - 73
8	8	chain 'B' and (resid 81 through 161 )	B	G	81 - 161	74 - 154
9	9	chain 'B' and (resid 162 through 272 )	B	G	162 - 272	155 - 265
10	10	chain 'B' and (resid 273 through 427 )	B	G	273 - 427	266 - 420
11	11	chain 'B' and (resid 428 through 491 )	B	G	428 - 491	421 - 484
12	12	chain 'B' and (resid 492 through 600 )	B	G	492 - 528	485 - 521
13	13	chain 'C' and (resid 2 through 63 )	C	N	2 - 63	1 - 56
14	14	chain 'C' and (resid 64 through 161 )	C	N	64 - 161	57 - 154
15	15	chain 'C' and (resid 162 through 427 )	C	N	162 - 427	155 - 420
16	16	chain 'C' and (resid 428 through 466 )	C	N	428 - 466	421 - 459
17	17	chain 'C' and (resid 467 through 527 )	C	N	467 - 527	460 - 520
18	18	chain 'D' and (resid 2 through 66 )	D	Q	2 - 66	1 - 59
19	19	chain 'D' and (resid 67 through 172 )	D	Q	67 - 172	60 - 164
20	20	chain 'D' and (resid 173 through 242 )	D	Q	173 - 242	165 - 234
21	21	chain 'D' and (resid 243 through 272 )	D	Q	243 - 272	235 - 264
22	22	chain 'D' and (resid 273 through 381 )	D	Q	273 - 381	265 - 373
23	23	chain 'D' and (resid 382 through 455 )	D	Q	382 - 455	374 - 447
24	24	chain 'D' and (resid 456 through 491 )	D	Q	456 - 491	448 - 483
25	25	chain 'D' and (resid 492 through 527 )	D	Q	492 - 527	484 - 519

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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