PDB-8t9t: Apo Crystal Structure of a Substrate Binding Protein (IseP) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t9t

タイトル

Apo Crystal Structure of a Substrate Binding Protein (IseP) from an Isethionate TRAP Transporter

要素

Isethionate-binding periplasmic protein DctP

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Substrate binding protein / TRAP transporter / Isethionate

機能・相同性

alkanesulfonate catabolic process / TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / Isethionate-binding periplasmic protein DctP

機能・相同性情報

生物種

Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Newton-Vesty, M.C. / Dobson, R.C.J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: On the function of TRAP substrate-binding proteins: the isethionate-specific binding protein IseP.
著者: Newton-Vesty, M.C. / Currie, M.J. / Davies, J.S. / Panjikar, S. / Sethi, A. / Whitten, A.E. / Tillett, Z.D. / Wood, D.M. / Wright, J.D. / Love, M.J. / Allison, T.M. / Jamieson, S.A. / Mace, P. ...

履歴

登録	2023年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t9t.cif.gz	148.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t9t.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t9t_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t9t_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	8t9t_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	8t9t_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8te9C 8tqnC 8trpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isethionate-binding periplasmic protein DctP

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.925, 72.997, 95.24
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isethionate-binding periplasmic protein DctP / TRAP transporter / DctP solute-binding subunit 分子量: 37287.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア) 遺伝子: dctP, Dde_1275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q312S0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.53 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium bromide, Bis-Tris propane, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95372 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→47.665 Å / Num. obs: 50754 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 25.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.11-47.62	16	0.064	377	0.994	0.022	0.068
1.48-1.51	20.5	0.539	2453	0.975	0.174	0.566

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→47.665 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.248 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	2541	5.013 %
R_work	0.17	48143	-
all	0.172	-	-
obs	-	50684	99.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.288 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.181 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.107 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→47.665 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2404	0	18	393	2815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.018	1.85	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.683	1.773	5839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.63	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.687	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.445	10	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.249	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.192	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.705	2.001	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.701	2	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.317	3.593	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.329	3.595	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.164	2.362	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.164	2.363	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.608	4.173	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.607	4.174	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.651	25.169	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.582	22.298	3142

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.48-1.518	0.229	206	0.203	3485	0.205	3691	0.966	0.971	100	0.182
1.518-1.56	0.232	186	0.196	3404	0.198	3590	0.963	0.973	100	0.177
1.56-1.605	0.216	149	0.181	3358	0.182	3509	0.966	0.977	99.943	0.163
1.605-1.654	0.216	151	0.175	3268	0.177	3419	0.969	0.979	100	0.157
1.654-1.709	0.245	170	0.175	3118	0.179	3289	0.962	0.98	99.9696	0.16
1.709-1.769	0.211	152	0.173	3050	0.175	3202	0.972	0.981	100	0.159
1.769-1.835	0.223	152	0.168	2925	0.171	3077	0.968	0.982	100	0.156
1.835-1.91	0.214	169	0.169	2828	0.171	2997	0.972	0.982	100	0.161
1.91-1.995	0.204	154	0.173	2696	0.175	2850	0.977	0.981	100	0.169
1.995-2.092	0.192	153	0.172	2596	0.173	2749	0.977	0.981	100	0.171
2.092-2.205	0.201	110	0.164	2509	0.165	2620	0.973	0.984	99.9618	0.168
2.205-2.338	0.172	119	0.157	2355	0.158	2474	0.983	0.985	100	0.166
2.338-2.499	0.186	118	0.159	2240	0.16	2358	0.977	0.984	100	0.174
2.499-2.699	0.218	109	0.166	2071	0.169	2180	0.974	0.982	100	0.185
2.699-2.956	0.208	105	0.178	1906	0.18	2011	0.972	0.98	100	0.204
2.956-3.303	0.207	95	0.17	1758	0.172	1853	0.975	0.981	100	0.195
3.303-3.811	0.189	70	0.168	1553	0.169	1623	0.979	0.983	100	0.2
3.811-4.66	0.189	70	0.156	1335	0.158	1405	0.978	0.984	100	0.197
4.66-6.559	0.245	68	0.183	1050	0.186	1119	0.97	0.982	99.9106	0.238
6.559-47.665	0.165	35	0.181	638	0.18	675	0.981	0.979	99.7037	0.237

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