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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tr9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of transglutaminase 2 bound to GDP | ||||||
要素 | Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GDP / Complex / Signaling / G-protein / Cancer / cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone serotonyltransferase activity / histone dopaminyltransferase activity / peptide noradrenalinyltransferase activity / peptide histaminyltransferase activity / cellular response to serotonin / regulation of apoptotic cell clearance / protein deamination / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase ...histone serotonyltransferase activity / histone dopaminyltransferase activity / peptide noradrenalinyltransferase activity / peptide histaminyltransferase activity / cellular response to serotonin / regulation of apoptotic cell clearance / protein deamination / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / salivary gland cavitation / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / dopamine secretion / peptide cross-linking / branching involved in salivary gland morphogenesis / cellular response to dopamine / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / apoptotic cell clearance / cellular response to cocaine / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of cell adhesion / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / extracellular matrix / positive regulation of GTPase activity / bone development / protein homooligomerization / nucleosome / peptidase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / gene expression / regulation of apoptotic process / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / calcium ion binding / chromatin / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Aplin, C. / Cerione, R.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Conformational activation and inhibition of transglutaminase 2 determined by static and time resolved small-angle X-ray scattering and cryoelectron microscopy 著者: Aplin, C. / Zielinski, K.A. / Pabit, S. / Ogunribido, D. / Katt, W.P. / Pollack, L. / Cerione, R.A. / Milano, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tr9.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tr9.ent.gz | 100.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tr9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tr9_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tr9_validation.xml.gz | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tr9_validation.cif.gz | 64.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tr9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41574MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77412.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P21980, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素, protein-glutamine glutaminase, 転移酵素; ...参照: UniProt: P21980, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素, protein-glutamine glutaminase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Transglutaminase 2 bound to GDP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136297 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 99.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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