+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ts3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human MRS2 with Ca2+ | ||||||
要素 | Magnesium transporter MRS2 homolog, mitochondrial, Soluble cytochrome b562 fusion protein | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / mitochondria / pentamer / cation channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial magnesium ion transmembrane transport / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / lactate metabolic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / iron ion binding ...mitochondrial magnesium ion transmembrane transport / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / lactate metabolic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | He, Z. / Mount, J.W. / Zhang, J. / Yuan, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human mitochondrial MRS2 is a Ca2+-regulated nonselective cation channel 著者: He, Z. / Tu, Y. / Tsai, C. / Mount, J.W. / Zhang, J. / Tsai, M. / Yuan, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ts3.cif.gz | 572.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ts3.ent.gz | 474.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ts3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ts3_validation.pdf.gz | 987.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ts3_full_validation.pdf.gz | 993.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ts3_validation.xml.gz | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ts3_validation.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41589MC 8ts1C 8ts2C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55471.691 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: MRS2, cybC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9HD23, UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hMRS2-BRIL with Ca2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mM Ca2+ and 0.04 mM GDN | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10816 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 582296 |
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125279 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |