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- PDB-8tqs: Complex of human thrombin (S195A) bound to a bivalent inhibitor c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tqs
タイトルComplex of human thrombin (S195A) bound to a bivalent inhibitor comprised of DNA Aptamer HD22 conjugated to Dabigatran with a linker.
要素
  • DNA (30-MER)
  • Prothrombin
  • Thrombin heavy chain
キーワードBLOOD CLOTTING / Human thrombin / DNA aptamer / Dabigatran
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin ...cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / regulation of cell shape / heparin binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / : / positive regulation of cell growth / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4CC / DNA / DNA (> 10) / Prothrombin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.207 Å
データ登録者Krishnaswamy, S. / Kumar, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL-139420 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Aptameric hirudins as selective and reversible EXosite-ACTive site (EXACT) inhibitors.
著者: Yu, H. / Kumar, S. / Frederiksen, J.W. / Kolyadko, V.N. / Pitoc, G. / Layzer, J. / Yan, A. / Rempel, R. / Francis, S. / Krishnaswamy, S. / Sullenger, B.A.
履歴
登録2023年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (30-MER)
H: Thrombin heavy chain
L: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9388
ポリマ－44,0033
非ポリマー9355
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.626, 81.626, 190.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
DNA鎖 / タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 4分子 DHL

#1: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9416.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HD22 aptamer with 7A extension at 5' end / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Thrombin heavy chain


分子量: 29764.219 Da / 分子数: 1 / Mutation: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734
#3: タンパク質・ペプチド Prothrombin


分子量: 4822.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 18分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-4CC / N-[(2-{[(4-carbamimidoylphenyl)amino]methyl}-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)carbonyl]-N-pyridin-2-yl-beta-alanine / ダビガトラン


分子量: 471.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗凝固剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6, 22% (v/v) polyethylene glycol 400 (Hampton PEGRx1 #08)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979354 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979354 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.2 Å / Num. obs: 33265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.21→5.99 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 5.615 / Num. unique obs: 1614 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 1.473 / Rrim(I) all: 5.808 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
autoPROC1.0.5データスケーリング
XDSJan 10, 2022データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.207→41.138 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.213 / SU B: 20.763 / SU ML: 0.207 / Average fsc free: 0.9352 / Average fsc work: 0.9453 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2446 1999 6.056 %RANDOM
Rwork0.2138 31011 --
all0.216 ---
obs-33010 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 80.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.805 Å20 Å20 Å2
2---0.805 Å20 Å2
3---1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.207→41.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 629 63 14 3077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0123199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0661.7114458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3471.5946178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7055289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.746521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.585523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16110426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.25910118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1940.22574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2560.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other00.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1070.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.033.0121165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0283.0121165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.395.4081451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.395.4091452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9943.9022034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9933.9072035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5766.9893007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5756.9923008
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.88638.0123782
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.88938.0213782
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.207-2.2640.4891340.40720790.41224100.8090.86791.82570.408
2.264-2.3260.4011400.38321700.38423330.8830.88299.01410.381
2.326-2.3940.3561370.35121330.35122780.9160.9199.64880.347
2.394-2.4670.3471350.33220820.33322240.9160.9299.68520.323
2.467-2.5480.2691290.30820060.30521390.9460.93799.8130.289
2.548-2.6370.3191270.29219730.29321000.9240.9461000.267
2.637-2.7360.2941210.27618820.27720030.9540.9521000.243
2.736-2.8470.2981180.26618330.26819530.9430.95699.89760.229
2.847-2.9730.2921150.24117650.24418820.9560.96499.89370.208
2.973-3.1170.2761070.25216770.25417840.9480.9591000.222
3.117-3.2850.2451050.22816120.22917170.9510.9671000.205
3.285-3.4830.253980.20715320.2116300.9610.9731000.196
3.483-3.7210.258930.20314530.20615470.9540.97599.93540.198
3.721-4.0170.226860.19413330.19614190.9690.9791000.193
4.017-4.3960.187820.16812640.16913460.9790.9841000.179
4.396-4.9080.164730.15511440.15512170.980.9851000.173
4.908-5.6530.176670.17710200.17710880.980.98199.90810.204
5.653-6.8910.204560.1868870.1879430.9780.9811000.216
6.891-9.6120.285460.1897150.1947610.9480.9771000.237
9.612-41.1380.284300.2274510.2314840.970.95799.38020.287
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.64522.5330.50114.86771.7265.82350.1778-0.499-1.02880.7010.1218-1.25920.86570.9431-0.29960.61750.107-0.13870.98670.07690.36326.157.35540.444
24.2285-0.7080.23772.32190.47793.25060.03140.33580.2867-0.40680.0007-0.1463-0.1270.4804-0.03210.5805-0.05210.00740.3910.03960.026-10.56817.32823.857
31.5671-1.3744-0.78183.18930.71384.49990.07660.2215-0.4366-0.2537-0.05070.45770.567-0.1964-0.0260.5437-0.0735-0.08630.3856-0.01130.1566-24.6028.72225.603
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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