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- PDB-8trp: Structure of a HEPES bound TRAP transporter substrate binding protein. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8trp
タイトルStructure of a HEPES bound TRAP transporter substrate binding protein.
要素Isethionate-binding periplasmic protein DctP
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP Transporter / substrate binding protein
機能・相同性alkanesulfonate catabolic process / TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / Isethionate-binding periplasmic protein DctP
機能・相同性情報
生物種Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Newton-Vesty, M.C. / Dobson, R.C.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden Fund ニュージーランド
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: On the function of TRAP substrate-binding proteins: the isethionate-specific binding protein IseP.
著者: Newton-Vesty, M.C. / Currie, M.J. / Davies, J.S. / Panjikar, S. / Sethi, A. / Whitten, A.E. / Tillett, Z.D. / Wood, D.M. / Wright, J.D. / Love, M.J. / Allison, T.M. / Jamieson, S.A. / Mace, P. ...著者: Newton-Vesty, M.C. / Currie, M.J. / Davies, J.S. / Panjikar, S. / Sethi, A. / Whitten, A.E. / Tillett, Z.D. / Wood, D.M. / Wright, J.D. / Love, M.J. / Allison, T.M. / Jamieson, S.A. / Mace, P.D. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2023年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isethionate-binding periplasmic protein DctP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6504
ポリマ－37,2881
非ポリマー3623
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.588, 73.208, 94.818
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isethionate-binding periplasmic protein DctP / TRAP transporter / DctP solute-binding subunit


分子量: 37287.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア)
遺伝子: dctP, Dde_1275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q312S0
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, 10% 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→47.454 Å / Num. obs: 26163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.06-47.4120.40.0392940.9990.0110.041
1.89-1.93260.47116470.9820.1320.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
MOLREP位相決定
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→47.454 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.183 / SU B: 3.208 / SU ML: 0.095 / Average fsc free: 0.9617 / Average fsc work: 0.9779 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 1371 5.251 %
Rwork0.1747 24738 -
all0.178 --
obs-26109 99.973 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.847 Å2-0 Å20 Å2
2---1.93 Å2-0 Å2
3----0.917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→47.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2381 0 23 179 2583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9611.8413363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.444511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10310435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.93610109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2020.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2220.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0293.1211242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7825.5891554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.823.5961237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0336.3681806
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.70136.6673852
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.89-1.9390.244930.20117850.20318840.9590.97499.68150.178
1.939-1.9920.331160.19517350.20318510.9390.9751000.175
1.992-2.050.244750.19117210.19417960.9580.9771000.175
2.05-2.1130.2931010.216380.20517390.9490.9741000.183
2.113-2.1820.251030.19416170.19717200.9620.9781000.181
2.182-2.2580.278890.19815480.20216370.9480.9761000.184
2.258-2.3430.271680.19415220.19815900.9520.9761000.183
2.343-2.4390.256800.20814540.2115340.9620.9731000.195
2.439-2.5470.251680.19214120.19514800.9650.9771000.182
2.547-2.6710.233630.19913470.20114100.9610.9761000.194
2.671-2.8150.28650.19912740.20313390.9670.9761000.196
2.815-2.9850.275790.19212020.19712810.960.9761000.194
2.985-3.190.215700.18911370.19112070.9710.9781000.196
3.19-3.4440.225450.17310830.17511280.9740.9821000.183
3.444-3.7710.188590.1559940.15710530.9790.9861000.169
3.771-4.2130.167580.1528820.1539400.9840.9871000.171
4.213-4.8580.212460.1288080.1318540.9790.9911000.149
4.858-5.9350.199380.1576860.167240.9750.9851000.182
5.935-8.3280.232360.1795490.1825850.9830.9851000.204
8.328-47.4540.212190.1483440.1513630.9830.9871000.194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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